More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1496 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_2026  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  64.84 
 
 		 545 aa  740    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.923979  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3306  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  63.55 
 
 		 545 aa  739    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135648  normal  0.0145757 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2171  AMP-dependent synthetase and ligase  66.06 
 
 		 546 aa  745    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.109477 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1749  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  89.67 
 
 		 542 aa  1022    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0360029  normal  0.897782 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2932  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  63.85 
 
 		 547 aa  733    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0465511  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1439  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  68.53 
 
 		 544 aa  790    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.64772  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0799  putative acyl-CoA synthetase  58.46 
 
 		 546 aa  668    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0930157  normal  0.263269 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1398  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  82.75 
 
 		 541 aa  952    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1825  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  68.16 
 
 		 584 aa  795    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.754963  normal  0.415446 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1455  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  98.34 
 
 		 542 aa  1116    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0933982  hitchhiker  0.0000905753 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  68.53 
 
 		 544 aa  790    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2456  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  68.27 
 
 		 548 aa  780    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1678  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  65.2 
 
 		 545 aa  744    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1843  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  69.37 
 
 		 556 aa  788    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5208  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  69.09 
 
 		 547 aa  802    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.592335 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1769  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  68.09 
 
 		 558 aa  788    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00212051 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1027  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  67.1 
 
 		 560 aa  783    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.729958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1367  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  67.23 
 
 		 547 aa  787    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0878998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1837  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  64.19 
 
 		 541 aa  743    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0196277  normal  0.206597 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2141  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  68.34 
 
 		 589 aa  792    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.109386  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1925  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  67.1 
 
 		 561 aa  788    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113828  normal  0.439232 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2335  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  68.53 
 
 		 546 aa  793    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  100 
 
 		 542 aa  1130    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.810818 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1006  AMP-dependent synthetase and ligase  59.93 
 
 		 546 aa  686    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2393  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  65.93 
 
 		 542 aa  750    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0010153  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1203  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  68.53 
 
 		 544 aa  790    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5445  AMP-dependent synthetase and ligase  61 
 
 		 544 aa  679    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.513748  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2579  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  63.28 
 
 		 542 aa  732    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.76612  normal  0.235984 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5305  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  65.5 
 
 		 549 aa  739    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2275  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  67.1 
 
 		 562 aa  789    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0961938  normal  0.119305 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0380  putative acyl-CoA synthetase  60.52 
 
 		 545 aa  691    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2296  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  68.53 
 
 		 546 aa  793    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5976  AMP-dependent synthetase and ligase  61.74 
 
 		 551 aa  707    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.636472  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1863  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  83.65 
 
 		 534 aa  949    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.856558  normal  0.360106 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5439  medium-chain-fatty-acid-CoA ligase  55.43 
 
 		 545 aa  636    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.632192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1907  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  68.72 
 
 		 569 aa  800    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.45334  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2946  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  64.1 
 
 		 546 aa  746    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.916006 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1930  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  68.53 
 
 		 544 aa  790    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.641249  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1930  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  68.72 
 
 		 547 aa  800    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.049446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6172  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  68.53 
 
 		 569 aa  798    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.489705  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2639  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  64.02 
 
 		 480 aa  663    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1913  AMP-dependent synthetase and ligase  55.9 
 
 		 549 aa  643    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000707868  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1799  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  63.62 
 
 		 547 aa  733    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1895  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  68.16 
 
 		 547 aa  791    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4882  AMP-dependent synthetase and ligase  59.07 
 
 		 543 aa  659    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.7037  normal  0.104092 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4293  putative acyl-CoA synthetase  55.35 
 
 		 542 aa  630  1e-179  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0244741 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0622  AMP-dependent synthetase and ligase  55.87 
 
 		 550 aa  625  1e-178  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.49286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2455  putative acyl-CoA synthetase  55.72 
 
 		 542 aa  625  1e-178  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.680464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4824  AMP-dependent synthetase and ligase  56.12 
 
 		 551 aa  624  1e-177  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal  0.874224 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0759  putative acyl-CoA synthetase  54.8 
 
 		 542 aa  622  1e-177  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.153349  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4934  putative acyl-CoA synthetase  55.35 
 
 		 542 aa  618  1e-176  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.115365  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2845  AMP-dependent synthetase and ligase  55.37 
 
 		 540 aa  618  1e-176  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5172  AMP-dependent synthetase and ligase  54.74 
 
 		 549 aa  612  9.999999999999999e-175  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.569954  normal  0.858795 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0617  putative acyl-CoA synthetase  55.72 
 
 		 534 aa  612  9.999999999999999e-175  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.317505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1267  putative acyl-CoA synthetase  54.61 
 
 		 542 aa  614  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.511865 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1315  AMP-dependent synthetase and ligase  53.27 
 
 		 965 aa  611  9.999999999999999e-175  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.689219  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3283  AMP-dependent synthetase and ligase  54.2 
 
 		 553 aa  610  1e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1165  putative acyl-CoA synthetase  54.06 
 
 		 542 aa  608  1e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.431504  normal  0.494269 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  53.56 
 
 		 547 aa  606  9.999999999999999e-173  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0000420413  normal  0.904573 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4392  AMP-dependent synthetase and ligase  53.87 
 
 		 542 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1585  AMP-dependent synthetase and ligase  54.2 
 
 		 549 aa  603  1.0000000000000001e-171  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0437  AMP-dependent synthetase and ligase  53.64 
 
 		 547 aa  601  1e-170  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0809367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2733  AMP-dependent synthetase and ligase  54.34 
 
 		 542 aa  592  1e-168  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.996251  normal  0.088635 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0495  AMP-dependent synthetase and ligase  51.57 
 
 		 553 aa  584  1.0000000000000001e-165  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.61838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1316  AMP-dependent synthetase and ligase  53.69 
 
 		 546 aa  580  1e-164  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.561388  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4187  AMP-dependent synthetase and ligase  52.15 
 
 		 545 aa  571  1e-161  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.554867  normal  0.517417 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0436  AMP-dependent synthetase and ligase  50.48 
 
 		 533 aa  555  1e-157  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0260985  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1426  AMP-dependent synthetase and ligase  50.46 
 
 		 544 aa  530  1e-149  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0094  AMP-dependent synthetase and ligase  49.44 
 
 		 544 aa  529  1e-149  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0605  AMP-dependent synthetase and ligase  50.7 
 
 		 516 aa  531  1e-149  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.194166  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1180  AMP-dependent synthetase and ligase  47.1 
 
 		 534 aa  520  1e-146  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.941071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0212  AMP-dependent synthetase and ligase  47.39 
 
 		 539 aa  514  1e-144  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.240297 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1228  AMP-dependent synthetase and ligase  47.38 
 
 		 540 aa  506  9.999999999999999e-143  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4136  AMP-dependent synthetase and ligase  47.3 
 
 		 587 aa  499  1e-140  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.679053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1771  AMP-dependent synthetase and ligase  47.79 
 
 		 539 aa  499  1e-140  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.301435  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2982  AMP-dependent synthetase and ligase  47.88 
 
 		 537 aa  501  1e-140  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.874572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1579  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.17 
 
 		 537 aa  492  9.999999999999999e-139  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000333435  normal  0.0479837 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3649  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.74 
 
 		 537 aa  494  9.999999999999999e-139  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3660  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.55 
 
 		 537 aa  492  9.999999999999999e-139  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00222723  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3316  AMP-dependent synthetase and ligase  44.55 
 
 		 537 aa  493  9.999999999999999e-139  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000368323  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3738  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.17 
 
 		 537 aa  492  9.999999999999999e-139  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.739742  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3421  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.98 
 
 		 537 aa  491  1e-137  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000306697  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3382  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.98 
 
 		 537 aa  491  1e-137  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000971977  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3332  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.98 
 
 		 537 aa  491  1e-137  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000121528  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3641  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.98 
 
 		 537 aa  491  1e-137  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3690  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.98 
 
 		 537 aa  491  1e-137  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000000281571  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3348  AMP-dependent synthetase and ligase  45.25 
 
 		 542 aa  489  1e-137  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5261  AMP-dependent synthetase and ligase  47.95 
 
 		 548 aa  486  1e-136  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000293821 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2108  AMP-dependent synthetase and ligase  45.59 
 
 		 539 aa  479  1e-134  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2273  AMP-dependent synthetase and ligase  45.57 
 
 		 533 aa  481  1e-134  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0424  AMP-dependent synthetase and ligase  45.93 
 
 		 565 aa  479  1e-134  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0159  AMP-dependent synthetase and ligase  46.13 
 
 		 544 aa  477  1e-133  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.109446  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2358  AMP-dependent synthetase and ligase  47.06 
 
 		 542 aa  478  1e-133  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.594651  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0767  AMP-dependent synthetase and ligase  44.55 
 
 		 542 aa  462  1e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0579  AMP-dependent synthetase and ligase  46.11 
 
 		 521 aa  462  9.999999999999999e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2549  AMP-dependent synthetase and ligase  44.87 
 
 		 550 aa  452  1.0000000000000001e-126  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.798559 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.97 
 
 		 536 aa  453  1.0000000000000001e-126  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.894837  normal  0.430514 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0224  AMP-dependent synthetase and ligase  43.44 
 
 		 549 aa  442  1e-123  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0391267  normal  0.0314439 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4589  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.39 
 
 		 538 aa  439  9.999999999999999e-123  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.335072  normal  0.27889 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3248  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.96 
 
 		 543 aa  437  1e-121  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>