More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1432 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_1368  major facilitator superfamily MFS_1  99.32 
 
 
439 aa  868    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00531865  normal  0.175653 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5312  major facilitator superfamily MFS_1  72.77 
 
 
458 aa  651    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.104662  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2108  major facilitator superfamily transporter  76.55 
 
 
454 aa  684    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0152433  normal  0.3868 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1432  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 
439 aa  873    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.528546  normal  0.24074 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3938  major facilitator transporter  77.52 
 
 
456 aa  629  1e-179  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.718892  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4515  major facilitator transporter  70.11 
 
 
454 aa  630  1e-179  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1353  major facilitator transporter  70.98 
 
 
448 aa  594  1e-168  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.418078 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4030  DNA-cytosine methyltransferase  67.28 
 
 
455 aa  585  1e-166  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7161  major facilitator transporter  62.19 
 
 
456 aa  522  1e-147  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5941  hypothetical protein  59.91 
 
 
456 aa  514  1.0000000000000001e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00787806  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1618  major facilitator transporter  64.41 
 
 
458 aa  511  1e-144  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1099  major facilitator superfamily aromatic acid/H(+) symporter  60.78 
 
 
461 aa  514  1e-144  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0863734  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6046  major facilitator transporter  60.51 
 
 
446 aa  510  1e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3658  aromatic compound MFS transporter, putative  55.91 
 
 
450 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.691847  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6028  major facilitator transporter  58.16 
 
 
452 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.672209  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2637  major facilitator superfamily MFS_1  61.56 
 
 
455 aa  505  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2072  major facilitator transporter  55.86 
 
 
450 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5784  major facilitator transporter  58.72 
 
 
452 aa  499  1e-140  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08630  benzoate transporter  56.62 
 
 
443 aa  452  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.866353  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2964  hypothetical protein  55.84 
 
 
446 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.83907  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0647  major facilitator superfamily MFS_1  55.07 
 
 
451 aa  434  1e-120  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1257  major facilitator transporter  50.94 
 
 
454 aa  430  1e-119  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.281321  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2684  major facilitator transporter  53.51 
 
 
442 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3165  major facilitator transporter  53.06 
 
 
442 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.660067 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2550  major facilitator transporter  53.06 
 
 
442 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3587  major facilitator transporter  52.29 
 
 
445 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2706  major facilitator transporter  53.16 
 
 
440 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.728097  normal  0.300526 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2316  major facilitator superfamily MFS_1  43.61 
 
 
446 aa  363  4e-99  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1895  major facilitator transporter  44.65 
 
 
451 aa  359  5e-98  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.004098  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1181  major facilitator transporter  48 
 
 
443 aa  357  1.9999999999999998e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.383013  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64750  putative MFS transporter  44.04 
 
 
446 aa  332  7.000000000000001e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5623  MFS family transporter  44.44 
 
 
446 aa  330  2e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3052  benzoate MFS transporter  38.43 
 
 
452 aa  321  9.999999999999999e-87  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2281  major facilitator superfamily MFS_1  35.73 
 
 
450 aa  300  4e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1856  major facilitator superfamily MFS_1  36.24 
 
 
435 aa  289  9e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0412  putative benzoate transport protein  39.76 
 
 
433 aa  288  1e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0460  putative benzoate transport protein  39 
 
 
433 aa  287  2e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0464  benzoate transport protein, putative  39 
 
 
433 aa  287  2.9999999999999996e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0344  major facilitator transporter  38.76 
 
 
433 aa  286  5.999999999999999e-76  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0349  benzoate transport protein  39.76 
 
 
436 aa  286  7e-76  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0364  benzoate transport protein  39.76 
 
 
433 aa  286  7e-76  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4906  putative benzoate transport protein  39.51 
 
 
433 aa  285  8e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0335  sugar transporter; benzoate transport protein  39.51 
 
 
436 aa  284  3.0000000000000004e-75  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0398  putative benzoate transport protein  39.51 
 
 
433 aa  283  5.000000000000001e-75  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0340  major facilitator transporter  39.51 
 
 
436 aa  265  8.999999999999999e-70  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1823  major facilitator transporter  37.8 
 
 
442 aa  258  2e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.112408  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0788  major facilitator transporter  35.9 
 
 
453 aa  249  6e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0819  major facilitator transporter  36.66 
 
 
452 aa  248  2e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.138145  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0336  major facilitator transporter  36.66 
 
 
452 aa  248  2e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0700  major facilitator transporter  35.9 
 
 
453 aa  248  2e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0717  major facilitator transporter  35.81 
 
 
453 aa  246  4e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.231958  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6376  major facilitator transporter  33.71 
 
 
449 aa  243  7e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000765522  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4077  4-hydroxybenzoate transporter  35.29 
 
 
475 aa  242  7.999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0892005  normal  0.387821 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3370  major facilitator transporter  36.28 
 
 
453 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.278479  normal  0.891983 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1885  major facilitator transporter  36.92 
 
 
453 aa  238  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.211239 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3912  major facilitator transporter  35.66 
 
 
453 aa  238  2e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7483  major facilitator transporter  35 
 
 
428 aa  237  3e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1093  4-hydroxybenzoate transporter  34.1 
 
 
454 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.818104 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2097  major facilitator transporter  34.55 
 
 
459 aa  232  8.000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.201063 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3229  4-hydroxybenzoate transporter  34.93 
 
 
451 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3214  4-hydroxybenzoate transporter  34.93 
 
 
451 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4217  major facilitator transporter  36.68 
 
 
453 aa  232  9e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.344742  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4149  major facilitator transporter  36.68 
 
 
453 aa  232  9e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0152976  normal  0.117223 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0855  putative 4-hydroxyphenylacetate transporter  34.93 
 
 
451 aa  232  1e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2057  4-hydroxyphenylacetate transporter, putative  34.93 
 
 
451 aa  232  1e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2687  putative 4-hydroxyphenylacetate transporter  34.93 
 
 
451 aa  232  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1922  4-hydroxybenzoate transporter  34.93 
 
 
451 aa  232  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5722  major facilitator superfamily MFS_1  37.05 
 
 
433 aa  232  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.731406  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2564  major facilitator transporter  34.97 
 
 
450 aa  231  2e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3175  4-hydroxybenzoate transporter  34.93 
 
 
451 aa  230  3e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.902434  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7272  major facilitator transporter  33.73 
 
 
437 aa  230  5e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0913  general substrate transporter  34.94 
 
 
465 aa  228  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6040  major facilitator transporter  34.16 
 
 
449 aa  227  3e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.489761  normal  0.189475 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1376  benzoate transport  34.88 
 
 
448 aa  224  3e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.282947 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3708  major facilitator superfamily transporter  31.14 
 
 
441 aa  223  6e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0245193 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2718  major facilitator superfamily aromatic acid transporter  33.87 
 
 
445 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0133806  normal  0.187148 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2523  major facilitator superfamily aromatic acid/H(+) symporter  35.28 
 
 
461 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.108392 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5860  major facilitator transporter  35.92 
 
 
447 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2507  benzoate transport  33.18 
 
 
451 aa  221  1.9999999999999999e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1396  4-hydroxybenzoate transporter  34.63 
 
 
579 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2913  major facilitator transporter  33.64 
 
 
454 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4438  major facilitator transporter  35.47 
 
 
453 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456474  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4011  major facilitator transporter  34.38 
 
 
435 aa  219  8.999999999999998e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.46849  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5027  major facilitator transporter  33.02 
 
 
457 aa  218  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4347  benzoate transport  34.88 
 
 
448 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0793736  normal  0.0224677 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1266  benzoate transport  33.8 
 
 
448 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0741  major facilitator transporter  30.99 
 
 
438 aa  217  4e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0470116 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20360  major facilitator superfamily (MFS) permease  34.33 
 
 
432 aa  216  5.9999999999999996e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0726  4-hydroxybenzoate transporter  33.18 
 
 
455 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6105  major facilitator transporter  32.13 
 
 
465 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.84268 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2375  major facilitator superfamily MFS_1  35.58 
 
 
451 aa  213  5.999999999999999e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.661624  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3199  major facilitator transporter  33.67 
 
 
449 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.105283  normal  0.0955769 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0051  4-hydroxybenzoate transporter  35.53 
 
 
452 aa  212  1e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2095  major facilitator superfamily MFS_1  30.88 
 
 
447 aa  211  1e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2434  major facilitator transporter  33.56 
 
 
452 aa  210  3e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2126  major facilitator superfamily MFS_1  33.65 
 
 
444 aa  210  3e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.647931  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3852  major facilitator superfamily MFS_1  40.62 
 
 
446 aa  210  4e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000421805  normal  0.905597 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4944  major facilitator transporter  34.58 
 
 
456 aa  209  5e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.986503  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3271  transporter, major facilitator family  32.87 
 
 
452 aa  210  5e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.557085 
 
 
-
 
NC_003296  RS01667  4-hydroxybenzoate transporter  35.56 
 
 
458 aa  208  1e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.42633  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>