86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1399 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1399  hypothetical protein  100 
 
 		 207 aa  432  1e-120  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0802655  normal  0.0447539 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1334  hypothetical protein  97.58 
 
 		 207 aa  425  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.256445 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1168  Carboxymuconolactone decarboxylase  67.86 
 
 		 236 aa  281  5.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0628655  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1268  hypothetical protein  69.02 
 
 		 204 aa  268  4e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.739045 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0594  hypothetical protein  62.43 
 
 		 211 aa  247  8e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3981  hypothetical protein  55.37 
 
 		 195 aa  190  2e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.354663  decreased coverage  0.000440982 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1143  hypothetical protein  43.11 
 
 		 185 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245046  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41770  hypothetical protein  44.68 
 
 		 149 aa  148  7e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.285503  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5467  Carboxymuconolactone decarboxylase  40.72 
 
 		 184 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.309116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4087  carboxymuconolactone decarboxylase  40.36 
 
 		 184 aa  141  8e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1625  hypothetical protein  38.37 
 
 		 217 aa  141  8e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.113582 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4279  carboxymuconolactone decarboxylase  40.36 
 
 		 184 aa  141  8e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.445226  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3436  hypothetical protein  40.36 
 
 		 184 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3980  carboxymuconolactone decarboxylase  40.12 
 
 		 184 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395763  normal  0.33482 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1956  hypothetical protein  40.61 
 
 		 184 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0715147  normal  0.617384 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3497  carboxymuconolactone decarboxylase  39.76 
 
 		 184 aa  138  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5221  carboxymuconolactone decarboxylase  37.95 
 
 		 184 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.520498  normal  0.214637 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6153  Carboxymuconolactone decarboxylase  36.61 
 
 		 191 aa  132  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4499  carboxymuconolactone decarboxylase  43.7 
 
 		 184 aa  128  5.0000000000000004e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.414463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2352  hypothetical protein  39.76 
 
 		 187 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1482  hypothetical protein  39.16 
 
 		 187 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1121  hypothetical protein  39.16 
 
 		 187 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1401  hypothetical protein  39.16 
 
 		 187 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2093  hypothetical protein  39.16 
 
 		 187 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0291682  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3153  hypothetical protein  39.16 
 
 		 193 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2386  4-carboxymuconolactone decarboxylase  39.16 
 
 		 193 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5286  Carboxymuconolactone decarboxylase  35.8 
 
 		 181 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0750237  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0028  carboxymuconolactone decarboxylase  35.59 
 
 		 185 aa  125  5e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3267  hypothetical protein  38.55 
 
 		 187 aa  123  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4385  hypothetical protein  34.3 
 
 		 181 aa  122  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.275783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2050  hypothetical protein  31.95 
 
 		 216 aa  121  9e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.562513  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0701  hypothetical protein  33.33 
 
 		 181 aa  119  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.880116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4676  carboxymuconolactone decarboxylase  34.3 
 
 		 181 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5881  Carboxymuconolactone decarboxylase  33.52 
 
 		 190 aa  117  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0484  hypothetical protein  34.91 
 
 		 192 aa  114  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0805  carboxymuconolactone decarboxylase  32.77 
 
 		 188 aa  110  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7432  hypothetical protein  32.12 
 
 		 182 aa  109  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3269  hypothetical protein  30.68 
 
 		 220 aa  86.7  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000290598 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1494  carboxymuconolactone decarboxylase  28.67 
 
 		 213 aa  82.8  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.269396 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3819  Carboxymuconolactone decarboxylase  32.19 
 
 		 210 aa  82  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0886  hypothetical protein  25.95 
 
 		 186 aa  79  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.717688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0712  hypothetical protein  26.63 
 
 		 186 aa  77.4  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.212334 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1611  hypothetical protein  25.95 
 
 		 189 aa  76.3  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0145659 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0928  carboxymuconolactone decarboxylase  28.57 
 
 		 859 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.714443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2163  carboxymuconolactone decarboxylase  29.24 
 
 		 194 aa  60.8  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.175503  normal  0.568346 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3952  hypothetical protein  22.75 
 
 		 180 aa  60.1  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.99956 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1934  hypothetical protein  27.91 
 
 		 174 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000792468  normal  0.160018 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1659  carboxymuconolactone decarboxylase  26.53 
 
 		 183 aa  58.5  0.00000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.413809  normal  0.9764 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0971  hypothetical protein  27.86 
 
 		 170 aa  58.2  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000637227  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05232  4-carboxymuconolactone decarboxylase family protein (AFU_orthologue; AFUA_6G11590)  27.74 
 
 		 234 aa  57.8  0.0000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0846359 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1245  Carboxymuconolactone decarboxylase  26.39 
 
 		 178 aa  57.4  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3120  Carboxymuconolactone decarboxylase  28.04 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.104846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0988  hypothetical protein  24.69 
 
 		 186 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4181  carboxymuconolactone decarboxylase  32.5 
 
 		 173 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.917886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2958  carboxymuconolactone decarboxylase  30.86 
 
 		 186 aa  53.5  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0231766 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2144  carboxymuconolactone decarboxylase  26.52 
 
 		 173 aa  53.9  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.547762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2440  carboxymuconolactone decarboxylase  28.95 
 
 		 176 aa  52.4  0.000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6281  carboxymuconolactone decarboxylase  24.04 
 
 		 179 aa  52.4  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00558931  normal  0.0302802 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1193  carboxymuconolactone decarboxylase  24.29 
 
 		 180 aa  51.6  0.000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.739413  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4212  carboxymuconolactone decarboxylase  25.6 
 
 		 176 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0509659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3758  carboxymuconolactone decarboxylase  28.7 
 
 		 176 aa  48.5  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.284023  normal  0.718458 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3819  carboxymuconolactone decarboxylase  28.7 
 
 		 176 aa  48.5  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.89884 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3746  carboxymuconolactone decarboxylase  28.7 
 
 		 176 aa  48.5  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.444516  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6226  carboxymuconolactone decarboxylase  28.7 
 
 		 184 aa  48.5  0.00008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.676342  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2949  hypothetical protein  24.06 
 
 		 194 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3712  carboxymuconolactone decarboxylase  26.11 
 
 		 193 aa  47  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3237  carboxymuconolactone decarboxylase  22.41 
 
 		 190 aa  45.4  0.0005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0525831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3288  carboxymuconolactone decarboxylase  22.41 
 
 		 190 aa  45.4  0.0005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.93763  normal  0.56019 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3226  carboxymuconolactone decarboxylase  22.41 
 
 		 190 aa  45.4  0.0005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.732993  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3805  carboxymuconolactone decarboxylase  24.53 
 
 		 179 aa  44.7  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.565066 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1176  Carboxymuconolactone decarboxylase  26.36 
 
 		 180 aa  44.3  0.001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000527304 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1057  carboxymuconolactone decarboxylase  28.35 
 
 		 181 aa  44.7  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0965  hypothetical protein  27.89 
 
 		 180 aa  44.7  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5137  alkylhydroperoxidase AhpD core  25.58 
 
 		 185 aa  43.5  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5226  alkylhydroperoxidase  25.58 
 
 		 185 aa  43.5  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.528293 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4316  carboxymuconolactone decarboxylase  23.28 
 
 		 229 aa  43.5  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.44347 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5518  alkylhydroperoxidase  25.58 
 
 		 185 aa  43.5  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.707884 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1053  carboxymuconolactone decarboxylase  21.86 
 
 		 187 aa  43.1  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11564  hypothetical protein  25.21 
 
 		 188 aa  42.4  0.004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4779  carboxymuconolactone decarboxylase  25.83 
 
 		 229 aa  42.7  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2330  carboxymuconolactone decarboxylase  21.48 
 
 		 200 aa  42.7  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.464442  normal  0.410951 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0111  carboxymuconolactone decarboxylase  18.66 
 
 		 174 aa  41.6  0.007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.75447  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04023  4-carboxymuconolactone decarboxylase family protein (AFU_orthologue; AFUA_1G03690)  23.39 
 
 		 179 aa  42  0.007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.573475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0015  carboxymuconolactone decarboxylase  23.23 
 
 		 173 aa  41.6  0.008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00130633  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2975  alkylhydroperoxidase  25.74 
 
 		 217 aa  41.6  0.008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2233  Carboxymuconolactone decarboxylase  21.51 
 
 		 193 aa  41.6  0.008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>