More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1387 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1387  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 300 aa  605  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0754648  normal  0.547143 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1323  transcriptional regulator, LysR family  96.33 
 
 		 300 aa  587  1e-167  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  67.45 
 
 		 302 aa  421  1e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000563268 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  67.45 
 
 		 302 aa  421  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  67.45 
 
 		 302 aa  420  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  67.58 
 
 		 302 aa  417  9.999999999999999e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  63.97 
 
 		 302 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  63.79 
 
 		 305 aa  401  1e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  64.29 
 
 		 317 aa  391  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2447  transcriptional regulator, LysR family  66.21 
 
 		 294 aa  386  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.707294  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  61.07 
 
 		 306 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  60.74 
 
 		 306 aa  354  7.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2349  transcriptional regulator, LysR family  60 
 
 		 302 aa  352  5.9999999999999994e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  57.39 
 
 		 309 aa  342  5e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3163  LysR family transcriptional regulator  54.69 
 
 		 314 aa  340  1e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3307  LysR family transcriptional regulator  54.69 
 
 		 314 aa  339  2.9999999999999998e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1207  transcriptional regulator, LysR family  54.69 
 
 		 314 aa  339  2.9999999999999998e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3164  LysR family transcriptional regulator  54.69 
 
 		 314 aa  339  4e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2782  LysR family transcriptional regulator  54.37 
 
 		 320 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0196765  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1091  LysR family transcriptional regulator  55.12 
 
 		 307 aa  335  7e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1157  LysR family transcriptional regulator  55.12 
 
 		 307 aa  334  9e-91  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1091  LysR family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 307 aa  334  1e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.93926 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  55.7 
 
 		 301 aa  330  1e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3473  LysR family transcriptional regulator  53.47 
 
 		 307 aa  330  2e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  57.24 
 
 		 299 aa  329  4e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  56.57 
 
 		 299 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  56.57 
 
 		 299 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  56.57 
 
 		 299 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  55.37 
 
 		 302 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  56.23 
 
 		 299 aa  326  3e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  56.23 
 
 		 299 aa  326  3e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  56.23 
 
 		 299 aa  326  3e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  56.23 
 
 		 299 aa  326  3e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  54.95 
 
 		 320 aa  326  4.0000000000000003e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  53.69 
 
 		 302 aa  323  2e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  53.69 
 
 		 302 aa  322  4e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  53.2 
 
 		 302 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  53.72 
 
 		 309 aa  308  9e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 296 aa  283  2.0000000000000002e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1264  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  46.37 
 
 		 335 aa  274  1.0000000000000001e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2042  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 297 aa  261  1e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.579809 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 299 aa  254  1.0000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8728  transcriptional regulator, LysR family  46.37 
 
 		 304 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1807  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 305 aa  231  1e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.625247  normal  0.540771 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 295 aa  229  4e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3037  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 299 aa  208  8e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.585683 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 306 aa  202  5e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 306 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  41.44 
 
 		 293 aa  199  3e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 335 aa  200  3e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  41.41 
 
 		 305 aa  199  5e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 309 aa  199  5e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 		 306 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.78 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 303 aa  197  3e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 322 aa  196  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  37.04 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 303 aa  195  9e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 		 306 aa  192  6e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.59 
 
 		 295 aa  192  6e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  39.87 
 
 		 308 aa  191  9e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 304 aa  191  9e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 305 aa  190  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.55 
 
 		 307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 313 aa  189  4e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 322 aa  188  9e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  38.59 
 
 		 299 aa  187  1e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 297 aa  186  3e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3303  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 298 aa  187  3e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1113  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 318 aa  186  4e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.293194 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11490  Transcriptional regulator, LysR family  40.86 
 
 		 327 aa  184  1.0000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.135778  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  35.55 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0186  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 297 aa  183  3e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  38.16 
 
 		 309 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 300 aa  182  7e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1428  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 313 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.986267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1450  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 313 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135059  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 302 aa  180  2e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1865  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 313 aa  180  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000631239 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0968  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 313 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3332  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0789426  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.93 
 
 		 302 aa  179  4e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  38.28 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 301 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4595  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 313 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.489457  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 296 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 323 aa  179  7e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 323 aa  179  7e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0606  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 300 aa  178  8e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>