More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1380 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01698  predicted transporter  77.11 
 
 
463 aa  682    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.770973  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1913  sodium:dicarboxylate symporter  76.89 
 
 
463 aa  679    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0453037  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2193  sodium:dicarboxylate symporter  80.82 
 
 
464 aa  681    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2651  sodium:dicarboxylate symporter family protein  75.38 
 
 
463 aa  686    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.342663  normal  0.0129409 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2024  sodium:dicarboxylate symporter family protein  76.89 
 
 
463 aa  677    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.546812  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1795  sodium:dicarboxylate symporter  75.59 
 
 
463 aa  687    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1685  sodium:dicarboxylate symporter family protein  75.59 
 
 
463 aa  687    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.24446  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2123  sodium:dicarboxylate symporter  77.75 
 
 
463 aa  696    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00153943  decreased coverage  0.000144884 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1974  sodium:dicarboxylate symporter family  77.11 
 
 
463 aa  680    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.47375  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1316  sodium:dicarboxylate symporter  97.62 
 
 
462 aa  834    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.539428 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2447  transporter, dicarboxylate/amino acid:cation (Na+ or H+) symporter (DAACS) family  77.11 
 
 
463 aa  682    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2041  sodium:dicarboxylate symporter  79.7 
 
 
463 aa  711    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0258833  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1903  sodium:dicarboxylate symporter  77.11 
 
 
463 aa  682    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.835053 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5360  Sodium:dicarboxylate symporter  72.29 
 
 
463 aa  639    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1434  sodium:dicarboxylate symporter family  77.32 
 
 
463 aa  680    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1851  transporter, dicarboxylate/amino acid:cation (Na+ or H+) symporter (DAACS) family  77.32 
 
 
463 aa  696    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0377279  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1417  sodium:dicarboxylate symporter family  77.11 
 
 
463 aa  679    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.977711  normal  0.0168529 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1900  sodium:dicarboxylate symporter  80.82 
 
 
464 aa  676    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1380  sodium:dicarboxylate symporter  100 
 
 
462 aa  903    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.379298  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1462  sodium/dicarboxylate symporter family protein  77.32 
 
 
463 aa  683    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.726866 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1714  sodium:dicarboxylate symporter  75.38 
 
 
463 aa  657    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.424207  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01686  hypothetical protein  77.11 
 
 
463 aa  682    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.709568  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1950  sodium/dicarboxylate symporter family protein  76.89 
 
 
463 aa  681    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1449  sodium:dicarboxylate symporter family  77.32 
 
 
463 aa  680    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1962  sodium:dicarboxylate symporter  79.05 
 
 
463 aa  720    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.152982  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1810  sodium/dicarboxylate symporter family protein  76.89 
 
 
463 aa  679    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5131  sodium:dicarboxylate symporter  71.17 
 
 
463 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5183  sodium:dicarboxylate symporter  70.94 
 
 
463 aa  591  1e-168  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.337682  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5004  sodium:dicarboxylate symporter  71.17 
 
 
463 aa  592  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.143079  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0334  sodium:dicarboxylate symporter  68.83 
 
 
463 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4249  sodium:dicarboxylate symporter  65.21 
 
 
462 aa  563  1.0000000000000001e-159  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.688664 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0365  dicarboxylate/amino acid:cation (Na+ or H+) symporter (DAACS) family protein  63.38 
 
 
451 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0856  sodium/dicarboxylate symporter  58.03 
 
 
471 aa  512  1e-144  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003695  sodium/dicarboxylate symporter  56.67 
 
 
457 aa  503  1e-141  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1813  sodium/dicarboxylate symporter  55.26 
 
 
456 aa  499  1e-140  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0716204  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02122  hypothetical protein  55.78 
 
 
457 aa  500  1e-140  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0981  sodium:dicarboxylate symporter  56.67 
 
 
463 aa  474  1e-132  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.216579  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2975  sodium:dicarboxylate symporter  53.85 
 
 
463 aa  431  1e-119  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0873777  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4100  sodium:dicarboxylate symporter  53.15 
 
 
464 aa  423  1e-117  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000169232  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4358  sodium:dicarboxylate symporter family protein  52.21 
 
 
464 aa  421  1e-116  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4267  sodium:dicarboxylate symporter family protein  51.99 
 
 
464 aa  421  1e-116  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4324  sodium:dicarboxylate symporter family protein  51.99 
 
 
464 aa  420  1e-116  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000495156  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4148  sodium:dicarboxylate symporter family protein  51.99 
 
 
464 aa  421  1e-116  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000696352  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3988  sodium:dicarboxylate symporter family protein  51.99 
 
 
464 aa  421  1e-116  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.04073e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3998  sodium:dicarboxylate symporter family protein  51.99 
 
 
464 aa  421  1e-116  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000216588  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4469  sodium:dicarboxylate symporter family protein  51.99 
 
 
464 aa  421  1e-116  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000172174  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4377  sodium:dicarboxylate symporter family protein  51.99 
 
 
464 aa  420  1e-116  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000178657  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0876  sodium:dicarboxylate symporter family protein  52.21 
 
 
464 aa  421  1e-116  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000000242898  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0682  sodium:dicarboxylate symporter  48.12 
 
 
465 aa  394  1e-108  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000000682862  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0130  sodium/dicarboxylate symporter family protein  45.68 
 
 
457 aa  385  1e-106  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00000347492  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1461  sodium:dicarboxylate symporter  50.11 
 
 
451 aa  382  1e-105  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000388581  normal  0.0381632 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0063  sodium:dicarboxylate symporter family protein  47.07 
 
 
462 aa  375  1e-103  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00246087  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1803  transporter, dicarboxylate/amino acid:cation (na+ or H+) symporter (daacs) family  45.56 
 
 
448 aa  378  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.260998  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1481  dicarboxylate/amino acid:cation (Na+ or H+) symporter family transporter  45.56 
 
 
448 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.175987  hitchhiker  0.00000339976 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1500  dicarboxylate/amino acid:cation (Na+ or H+) symporter family protein  45.56 
 
 
448 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000799891 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1465  transporter dicarboxylate/amino acid:cation (na+ or H+) symporter (daacs) family  45.78 
 
 
448 aa  378  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.361022  normal  0.10396 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1974  dicarboxylate/amino acid:cation (Na+ or H+) symporter family protein  45.33 
 
 
448 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.416802  hitchhiker  0.000000330732 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0324  sodium:dicarboxylate symporter  44.71 
 
 
455 aa  371  1e-101  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0442  sodium:dicarboxylate symporter  48.84 
 
 
462 aa  358  1.9999999999999998e-97  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00000381157  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0431  sodium:dicarboxylate symporter  48.84 
 
 
462 aa  358  1.9999999999999998e-97  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000163479  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1660  Na+/H+-dicarboxylate symporter  44.92 
 
 
480 aa  355  1e-96  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000000719973  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1200  sodium:dicarboxylate symporter  41.81 
 
 
464 aa  349  7e-95  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2153  sodium:dicarboxylate symporter  49.63 
 
 
470 aa  343  4e-93  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0754  transporter, dicarboxylate/amino acid:cation (na+ or H+) symporter (daacs) family protein  44.83 
 
 
463 aa  342  1e-92  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.7297  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02783  hypothetical protein  42.22 
 
 
468 aa  336  5.999999999999999e-91  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1019  sodium:dicarboxylate symporter family protein  31.49 
 
 
435 aa  202  9.999999999999999e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00254139  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1191  sodium/dicarboxylate symporter family protein  31.74 
 
 
435 aa  201  3e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0028335  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0025  sodium/dicarboxylate symporter  30.28 
 
 
461 aa  200  3.9999999999999996e-50  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.181863  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0052  sodium/dicarboxylate symporter  30.28 
 
 
461 aa  200  3.9999999999999996e-50  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0027  sodium/dicarboxylate symporter  30.28 
 
 
461 aa  199  1.0000000000000001e-49  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1396  sodium:dicarboxylate symporter  30.17 
 
 
450 aa  195  2e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000220299  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3562  proton/glutamate symporter, putative  32.32 
 
 
413 aa  183  6e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1948  sodium:dicarboxylate symporter family protein  32.41 
 
 
437 aa  182  1e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0775  sodium:dicarboxylate symporter  31.79 
 
 
432 aa  182  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0764  sodium:dicarboxylate symporter  31.79 
 
 
435 aa  181  4e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3259  sodium:dicarboxylate symporter  31.79 
 
 
440 aa  180  4e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2889  sodium:dicarboxylate symporter  32.13 
 
 
444 aa  180  4.999999999999999e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.568975  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3362  sodium:dicarboxylate symporter  31.79 
 
 
440 aa  180  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0863  sodium:dicarboxylate symporter  31.84 
 
 
443 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0922  proton/glutamate symporter  31.81 
 
 
424 aa  178  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1095  sodium:dicarboxylate symporter  31.26 
 
 
419 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0743  sodium:dicarboxylate symporter  31.33 
 
 
433 aa  177  3e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3549  sodium:dicarboxylate symporter  31.44 
 
 
444 aa  176  7e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3671  sodium:dicarboxylate symporter  31.44 
 
 
444 aa  176  8e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.154898 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3263  sodium:dicarboxylate symporter  31.55 
 
 
419 aa  176  9e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.316295  normal  0.0437652 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1129  sodium:dicarboxylate symporter  31.55 
 
 
419 aa  176  9e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0768  sodium:dicarboxylate symporter  31.44 
 
 
444 aa  176  9e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1028  sodium:dicarboxylate symporter  31.26 
 
 
419 aa  176  9e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1055  sodium:dicarboxylate symporter  31.24 
 
 
417 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.637343 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3480  sodium:dicarboxylate symporter  31.22 
 
 
444 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2768  proton/glutamate symporter  32.34 
 
 
430 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0862  sodium:dicarboxylate symporter  31.19 
 
 
449 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1216  sodium:dicarboxylate symporter  30.86 
 
 
441 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01901  glutamate symport protein  30.11 
 
 
439 aa  173  5.999999999999999e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.876346  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1656  glutamate symport protein  30.44 
 
 
437 aa  172  1e-41  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.51516  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1726  sodium:dicarboxylate symporter  30.48 
 
 
437 aa  172  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.172911 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0480  sodium:dicarboxylate symporter  29.98 
 
 
428 aa  171  2e-41  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0200306  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1603  sodium:dicarboxylate symporter  30.44 
 
 
437 aa  171  3e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1657  sodium:dicarboxylate symporter  31.65 
 
 
437 aa  171  4e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.188605  hitchhiker  0.000269021 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1582  sodium:dicarboxylate symporter  31.58 
 
 
437 aa  170  5e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.147509 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>