More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1262 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1326  aminotransferase AlaT  94.92 
 
 		 413 aa  822    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0763036  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1262  aminotransferase AlaT  100 
 
 		 429 aa  888    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.30879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1765  aminotransferase AlaT  76.34 
 
 		 412 aa  650    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.436136  normal  0.213535 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2560  aminotransferase AlaT  77.34 
 
 		 410 aa  665    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.752509  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2026  aminotransferase AlaT  73.15 
 
 		 409 aa  653    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1879  aminotransferase AlaT  76.34 
 
 		 412 aa  641    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.123534  hitchhiker  0.0000142896 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2387  aminotransferase AlaT  79.17 
 
 		 414 aa  698    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1540  aminotransferase AlaT  74.2 
 
 		 409 aa  649    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.790745 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1994  aminotransferase AlaT  82.4 
 
 		 427 aa  720    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0842  aminotransferase AlaT  73.2 
 
 		 426 aa  639    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.387526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2397  aminotransferase AlaT  74.39 
 
 		 415 aa  637    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2233  aminotransferase AlaT  74.15 
 
 		 412 aa  635    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5156  aminotransferase AlaT  76.59 
 
 		 412 aa  640    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.32187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1418  aminotransferase AlaT  76.34 
 
 		 412 aa  640    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00886152  normal  0.0522162 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2271  aminotransferase AlaT  74.15 
 
 		 412 aa  635    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2197  aminotransferase AlaT  74.88 
 
 		 412 aa  659    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000141545  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2579  aminotransferase AlaT  78.87 
 
 		 435 aa  668    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0930  aminotransferase AlaT  75.24 
 
 		 415 aa  641    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.703873  normal  0.497759 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5220  aminotransferase AlaT  81.86 
 
 		 411 aa  710    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0739506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1911  aminotransferase AlaT  83.33 
 
 		 426 aa  737    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2189  aminotransferase AlaT  80.54 
 
 		 407 aa  670    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.662923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2382  aminotransferase AlaT  75.18 
 
 		 416 aa  643    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.378637  normal  0.475117 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1967  aminotransferase AlaT  83.58 
 
 		 409 aa  726    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000390932  normal  0.209887 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6224  aminotransferase AlaT  76.59 
 
 		 412 aa  642    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1805  aminotransferase AlaT  75.18 
 
 		 416 aa  644    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.605572  hitchhiker  0.00221354 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1793  aminotransferase AlaT  76.59 
 
 		 412 aa  641    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1855  aminotransferase AlaT  76.59 
 
 		 412 aa  642    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.300188  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0437  aminotransferase AlaT  73.71 
 
 		 418 aa  654    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1201  aminotransferase AlaT  99.03 
 
 		 413 aa  851    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.895209  normal  0.0291272 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1830  aminotransferase AlaT  82.11 
 
 		 409 aa  702    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.841388  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1237  aminotransferase AlaT  78.68 
 
 		 412 aa  688    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0169651 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2232  aminotransferase AlaT  80.99 
 
 		 407 aa  694    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0248058  hitchhiker  0.00000226565 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3207  aminotransferase AlaT  79.06 
 
 		 410 aa  683    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2662  aminotransferase AlaT  82.22 
 
 		 409 aa  709    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0903  aminotransferase AlaT  71.57 
 
 		 429 aa  619  1e-176  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1047  aminotransferase AlaT  71.57 
 
 		 429 aa  619  1e-176  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1552  aminotransferase AlaT  67.24 
 
 		 409 aa  588  1e-167  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1097  aminotransferase AlaT  65.84 
 
 		 404 aa  572  1.0000000000000001e-162  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.832418  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1563  aminotransferase AlaT  64.85 
 
 		 404 aa  572  1.0000000000000001e-162  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2516  aminotransferase AlaT  65.34 
 
 		 404 aa  568  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0408382  normal  0.443228 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01427  aminotransferase AlaT  63.86 
 
 		 404 aa  569  1e-161  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2559  aminotransferase AlaT  65.34 
 
 		 404 aa  568  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00595709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2471  aminotransferase AlaT  65.34 
 
 		 404 aa  568  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00191502  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2571  aminotransferase AlaT  65.34 
 
 		 404 aa  568  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.853927  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02215  aspartate aminotransferase  64.09 
 
 		 405 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1366  aminotransferase class I and II  64.09 
 
 		 405 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.465492  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1362  aminotransferase AlaT  64.09 
 
 		 405 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.594502 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2445  aminotransferase AlaT  64.09 
 
 		 405 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2666  aminotransferase AlaT  64.09 
 
 		 405 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.180875  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2583  aminotransferase AlaT  64.09 
 
 		 405 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.45985  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02175  hypothetical protein  64.09 
 
 		 405 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3310  aminotransferase AlaT  64.34 
 
 		 404 aa  561  1.0000000000000001e-159  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000424805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2439  aminotransferase AlaT  64.09 
 
 		 405 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2553  aminotransferase AlaT  64.09 
 
 		 404 aa  560  1e-158  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1558  aminotransferase AlaT  64.34 
 
 		 404 aa  560  1e-158  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.302938  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1819  aminotransferase AlaT  64.09 
 
 		 404 aa  560  1e-158  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2834  aminotransferase AlaT  64.09 
 
 		 405 aa  559  1e-158  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0052694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3429  aminotransferase AlaT  64.09 
 
 		 405 aa  560  1e-158  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.412347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1450  aminotransferase AlaT  64.34 
 
 		 404 aa  560  1e-158  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1391  aminotransferase AlaT  63.59 
 
 		 404 aa  556  1e-157  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0476582  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2774  aminotransferase AlaT  63.59 
 
 		 404 aa  552  1e-156  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.363004  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1475  aminotransferase AlaT  61.94 
 
 		 404 aa  552  1e-156  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.714124 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2522  aminotransferase AlaT  64.59 
 
 		 403 aa  550  1e-155  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0098496  normal  0.421504 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1490  aminotransferase AlaT  63.34 
 
 		 404 aa  550  1e-155  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1872  aminotransferase AlaT  63.84 
 
 		 403 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.866522  normal  0.490058 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1481  aminotransferase AlaT  63.84 
 
 		 403 aa  547  1e-154  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3843  aminotransferase AlaT  63.84 
 
 		 403 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0237926  normal  0.409513 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2553  aminotransferase AlaT  61.6 
 
 		 406 aa  545  1e-154  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000352326 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1447  aminotransferase AlaT  63.84 
 
 		 403 aa  547  1e-154  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0541953  normal  0.418968 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1779  aminotransferase, classes I and II  62.84 
 
 		 403 aa  541  1e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3615  aminotransferase AlaT  62.84 
 
 		 403 aa  541  1e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.222479 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2327  aminotransferase AlaT  64.09 
 
 		 403 aa  544  1e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.218058  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3983  aminotransferase AlaT  63.09 
 
 		 403 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1348  aminotransferase AlaT  62.38 
 
 		 410 aa  540  9.999999999999999e-153  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.613177  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27500  aminotransferase AlaT  63.34 
 
 		 403 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223  normal  0.0677346 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1772  aminotransferase AlaT  60.65 
 
 		 404 aa  540  9.999999999999999e-153  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1164  aminotransferase AlaT  59.28 
 
 		 423 aa  537  1e-151  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000136093 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2838  aminotransferase AlaT  60.35 
 
 		 406 aa  535  1e-151  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00546919  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15420  aminotransferase AlaT  62.34 
 
 		 403 aa  536  1e-151  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.169298  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1697  aminotransferase AlaT  59.16 
 
 		 404 aa  536  1e-151  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00135773  normal  0.0103936 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0717  bifunctional HTH-domain containing protein/aminotransferase  58.44 
 
 		 546 aa  534  1e-150  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.890628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0692  bifunctional HTH-domain containing protein/aminotransferase  57.35 
 
 		 545 aa  531  1e-150  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004034  aspartate/tyrosine/aromatic aminotransferase  63.4 
 
 		 377 aa  530  1e-149  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2136  aminotransferase AlaT  58.91 
 
 		 404 aa  528  1e-149  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000003299  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1993  aminotransferase AlaT  58.66 
 
 		 404 aa  529  1e-149  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000340923  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2034  aminotransferase AlaT  59.9 
 
 		 409 aa  529  1e-149  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0619  aminotransferase AlaT  59.41 
 
 		 404 aa  529  1e-149  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1907  aminotransferase AlaT  58.66 
 
 		 404 aa  529  1e-149  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0371562  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2145  aminotransferase AlaT  58.66 
 
 		 404 aa  529  1e-149  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0123768  normal  0.013049 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0815  bifunctional HTH-domain containing protein/aminotransferase  59.07 
 
 		 543 aa  531  1e-149  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000101796  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2483  aminotransferase AlaT  58.42 
 
 		 404 aa  528  1e-148  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5139  aminotransferase class I and II  59.01 
 
 		 405 aa  526  1e-148  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2186  aminotransferase AlaT  58.91 
 
 		 404 aa  528  1e-148  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0116007  hitchhiker  0.0000796171 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01072  aminotransferase AlaT  58.66 
 
 		 406 aa  527  1e-148  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2040  aminotransferase AlaT  58.42 
 
 		 404 aa  528  1e-148  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00341686  hitchhiker  0.00762729 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1935  aminotransferase AlaT  58.91 
 
 		 404 aa  527  1e-148  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00236574  normal  0.0314212 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4521  aminotransferase AlaT  58.91 
 
 		 404 aa  527  1e-148  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2248  aminotransferase AlaT  58.91 
 
 		 404 aa  527  1e-148  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000013752  hitchhiker  0.00000000752949 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2235  aminotransferase AlaT  58.91 
 
 		 404 aa  527  1e-148  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000654312  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1872  aminotransferase AlaT  58.42 
 
 		 404 aa  522  1e-147  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>