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for query gene Rpic12D_1213 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1213  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  100 
 
 		 518 aa  1024    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0951018  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1292  multidrug resistance B (translocase) transmembrane protein  93.24 
 
 		 518 aa  956    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.453307  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1058  EmrB/QacA family drug resistance transporter  68.54 
 
 		 519 aa  717    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.080151  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2415  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  62.94 
 
 		 517 aa  655    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1635  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  66.27 
 
 		 520 aa  682    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.296627  decreased coverage  0.000294236 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6206  EmrB/QacA family drug resistance transporter  60.95 
 
 		 520 aa  635    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2025  EmrB/QacA family drug resistance transporter  81.84 
 
 		 533 aa  820    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1918  EmrB/QacA family drug resistance transporter  68.54 
 
 		 519 aa  717    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.190934  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1504  EmrB/QacA family drug resistance transporter  68.54 
 
 		 519 aa  717    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4644  EmrB/QacA family drug resistance transporter  67.73 
 
 		 519 aa  712    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121761  normal  0.846294 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1726  EmrB/QacA family drug resistance transporter  66.67 
 
 		 521 aa  707    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.917815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1425  EmrB/QacA family drug resistance transporter  68.33 
 
 		 519 aa  704    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0184869 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0994  EmrB/QacA family drug resistance transporter  68.54 
 
 		 519 aa  717    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1743  EmrB/QacA family drug resistance transporter  68.34 
 
 		 519 aa  716    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.14993  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1122  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  99.61 
 
 		 518 aa  1019    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.390986  normal  0.386447 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3742  EmrB/QacA family drug resistance transporter  66.67 
 
 		 544 aa  674    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0155097  normal  0.299705 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0172  EmrB/QacA family drug resistance transporter  68.54 
 
 		 519 aa  717    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.142041  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2561  EmrB/QacA family drug resistance transporter  68.54 
 
 		 519 aa  720    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0307568  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1516  EmrB/QacA family drug resistance transporter  60.34 
 
 		 527 aa  647    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1752  EmrB/QacA family drug resistance transporter  68.53 
 
 		 519 aa  709    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0707168 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3234  EmrB/QacA family drug resistance transporter  65.09 
 
 		 522 aa  659    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.201721  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2817  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  65.88 
 
 		 520 aa  700    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.05627  normal  0.701384 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2028  EmrB/QacA family drug resistance transporter  79.27 
 
 		 537 aa  798    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0715517  normal  0.28108 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4313  EmrB/QacA subfamily drug resistance transporter EmrB/QacA subfamily  61.58 
 
 		 519 aa  644    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.221142 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1023  EmrB/QacA family drug resistance transporter  68.13 
 
 		 519 aa  723    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3489  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  66.54 
 
 		 520 aa  667    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0745161  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1766  EmrB/QacA family drug resistance transporter  68.54 
 
 		 519 aa  717    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1446  EmrB/QacA family drug resistance transporter  66.4 
 
 		 524 aa  660    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0633713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1385  EmrB/QacA family drug resistance transporter  68.53 
 
 		 519 aa  704    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1479  EmrB/QacA family drug resistance transporter  68.13 
 
 		 519 aa  724    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2022  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  61.09 
 
 		 520 aa  639    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00497968 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1503  EmrB/QacA family drug resistance transporter  68.13 
 
 		 519 aa  723    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.177807  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4020  EmrB/QacA family drug resistance transporter  61.62 
 
 		 518 aa  632  1e-180  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.490791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4686  EmrB/QacA family drug resistance transporter  61.17 
 
 		 520 aa  626  1e-178  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000722288  normal  0.323338 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1129  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  60.12 
 
 		 525 aa  626  1e-178  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.943729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5195  EmrB/QacA family drug resistance transporter  58.03 
 
 		 577 aa  622  1e-177  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.440847  normal  0.0484708 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5530  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  59.72 
 
 		 543 aa  624  1e-177  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.214437  normal  0.30089 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5573  EmrB/QacA family drug resistance transporter  60.32 
 
 		 517 aa  617  1e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0322  EmrB/QacA family drug resistance transporter  63.38 
 
 		 522 aa  617  1e-175  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.516199 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5791  EmrB/QacA family drug resistance transporter  60.08 
 
 		 517 aa  616  1e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0859755  normal  0.838213 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0256  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  63.24 
 
 		 522 aa  611  9.999999999999999e-175  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0261  EmrB/QacA family drug resistance transporter  63.04 
 
 		 522 aa  607  9.999999999999999e-173  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135195 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7509  EmrB/QacA family drug resistance transporter  57.25 
 
 		 517 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3584  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  58.03 
 
 		 531 aa  595  1e-169  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00201825  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4010  EmrB/QacA family drug resistance transporter  60.4 
 
 		 519 aa  594  1e-168  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0954108  normal  1 
 
 
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NC_010552  BamMC406_4472  EmrB/QacA family drug resistance transporter  60.2 
 
 		 519 aa  592  1e-168  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.238318  normal  0.949404 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3785  EmrB/QacA family drug resistance transporter  60.65 
 
 		 519 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.196393  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4583  EmrB/QacA family drug resistance transporter  60.65 
 
 		 519 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.169299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5722  EmrB/QacA family drug resistance transporter  60.65 
 
 		 519 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.102537  normal  0.245407 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1261  EmrB/QacA family drug resistance transporter  60.81 
 
 		 519 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0858  EmrB/QacA family drug resistance transporter  56.89 
 
 		 515 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.916368  n/a   
 
 
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NC_012917  PC1_3331  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  56.97 
 
 		 511 aa  574  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0816524  n/a   
 
 
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NC_010159  YpAngola_A3461  multidrug resistance protein B  57.17 
 
 		 511 aa  568  1e-161  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.611803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3202  multidrug resistance protein B  57.17 
 
 		 511 aa  568  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3339  EmrB/QacA family drug resistance transporter  57.17 
 
 		 511 aa  568  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2932  multidrug resistance protein B  56.16 
 
 		 512 aa  563  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.576129  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3164  EmrB/QacA family drug resistance transporter  56.91 
 
 		 515 aa  563  1.0000000000000001e-159  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3015  multidrug resistance protein B  56.16 
 
 		 512 aa  561  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.551844  hitchhiker  0.000631147 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2963  multidrug resistance protein B  55.96 
 
 		 512 aa  561  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00759012 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2998  multidrug resistance protein B  55.96 
 
 		 512 aa  561  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.958299  hitchhiker  0.000766816 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0857  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  55.99 
 
 		 510 aa  560  1e-158  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3487  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  56.36 
 
 		 511 aa  557  1e-157  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2808  multidrug resistance protein B  56.57 
 
 		 512 aa  551  1e-156  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.001171  hitchhiker  0.00961991 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02541  multidrug efflux system protein  56.36 
 
 		 512 aa  551  1e-155  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.812517  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0998  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  56.36 
 
 		 512 aa  551  1e-155  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.614852  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3931  multidrug resistance protein B  56.36 
 
 		 512 aa  551  1e-155  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.168353  normal  0.641954 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3121  multidrug resistance protein B  56.16 
 
 		 512 aa  548  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0252817 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0889  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  55.96 
 
 		 513 aa  551  1e-155  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0758552  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2969  multidrug resistance protein B  56.36 
 
 		 512 aa  551  1e-155  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.116055  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02506  hypothetical protein  56.36 
 
 		 512 aa  551  1e-155  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.781266  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1021  EmrB/QacA family drug resistance transporter  56.36 
 
 		 512 aa  551  1e-155  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0123748 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2822  multidrug resistance protein B  56.36 
 
 		 512 aa  551  1e-155  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.292864  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3744  EmrB/QacA family drug resistance transporter  56.71 
 
 		 511 aa  550  1e-155  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.171868 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0048  EmrB/QacA family drug resistance transporter  51.6 
 
 		 520 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0046  EmrB/QacA family drug resistance transporter  52.4 
 
 		 520 aa  536  1e-151  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3190  multidrug resistance protein B  55.82 
 
 		 515 aa  536  1e-151  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0313882  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3188  EmrB/QacA family drug resistance transporter  53.07 
 
 		 521 aa  536  1e-151  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.477871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0066  EmrB/QacA family drug resistance transporter  51.8 
 
 		 520 aa  535  1e-151  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0023  EmrB/QacA family drug resistance transporter  51.8 
 
 		 520 aa  535  1e-151  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.834829  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0037  EmrB/QacA family drug resistance transporter  52.52 
 
 		 520 aa  537  1e-151  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0047  EmrB/QacA family drug resistance transporter  51.8 
 
 		 520 aa  535  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.843987  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3229  EmrB/QacA family drug resistance transporter  52 
 
 		 520 aa  531  1e-150  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.179546 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4486  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  52.11 
 
 		 520 aa  533  1e-150  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000152739  hitchhiker  0.000119733 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3503  EmrB/QacA family drug resistance transporter  51.5 
 
 		 520 aa  522  1e-147  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2770  EmrB/QacA family drug resistance transporter  51.5 
 
 		 520 aa  522  1e-147  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0235  EmrB/QacA family drug resistance transporter  51.7 
 
 		 520 aa  523  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3951  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  51.5 
 
 		 520 aa  523  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.909778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0023  EmrB/QacA family drug resistance transporter  51.7 
 
 		 520 aa  523  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.636069  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0023  EmrB/QacA family drug resistance transporter  51.5 
 
 		 520 aa  522  1e-147  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0022  EmrB/QacA family drug resistance transporter  51.5 
 
 		 520 aa  521  1e-146  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.171163  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3229  EmrB/QacA family drug resistance transporter  49.9 
 
 		 494 aa  474  1e-132  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.436149 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3548  EmrB/QacA family drug resistance transporter  46.89 
 
 		 511 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.481697  normal  1 
 
 
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NC_009656  PSPA7_5898  drug efflux transporter  48.9 
 
 		 509 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009512  Pput_2226  EmrB/QacA family drug resistance transporter  47.08 
 
 		 511 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010322  PputGB1_2374  EmrB/QacA family drug resistance transporter  46.89 
 
 		 511 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010501  PputW619_2079  EmrB/QacA family drug resistance transporter  46.69 
 
 		 511 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.352651  normal  1 
 
 
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NC_008463  PA14_68140  drug efflux transporter  48.9 
 
 		 509 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000279343  decreased coverage  0.00567017 
 
 
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NC_011004  Rpal_4220  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  45.28 
 
 		 510 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.663619  n/a   
 
 
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NC_011071  Smal_1289  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  47.69 
 
 		 529 aa  463  1e-129  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.433628  normal  0.278369 
 
 
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NC_011353  ECH74115_3598  multidrug resistance protein Y  46.42 
 
 		 512 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0257273 
 
 
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