More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1209 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008785  BMASAVP1_A1508  transcription elongation factor NusA  81.63 
 
 		 491 aa  794    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1228  transcription elongation factor NusA  83.54 
 
 		 493 aa  833    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.00625796  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1288  transcription elongation factor NusA  96.33 
 
 		 491 aa  947    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0215031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3384  NusA antitermination factor  73.93 
 
 		 494 aa  739    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0163394  normal  0.419703 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1631  transcription elongation factor NusA  81.02 
 
 		 491 aa  784    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00268035 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1116  transcription elongation factor NusA  99.19 
 
 		 491 aa  964    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.749384 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1062  transcription elongation factor NusA  81.63 
 
 		 491 aa  794    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2453  transcription elongation factor NusA  68.98 
 
 		 490 aa  684    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000540151  normal  0.905596 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1209  transcription elongation factor NusA  100 
 
 		 491 aa  972    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.128579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2029  transcription elongation factor NusA  91.04 
 
 		 491 aa  896    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1700  NusA antitermination factor  74.34 
 
 		 492 aa  744    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00892855 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0698  NusA antitermination factor  67.21 
 
 		 492 aa  659    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.10534  normal  0.240105 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1914  transcription elongation factor NusA  81.63 
 
 		 491 aa  794    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.845456  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4640  transcription elongation factor NusA  80.82 
 
 		 491 aa  786    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0433765  normal  0.822705 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1756  transcription elongation factor NusA  81.02 
 
 		 491 aa  786    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.661093  normal  0.0375978 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1865  transcription elongation factor NusA  68.02 
 
 		 495 aa  653    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.253606  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2565  transcription elongation factor NusA  81.43 
 
 		 491 aa  791    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00130089  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1094  transcription elongation factor NusA  82.11 
 
 		 493 aa  820    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2133  NusA antitermination factor  71.28 
 
 		 498 aa  713    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.502906  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2425  NusA antitermination factor  71.08 
 
 		 506 aa  720    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000562867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2821  transcription elongation factor NusA  80.82 
 
 		 491 aa  784    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00148151  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1421  transcription elongation factor NusA  81.43 
 
 		 491 aa  789    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0329519 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1475  transcription elongation factor NusA  80.82 
 
 		 491 aa  783    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2032  transcription elongation factor NusA  92.26 
 
 		 491 aa  910    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.395424  normal  0.0287229 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0176  transcription elongation factor NusA  81.63 
 
 		 491 aa  794    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0109764  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1691  transcription elongation factor NusA  68.16 
 
 		 491 aa  672    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.349056  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2989  NusA antitermination factor  72.1 
 
 		 495 aa  709    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1019  transcription elongation factor NusA  81.02 
 
 		 491 aa  786    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.974468  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2562  NusA antitermination factor  73.32 
 
 		 494 aa  737    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0312455  hitchhiker  0.00289599 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2750  NusA antitermination factor  71.69 
 
 		 494 aa  723    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.504995  normal  0.0950252 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1761  transcription elongation factor NusA  81.63 
 
 		 491 aa  794    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0990  transcription elongation factor NusA  81.63 
 
 		 491 aa  794    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0472282  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1381  transcription elongation factor NusA  81.43 
 
 		 491 aa  789    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.113338  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1739  transcription elongation factor NusA  81.63 
 
 		 491 aa  794    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0423315  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1922  NusA antitermination factor  71.89 
 
 		 492 aa  717    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208405 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1499  transcription elongation factor NusA  81.02 
 
 		 491 aa  786    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0985088  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1730  transcription elongation factor NusA  82.04 
 
 		 491 aa  789    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2747  NusA antitermination factor  72.71 
 
 		 494 aa  728    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1246  NusA antitermination factor  73.52 
 
 		 494 aa  738    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0519661  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2012  NusA antitermination factor  71.28 
 
 		 506 aa  715    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000880424  normal  0.51664 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0066  transcription elongation factor NusA  65.78 
 
 		 488 aa  600  1e-170  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000185989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1949  transcription elongation factor NusA  56.1 
 
 		 498 aa  545  1e-154  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.394294  normal  0.0311483 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62770  transcription elongation factor NusA  54.97 
 
 		 493 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5463  transcription elongation factor NusA  54.97 
 
 		 493 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2121  transcription elongation factor NusA  54.16 
 
 		 506 aa  537  1e-151  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.274581  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1750  transcription elongation factor NusA  55.28 
 
 		 501 aa  537  1e-151  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.844805  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2709  transcription elongation factor NusA  55.28 
 
 		 493 aa  528  1e-149  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3349  transcription elongation factor NusA  55.67 
 
 		 497 aa  531  1e-149  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.451805  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1468  NusA antitermination factor  55.28 
 
 		 491 aa  526  1e-148  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0601103  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0724  NusA antitermination factor  53.86 
 
 		 495 aa  528  1e-148  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.188433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0562  transcription elongation factor NusA  54.23 
 
 		 503 aa  522  1e-147  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42830  transcription elongation factor NusA  55.17 
 
 		 493 aa  522  1e-147  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1316  transcription elongation factor NusA  53.32 
 
 		 499 aa  519  1e-146  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1601  transcription elongation factor NusA  54.03 
 
 		 503 aa  520  1e-146  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.468238  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0720  transcription elongation factor NusA  54.25 
 
 		 493 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0992944 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4713  transcription elongation factor NusA  54.05 
 
 		 493 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00944851 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4578  transcription elongation factor NusA  54.05 
 
 		 493 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00867288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0178  transcription elongation factor NusA  52.64 
 
 		 503 aa  510  1e-143  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.125443  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1002  transcription elongation factor NusA  53.04 
 
 		 501 aa  508  1e-143  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4713  transcription elongation factor NusA  54.05 
 
 		 493 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0202  transcription elongation factor NusA  52.64 
 
 		 503 aa  510  1e-143  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.504361  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0390  transcription termination factor NusA  53.55 
 
 		 493 aa  510  1e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0554  NusA antitermination factor  53.55 
 
 		 493 aa  510  1e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.557873  normal  0.218927 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3609  transcription elongation factor NusA  53.14 
 
 		 493 aa  502  1e-141  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1122  NusA antitermination factor  50.81 
 
 		 495 aa  499  1e-140  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4491  N utilization substance protein A  52.83 
 
 		 493 aa  497  1e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.119546  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4181  transcription elongation factor NusA  52.83 
 
 		 493 aa  497  1e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0778  transcription elongation factor NusA  53.24 
 
 		 493 aa  496  1e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311397  normal  0.0634223 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2816  transcription elongation factor NusA  55.06 
 
 		 503 aa  495  1e-139  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01759  transcription elongation factor NusA  51.31 
 
 		 498 aa  496  1e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.320518  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01302  transcription elongation factor NusA  55.15 
 
 		 495 aa  492  9.999999999999999e-139  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.30262  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0816  NusA antitermination factor  50.51 
 
 		 499 aa  493  9.999999999999999e-139  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.706967  hitchhiker  0.00205757 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2202  transcription termination factor NusA  51.31 
 
 		 497 aa  491  1e-137  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03397  transcription elongation factor NusA  50.91 
 
 		 495 aa  490  1e-137  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2821  transcription elongation factor NusA  53.05 
 
 		 492 aa  489  1e-137  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2690  transcription elongation factor NusA  53.05 
 
 		 492 aa  490  1e-137  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0960  transcription elongation factor NusA  51.41 
 
 		 499 aa  488  1e-137  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.285563  normal  0.179607 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002608  transcription termination protein NusA  50.51 
 
 		 495 aa  487  1e-136  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000346209  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3602  transcription elongation factor NusA  50.51 
 
 		 495 aa  486  1e-136  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.761318  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1694  NusA antitermination factor  50.3 
 
 		 497 aa  486  1e-136  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1025  transcription elongation factor NusA  51.61 
 
 		 499 aa  487  1e-136  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00167997  hitchhiker  0.00000356504 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1090  transcription elongation factor NusA  51.61 
 
 		 499 aa  487  1e-136  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0136267  normal  0.0716025 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1029  transcription elongation factor NusA  51.21 
 
 		 499 aa  486  1e-136  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0307152  hitchhiker  0.0000658902 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03036  transcription elongation factor NusA  50.1 
 
 		 495 aa  484  1e-135  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0536  NusA antitermination factor  50.1 
 
 		 495 aa  484  1e-135  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3466  transcription elongation factor NusA  50.1 
 
 		 496 aa  484  1e-135  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3465  transcription elongation factor NusA  50.1 
 
 		 495 aa  484  1e-135  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.246943  normal  0.841765 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02987  hypothetical protein  50.1 
 
 		 495 aa  484  1e-135  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0529  transcription elongation factor NusA  50.1 
 
 		 495 aa  484  1e-135  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000129927 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3653  transcription elongation factor NusA  50.1 
 
 		 495 aa  484  1e-135  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.588616  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4490  transcription elongation factor NusA  49.9 
 
 		 495 aa  482  1e-135  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3361  transcription elongation factor NusA  50.1 
 
 		 495 aa  484  1e-135  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0352386  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1203  transcription elongation factor NusA  51.01 
 
 		 499 aa  480  1e-134  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3597  transcription elongation factor NusA  49.29 
 
 		 495 aa  479  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000179276  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3075  NusA antitermination factor  53.64 
 
 		 497 aa  479  1e-134  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3347  transcription elongation factor NusA  49.7 
 
 		 496 aa  481  1e-134  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3992  transcription elongation factor NusA  49.29 
 
 		 495 aa  479  1e-134  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000690041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0173  transcription elongation factor NusA  49.9 
 
 		 495 aa  481  1e-134  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000303519  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3731  transcription elongation factor NusA  49.29 
 
 		 495 aa  479  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00415908  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3606  transcription elongation factor NusA  49.09 
 
 		 495 aa  475  1e-133  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0209266  normal  0.0368341 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>