101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1084 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1146  hypothetical protein  94.47 
 
 		 398 aa  743    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0438045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0988  NlpBDapX family lipoprotein  99.25 
 
 		 398 aa  807    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.359862  normal  0.208847 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1084  NlpBDapX family lipoprotein  100 
 
 		 398 aa  811    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.170875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1105  transmembrane protein  60.24 
 
 		 411 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1069  hypothetical protein  58.91 
 
 		 413 aa  467  9.999999999999999e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.700306 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3171  NlpBDapX lipoprotein  46.58 
 
 		 383 aa  349  5e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0338919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1539  NlpBDapX lipoprotein  49.11 
 
 		 374 aa  349  6e-95  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591947  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5090  NlpB/DapX family lipoprotein  47.79 
 
 		 385 aa  347  2e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.010697 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2564  putative transmembrane protein  48.72 
 
 		 389 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.178184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3006  putative lipoprotein  50.93 
 
 		 381 aa  337  1.9999999999999998e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.169613  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1336  NlpB/DapX family lipoprotein  49.6 
 
 		 364 aa  334  1e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.970964  normal  0.901337 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1099  uncharacterized lipoprotein  49.87 
 
 		 367 aa  333  3e-90  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.822383  normal  0.47194 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3433  NlpBDapX family lipoprotein  48.17 
 
 		 364 aa  331  1e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0923  NlpBDapX family lipoprotein  47.94 
 
 		 362 aa  330  4e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1009  NlpB/DapX family lipoprotein  48.05 
 
 		 380 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0990  NlpBDapX family lipoprotein  45.95 
 
 		 382 aa  327  2.0000000000000001e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.000475285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2096  NlpBDapX lipoprotein  48.37 
 
 		 359 aa  323  2e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0054161  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0848  NlpB/DapX family lipoprotein  46.6 
 
 		 381 aa  322  8e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.733963  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1195  NlpB/DapX family lipoprotein  46.28 
 
 		 386 aa  316  5e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.621133 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0847  NlpBDapX lipoprotein  49.58 
 
 		 374 aa  314  1.9999999999999998e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00165438 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1201  NlpB/DapX family lipoprotein  45.97 
 
 		 365 aa  309  5.9999999999999995e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1426  putative lipoprotein  44.31 
 
 		 382 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.600004  normal  0.242531 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2547  putative lipoprotein  44.27 
 
 		 379 aa  290  3e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00204284  normal  0.0198608 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2641  NlpB/DapX family lipoprotein  46.01 
 
 		 398 aa  290  4e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2131  NlpB/DapX family lipoprotein  42.5 
 
 		 380 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.598239  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2004  NlpB/DapX family lipoprotein  42.5 
 
 		 380 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.547215  decreased coverage  0.00000000202263 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5400  uncharacterized lipoprotein  42.64 
 
 		 381 aa  288  1e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00915986  normal  0.289961 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5983  uncharacterized lipoprotein  41.85 
 
 		 381 aa  288  2e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.234515  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2094  uncharacterized lipoprotein  41.85 
 
 		 381 aa  288  2e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535353  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2112  uncharacterized lipoprotein  41.85 
 
 		 381 aa  288  2e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267901  hitchhiker  0.00841368 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1586  putative lipoprotein  44.53 
 
 		 379 aa  286  4e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2564  putative lipoprotein  43.47 
 
 		 380 aa  286  4e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.601002  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2618  putative lipoprotein  43.47 
 
 		 380 aa  286  4e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2697  putative lipoprotein  43.47 
 
 		 418 aa  285  7e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1677  putative lipoprotein  43.2 
 
 		 380 aa  285  8e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.466833  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2179  putative lipoprotein  43.2 
 
 		 380 aa  285  8e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0381414  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3138  putative lipoprotein  43.2 
 
 		 380 aa  285  8e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1452  putative lipoprotein  43.2 
 
 		 380 aa  285  8e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.477634  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1907  putative lipoprotein  43.05 
 
 		 418 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1180  uncharacterized lipoprotein  41.35 
 
 		 381 aa  281  1e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.420715  hitchhiker  0.0000123532 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1770  uncharacterized lipoprotein-like protein  41.29 
 
 		 401 aa  277  3e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.402849  normal  0.123085 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1004  uncharacterized lipoprotein-like  41 
 
 		 402 aa  272  8.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.460446  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1486  uncharacterized lipoprotein-like protein  41 
 
 		 402 aa  272  8.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.749081  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1462  uncharacterized lipoprotein-like protein  41 
 
 		 402 aa  272  8.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1409  uncharacterized lipoprotein-like protein  40.75 
 
 		 402 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1369  uncharacterized lipoprotein-like protein  40.75 
 
 		 402 aa  265  8e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4626  uncharacterized lipoprotein-like  40.5 
 
 		 403 aa  265  1e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0448187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1444  putative exported lipoprotein  40 
 
 		 411 aa  265  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210161  normal  0.0324872 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2676  putative exported lipoprotein  39.9 
 
 		 409 aa  263  4e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.439615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1523  putative exported lipoprotein  39.52 
 
 		 410 aa  256  4e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62403  normal  0.196689 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1905  hypothetical protein  38.27 
 
 		 401 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1726  putative lipoprotein  38.27 
 
 		 408 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1749  putative lipoprotein  38.27 
 
 		 408 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1080  putative lipoprotein  37.78 
 
 		 410 aa  253  3e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1524  putative lipoprotein  37.78 
 
 		 408 aa  253  3e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.254018  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0190  putative lipoprotein  37.78 
 
 		 408 aa  253  3e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.225592  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0976  putative lipoprotein  37.78 
 
 		 408 aa  253  3e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2578  putative lipoprotein  37.72 
 
 		 401 aa  252  9.000000000000001e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0891208  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0828  NlpB/DapX family lipoprotein  35.09 
 
 		 379 aa  205  1e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0842  uncharacterized lipoprotein  35.7 
 
 		 412 aa  194  3e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00443208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0986  uncharacterized lipoprotein  35.7 
 
 		 412 aa  194  3e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00100518  normal  0.616376 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0409  putative lipoprotein  34.41 
 
 		 388 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.961142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2475  NlpBDapX lipoprotein  31.87 
 
 		 346 aa  149  8e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51260  hypothetical protein  31.8 
 
 		 396 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000265963 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4386  hypothetical protein  32.13 
 
 		 396 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1664  hypothetical protein  27.2 
 
 		 373 aa  125  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2523  NlpB/DapX lipoprotein  27.56 
 
 		 338 aa  120  6e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1549  putative lipoprotein  26.95 
 
 		 372 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.428781  normal  0.0328405 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3952  lipoprotein, putative  26.7 
 
 		 372 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0490104  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1238  putative lipoprotein  27.3 
 
 		 373 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.906689 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4180  lipoprotein  26.68 
 
 		 373 aa  106  7e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1268  hypothetical protein  27.05 
 
 		 373 aa  106  8e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.566697 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1372  putative lipoprotein  27.57 
 
 		 371 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.176077  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3974  lipoprotein  27.96 
 
 		 372 aa  101  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35330  lipoprotein  29.74 
 
 		 370 aa  98.6  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0679  lipoprotein  23.83 
 
 		 375 aa  80.9  0.00000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.826541  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2621  hypothetical protein  23.97 
 
 		 395 aa  72.4  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.493949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1703  NlpB/DapX family lipoprotein  21.82 
 
 		 365 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000363681  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2197  hypothetical protein  32.03 
 
 		 199 aa  70.5  0.00000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.169608  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1657  NlpB/DapX family lipoprotein  20.22 
 
 		 365 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00297866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2339  NlpB/DapX family lipoprotein  20.22 
 
 		 365 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.014226  hitchhiker  0.00000293311 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2411  NlpB/DapX family lipoprotein  19.95 
 
 		 365 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00389139  hitchhiker  0.00606094 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2666  NlpB/DapX family lipoprotein  21.02 
 
 		 365 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000276307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2551  NlpB/DapX family lipoprotein  20.17 
 
 		 365 aa  60.1  0.00000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000648805  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2178  NlpB/DapX family lipoprotein  20.33 
 
 		 371 aa  60.5  0.00000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000219579  normal  0.501785 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02135  lipoprotein-34 NlpB  23.87 
 
 		 367 aa  59.7  0.00000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00349153  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2477  NlpBDapX lipoprotein  21.93 
 
 		 368 aa  59.3  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.893949  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2589  NlpB/DapX family lipoprotein  20.17 
 
 		 365 aa  59.3  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000786749  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1793  NlpBDapX family lipoprotein  20.17 
 
 		 365 aa  59.3  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000036858  hitchhiker  0.0000000180087 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1880  lipoprotein-34 NlpB  19.6 
 
 		 365 aa  58.5  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1907  lipoprotein-34 NlpB  22.63 
 
 		 354 aa  57  0.0000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00617793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2429  NlpB/DapX family lipoprotein  19.1 
 
 		 373 aa  56.2  0.0000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000329618  hitchhiker  0.0000381817 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1849  NlpB/DapX family lipoprotein  19.35 
 
 		 373 aa  54.7  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00809428  normal  0.047859 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1551  hypothetical protein  24.62 
 
 		 397 aa  52.8  0.00001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000633528  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1690  hypothetical protein  24.55 
 
 		 364 aa  50.8  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0672  putative lipoprotein  26.42 
 
 		 235 aa  50.1  0.00007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0143401  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1305  hypothetical membrane spanning protein  25.81 
 
 		 197 aa  48.9  0.0002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.176822  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1364  putative lipoprotein  25.81 
 
 		 197 aa  48.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0274081  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1736  NlpBDapX lipoprotein  22.47 
 
 		 372 aa  47.8  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000422629  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1981  NlpB/DapX family lipoprotein  20.11 
 
 		 365 aa  47  0.0006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000195989  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>