More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1019 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1019  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
107 aa  219  8e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3149  putative transcription regulator protein  55.86 
 
 
113 aa  122  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.369647 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0107  XRE family transcriptional regulator  62.37 
 
 
128 aa  122  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0198  XRE family transcriptional regulator  59.78 
 
 
109 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1097  transcription regulator protein  63.53 
 
 
113 aa  115  3e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.34059 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4529  transcriptional regulator, XRE family  49.46 
 
 
120 aa  80.5  0.000000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  41.98 
 
 
77 aa  62.8  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  40.54 
 
 
81 aa  61.2  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 
76 aa  60.8  0.000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  34.62 
 
 
90 aa  60.1  0.000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 
76 aa  60.1  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  40.54 
 
 
72 aa  59.3  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 
67 aa  57.8  0.00000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 
70 aa  57.4  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
179 aa  57.4  0.00000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 
197 aa  56.2  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  43.33 
 
 
245 aa  56.2  0.0000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 
71 aa  54.7  0.0000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  36.49 
 
 
83 aa  54.7  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 
71 aa  54.7  0.0000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4608  DNA-binding protein  43.86 
 
 
66 aa  54.3  0.0000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.138106  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0764  DNA-binding protein  43.86 
 
 
66 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0661  DNA-binding protein  43.86 
 
 
66 aa  53.9  0.0000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0605  transcriptional regulator  43.86 
 
 
66 aa  53.9  0.0000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.769041  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0729  DNA-binding protein  43.86 
 
 
67 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0606  transcriptional regulator  43.86 
 
 
66 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.393584  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0750  DNA-binding protein  43.86 
 
 
66 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000884285 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0823  DNA-binding protein  43.86 
 
 
66 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0103184  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0695  DNA-binding protein  43.86 
 
 
66 aa  53.9  0.0000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0610  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 
66 aa  53.9  0.0000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.081465  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0751  helix-turn-helix domain-containing protein  38.1 
 
 
69 aa  53.1  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2521  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 
86 aa  53.1  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  43.1 
 
 
72 aa  53.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1921  transcriptional regulator, XRE family  34.29 
 
 
78 aa  52  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.339052  normal  0.010603 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5197  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 
88 aa  52.4  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 
179 aa  52.4  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  38.16 
 
 
90 aa  52.8  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 
76 aa  51.6  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  33.78 
 
 
80 aa  52  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16550  predicted transcriptional regulator  33.75 
 
 
204 aa  52  0.000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.45133 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 
72 aa  51.2  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2009  transcriptional regulator, XRE family  35.06 
 
 
93 aa  51.2  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.634386 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 
101 aa  50.4  0.000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2294  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  34.38 
 
 
80 aa  50.4  0.000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00599682  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  31.76 
 
 
212 aa  50.4  0.000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  36.67 
 
 
75 aa  50.4  0.000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  34.18 
 
 
186 aa  50.1  0.000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  36.67 
 
 
181 aa  50.1  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 
188 aa  49.7  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  40.32 
 
 
94 aa  50.1  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 
76 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1410  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 
72 aa  50.1  0.00001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  40.32 
 
 
94 aa  50.1  0.00001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  40.32 
 
 
94 aa  50.1  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  40.32 
 
 
94 aa  50.1  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 
181 aa  50.1  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2711  XRE family transcriptional regulator  36 
 
 
112 aa  49.7  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.256888  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3201  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 
78 aa  49.7  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000878656  hitchhiker  0.0000000379296 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  40.32 
 
 
94 aa  50.1  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4415  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 
213 aa  50.1  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  40.32 
 
 
94 aa  50.1  0.00001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 
143 aa  49.3  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 
112 aa  49.3  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1393  transcriptional regulator, XRE family  35.53 
 
 
90 aa  48.9  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 
190 aa  49.3  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3538  XRE family transcriptional regulator  37.97 
 
 
106 aa  49.3  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.902272  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 
71 aa  49.3  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0715  transcriptional regulator, XRE family  32.84 
 
 
187 aa  49.3  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.39864  normal  0.0327391 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0740  transcriptional regulator  43.86 
 
 
66 aa  48.9  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.805789 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  35.38 
 
 
72 aa  49.3  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 
76 aa  49.3  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 
79 aa  49.3  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0847  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 
191 aa  49.3  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 
181 aa  49.3  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 
76 aa  49.3  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0107  transcriptional regulator, XRE family  34.72 
 
 
93 aa  48.9  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.396345 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  35.38 
 
 
72 aa  48.5  0.00003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0026  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 
435 aa  48.5  0.00003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0122456  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 
75 aa  48.1  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 
189 aa  48.5  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  34.85 
 
 
81 aa  48.5  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  39.06 
 
 
69 aa  48.5  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0697  transcriptional regulator, XRE family  34.25 
 
 
90 aa  48.5  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1419  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
178 aa  48.5  0.00003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  35.37 
 
 
203 aa  48.5  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0965  transcriptional regulator, XRE family  32.81 
 
 
191 aa  48.5  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 
94 aa  48.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4544  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 
215 aa  48.1  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.796901 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9535  hypothetical transcription regulator protein  35.71 
 
 
88 aa  48.1  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111117  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 
179 aa  48.1  0.00004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1221  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 
173 aa  48.1  0.00004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000921846 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0669  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 
75 aa  48.1  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0167  helix-turn-helix/TPR domain-containing protein  37.7 
 
 
421 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3114  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
203 aa  47.8  0.00005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.935644  normal  0.475898 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
179 aa  47.8  0.00005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 
179 aa  47.8  0.00005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0295  helix-turn-helix/TPR domain protein  37.7 
 
 
421 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 
187 aa  47.8  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2222  DNA-binding protein  33.33 
 
 
179 aa  47.8  0.00005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1934  DNA-binding protein  33.33 
 
 
179 aa  47.8  0.00005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>