More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1016 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1016  integrase family protein  100 
 
 
412 aa  857  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0919  integrase family protein  40.31 
 
 
448 aa  322  9e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.295922  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2964  phage integrase  39.28 
 
 
387 aa  259  5e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  33.97 
 
 
388 aa  181  2e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  32.24 
 
 
400 aa  169  7e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  9.71423e-06 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  30.65 
 
 
402 aa  167  4e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  4.73566e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  29.03 
 
 
393 aa  166  7e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0065  hypothetical protein  29.73 
 
 
417 aa  163  4e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  29.9 
 
 
397 aa  160  4e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3091  phage integrase family protein  29.18 
 
 
384 aa  155  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1085  hypothetical protein  28.54 
 
 
413 aa  150  3e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3738  hypothetical protein  28.57 
 
 
384 aa  151  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  28.22 
 
 
411 aa  148  1e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2535  phage integrase  28.94 
 
 
463 aa  147  3e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2612  phage integrase family protein  27.19 
 
 
443 aa  145  1e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1247  putative phage related integrase  29.06 
 
 
434 aa  142  2e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2240  Phage integrase  26.95 
 
 
406 aa  132  8e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1227  integrase family protein  26.84 
 
 
424 aa  127  4e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.149921  normal  0.536296 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4029  integrase family protein  26.6 
 
 
467 aa  124  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.161912  normal  0.0270341 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3498  integrase family protein  26.92 
 
 
486 aa  124  4e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3306  Phage integrase  30.23 
 
 
450 aa  121  2e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.889733  normal  0.962231 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  26.63 
 
 
379 aa  118  2e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2959  phage integrase family protein  26.93 
 
 
444 aa  117  4e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0924112  normal  0.542634 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0805  site-specific recombinase/integrase  27.2 
 
 
396 aa  116  6e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0116297  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  34.15 
 
 
251 aa  116  8e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0810  site-specific recombinase/integrase  26.13 
 
 
482 aa  114  3e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0879139  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2093  integrase family protein  28.72 
 
 
400 aa  114  4e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3493  integrase family protein  26.7 
 
 
409 aa  111  2e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.247982  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1844  phage integrase family protein  27.83 
 
 
426 aa  111  2e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1170  phage integrase family protein  26.34 
 
 
412 aa  109  8e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00333929  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3396  integrase family protein  27.23 
 
 
414 aa  108  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.194125  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1272  phage integrase family protein  25.47 
 
 
425 aa  107  4e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  7.07551e-10  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1236  phage integrase  25.83 
 
 
399 aa  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449507  normal  0.10874 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  26.78 
 
 
397 aa  105  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36120  Phage integrase  26.29 
 
 
400 aa  105  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3747  integrase  24.69 
 
 
399 aa  104  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0341835  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7820  putative phage integrase  24.11 
 
 
451 aa  101  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2136  phage integrase family protein  24.87 
 
 
389 aa  101  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0404563  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0686  integrase family protein  24.55 
 
 
472 aa  101  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1571  site-specific integrase/recombinase  29.11 
 
 
381 aa  100  3e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2622  integrase protein  25.63 
 
 
400 aa  100  5e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.561112  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  28.57 
 
 
353 aa  100  7e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0620  integrase family protein  26.82 
 
 
452 aa  99.4  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3823  phage-related integrase  24.68 
 
 
403 aa  98.2  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0671  phage integrase family protein  25.38 
 
 
401 aa  97.8  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.707055 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2770  integrase family protein  26.57 
 
 
452 aa  97.4  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.251515  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2625  phage integrase family protein  28.42 
 
 
400 aa  97.1  5e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.046264 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1864  integrase family protein  25.4 
 
 
429 aa  96.7  7e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1182  putative phage integrase  27.02 
 
 
400 aa  95.9  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.383522  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0357  integrase family protein  25.76 
 
 
389 aa  95.9  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4137  phage integrase family protein  27.02 
 
 
400 aa  95.9  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.031573  normal  0.207643 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1865  integrase family protein  27.2 
 
 
401 aa  94.7  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.94549  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1046  integrase family protein  25.28 
 
 
410 aa  95.1  2e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000192278  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0094  Phage integrase  24.33 
 
 
449 aa  95.1  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  2.97047e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3114  phage integrase family protein  26.15 
 
 
284 aa  95.1  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3997  integrase family protein  27.46 
 
 
419 aa  95.1  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0845  phage integrase  24.33 
 
 
457 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  28.24 
 
 
367 aa  95.1  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1326  phage integrase family protein  24.33 
 
 
457 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.558955  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4162  integrase family protein  25.96 
 
 
422 aa  95.1  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.806899  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31280  putative integrase  27.2 
 
 
401 aa  94.7  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  4.88668e-10  unclonable  4.84268e-22 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  33.98 
 
 
334 aa  94.4  4e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2499  phage integrase family protein  27.52 
 
 
381 aa  93.6  6e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.005662  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1679  phage-related integrase  26.04 
 
 
410 aa  93.2  8e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4157  integrase family protein  27.51 
 
 
432 aa  93.2  8e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.225884  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3683  phage integrase family protein  27.2 
 
 
444 aa  92.4  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  32.54 
 
 
337 aa  91.7  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1066  hypothetical protein  25.39 
 
 
414 aa  92  2e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3806  phage integrase  23.04 
 
 
451 aa  91.3  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0304559  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0054  phage integrase family site specific recombinase  25.3 
 
 
422 aa  91.3  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4070  site-specific recombinase, phage integrase family  24.93 
 
 
439 aa  90.9  4e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3323  integrase family protein  25.46 
 
 
441 aa  90.9  4e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  28.99 
 
 
354 aa  90.5  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  28.99 
 
 
354 aa  90.5  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2601  integrase family protein  25.26 
 
 
399 aa  90.1  6e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.533125 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4399  integrase family protein  25.2 
 
 
376 aa  90.1  6e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.685705  normal  0.0426652 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1526  phage integrase  22.92 
 
 
440 aa  90.1  7e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3045  phage integrase  25.26 
 
 
415 aa  89.7  7e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.172973 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2745  integrase family protein  25.26 
 
 
415 aa  89.7  7e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.99512  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3540  integrase family protein  25.26 
 
 
399 aa  89.7  9e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2794  integrase family protein  30.94 
 
 
330 aa  89.4  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3721  phage integrase family protein  24.93 
 
 
376 aa  89  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0044  phage integrase family site specific recombinase  24.53 
 
 
376 aa  89  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.374231  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1244  phage integrase family protein  25.26 
 
 
399 aa  89.4  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.797454  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1584  phage integrase family protein  24.93 
 
 
376 aa  88.6  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2211  phage integrase  24.49 
 
 
423 aa  88.6  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.684899  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1088  hypothetical protein  25.52 
 
 
414 aa  88.6  2e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  23.87 
 
 
337 aa  89  2e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2486  hypothetical protein  25.13 
 
 
413 aa  88.2  3e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  26.52 
 
 
404 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0395  phage integrase family protein  25 
 
 
396 aa  87.4  4e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436905  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0614  integrase family protein  45.45 
 
 
476 aa  87.4  4e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  25 
 
 
421 aa  87  6e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0927  phage integrase family protein  25.93 
 
 
425 aa  86.7  7e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000881827 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0497  integrase family protein  25.25 
 
 
412 aa  86.7  7e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0255  phage integrase  25.15 
 
 
430 aa  86.7  7e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  26.48 
 
 
339 aa  85.9  1e-15  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0154  phage integrase family protein  24.24 
 
 
451 aa  85.9  1e-15  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.543339  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3274  phage integrase family site specific recombinase  35.42 
 
 
159 aa  86.3  1e-15  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3853  integrase family protein  24.51 
 
 
500 aa  85.5  1e-15  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>