47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1005 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1005  Peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 
559 aa  1113    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0784845  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1074  signal peptide protein  69.64 
 
 
568 aa  788    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.107534  normal  0.60277 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0940  Peptidoglycan-binding LysM  94.99 
 
 
559 aa  1067    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.147374 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4163  hypothetical protein  42.75 
 
 
556 aa  379  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.868125  normal  0.304031 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4942  peptidoglycan-binding LysM  42.12 
 
 
558 aa  357  2.9999999999999997e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2915  Peptidoglycan-binding LysM  29.41 
 
 
566 aa  196  1e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5417  peptidoglycan-binding LysM  29.82 
 
 
591 aa  181  2.9999999999999997e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1169  peptidoglycan-binding LysM  30.63 
 
 
554 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000824633  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0431  peptidoglycan-binding LysM  27.88 
 
 
543 aa  163  1e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000410197  normal  0.723763 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1878  peptidoglycan-binding LysM  32.08 
 
 
446 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0622625 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0955  peptidoglycan-binding LysM  30.14 
 
 
453 aa  154  5e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.310452  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1437  peptidoglycan-binding LysM  30.14 
 
 
453 aa  154  5e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4581  peptidoglycan-binding LysM  31.98 
 
 
453 aa  152  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0994346  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1415  peptidoglycan-binding LysM  29.9 
 
 
453 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1356  peptidoglycan-binding LysM  30.64 
 
 
453 aa  146  8.000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.53849  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1317  peptidoglycan-binding LysM  30.97 
 
 
453 aa  146  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0923  LysM domain-containing protein  28.82 
 
 
454 aa  143  8e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1456  LysM domain-containing protein  28.82 
 
 
448 aa  143  8e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0426  LysM domain-containing protein  28.82 
 
 
448 aa  143  8e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.718442  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1665  lysM domain-containing protein  28.82 
 
 
454 aa  143  8e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1687  lysM domain-containing protein  28.82 
 
 
454 aa  143  8e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.482886  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0737  LysM domain-containing protein  28.82 
 
 
448 aa  143  8e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.990238  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1842  LysM domain-containing protein  28.82 
 
 
454 aa  143  9e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2637  LysM domain-containing protein  28.57 
 
 
454 aa  141  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2531  peptidoglycan-binding LysM  25.41 
 
 
548 aa  134  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.796598  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4992  putative peptidoglycan-binding LysM  30.51 
 
 
484 aa  126  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.911035  normal  0.0172735 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0582  hypothetical protein  27.21 
 
 
463 aa  122  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000319564  normal  0.0200907 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1660  putative peptidoglycan-binding LysM  29.71 
 
 
484 aa  120  7.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0342216 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4741  peptidoglycan-binding LysM  28.04 
 
 
394 aa  105  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11650  hypothetical protein  27.84 
 
 
333 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220034  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1070  hypothetical protein  26.46 
 
 
335 aa  74.3  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0012  hypothetical protein  30.4 
 
 
717 aa  55.8  0.000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4449  peptidoglycan-binding LysM  40.79 
 
 
407 aa  55.5  0.000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.315015 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4963  peptidoglycan-binding LysM  43.28 
 
 
380 aa  53.1  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.867782  normal  0.121696 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0334  hypothetical protein  25.76 
 
 
664 aa  50.1  0.0001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1985  hypothetical protein  26.32 
 
 
924 aa  48.5  0.0003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.063002  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18170  hypothetical protein  27.74 
 
 
378 aa  47.8  0.0005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000581203  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1052  Peptidoglycan-binding LysM  44.64 
 
 
219 aa  47.8  0.0005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1405  hypothetical protein  32.71 
 
 
155 aa  47.4  0.0007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26580  LysM domain-containing protein  45.83 
 
 
219 aa  46.6  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0191471  normal  0.545642 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0038  putative periplasmic protein  28.15 
 
 
290 aa  45.8  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0958409  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0889  peptidoglycan-binding LysM  33.7 
 
 
333 aa  45.4  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000030411  hitchhiker  0.00000000000323717 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0262  Peptidoglycan-binding LysM  40 
 
 
318 aa  45.4  0.003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0621  fibronectin, type III domain-containing protein  19.55 
 
 
318 aa  45.1  0.004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0839934  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2551  LysM domain-containing protein  40.68 
 
 
335 aa  44.7  0.005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.551976  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0299  anti-FecI sigma factor, FecR  28.57 
 
 
1334 aa  43.9  0.007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2166  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  40 
 
 
954 aa  44.3  0.007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.16902  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>