174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0995 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0995  DNA repair protein RecO  100 
 
 		 273 aa  555  1e-157  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.212682  normal  0.0801733 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0930  DNA repair protein RecO  98.9 
 
 		 273 aa  549  1e-155  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.133285  normal  0.103629 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1065  DNA repair protein RecO  91.94 
 
 		 272 aa  511  1e-144  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0820208  normal  0.0227401 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2250  DNA repair protein RecO  66.78 
 
 		 291 aa  363  1e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2416  DNA repair protein RecO  63.73 
 
 		 298 aa  356  1.9999999999999998e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.254827 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1012  DNA repair protein RecO  70.71 
 
 		 279 aa  338  8e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.39895  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1016  DNA repair protein RecO  70.71 
 
 		 279 aa  338  8e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4248  DNA repair protein RecO  70.29 
 
 		 278 aa  335  2.9999999999999997e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2168  DNA repair protein RecO  70.29 
 
 		 278 aa  335  5e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.239438  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1094  DNA repair protein RecO  69.87 
 
 		 278 aa  334  9e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0656  DNA repair protein RecO  69.87 
 
 		 278 aa  334  9e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1136  DNA repair protein RecO  69.87 
 
 		 278 aa  334  9e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2897  DNA repair protein RecO  65.9 
 
 		 309 aa  333  2e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.64605  normal  0.158668 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0843  DNA repair protein RecO  64.64 
 
 		 336 aa  332  4e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.236883  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0545  DNA repair protein RecO  67.34 
 
 		 286 aa  330  1e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2893  DNA repair protein RecO  67.34 
 
 		 286 aa  330  1e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2464  DNA repair protein RecO  67.34 
 
 		 275 aa  330  1e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2817  DNA repair protein RecO  67.34 
 
 		 275 aa  330  1e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1787  DNA repair protein RecO  67.34 
 
 		 275 aa  330  1e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.806002  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2777  DNA repair protein RecO  67.34 
 
 		 275 aa  330  2e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2838  DNA repair protein RecO  67.34 
 
 		 275 aa  330  2e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1087  DNA repair protein RecO  68.2 
 
 		 306 aa  329  3e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1732  DNA repair protein RecO  66.53 
 
 		 286 aa  325  4.0000000000000003e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.467987  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0415  DNA repair protein RecO  57.38 
 
 		 244 aa  272  6e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0408  DNA repair protein RecO  57.96 
 
 		 244 aa  270  2e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2310  DNA repair protein RecO  48.8 
 
 		 252 aa  222  4e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0770241  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1757  DNA repair protein RecO  50.83 
 
 		 242 aa  218  6e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.108646  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2031  DNA repair protein RecO  46.25 
 
 		 242 aa  218  1e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0971735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0866  DNA repair protein RecO  47.06 
 
 		 244 aa  190  2e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0186156 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1010  DNA repair protein RecO  47.06 
 
 		 244 aa  190  2e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.028746 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2084  DNA repair protein RecO  44.4 
 
 		 256 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.987652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3633  DNA repair protein RecO  41.22 
 
 		 249 aa  172  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3059  DNA repair protein RecO  39.84 
 
 		 249 aa  165  6.9999999999999995e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.763582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0794  recombination protein O, RecO  43.88 
 
 		 246 aa  162  5.0000000000000005e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0652  DNA replication and repair protein RecO  39.7 
 
 		 274 aa  159  4e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.10662  normal  0.394042 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1198  DNA repair protein RecO  42.08 
 
 		 260 aa  154  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.456888  decreased coverage  0.00478766 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1684  DNA repair protein RecO  39.06 
 
 		 234 aa  154  2e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54300  DNA repair protein RecO  40.69 
 
 		 233 aa  153  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0483  DNA repair protein  38.79 
 
 		 231 aa  153  2.9999999999999998e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2523  DNA repair protein RecO  35.96 
 
 		 238 aa  151  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0679966  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4747  DNA repair protein RecO  39.91 
 
 		 233 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002499  DNA recombination and repair protein RecO  37.55 
 
 		 243 aa  146  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1070  DNA repair protein RecO  39.3 
 
 		 244 aa  142  8e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0996  DNA repair protein RecO  37.77 
 
 		 229 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0594947 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3069  DNA repair protein RecO  39.83 
 
 		 245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.380225  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2037  DNA repair protein RecO  37.44 
 
 		 241 aa  138  8.999999999999999e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1206  DNA repair protein RecO  39.39 
 
 		 245 aa  138  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0032  DNA repair protein RecO  36.86 
 
 		 234 aa  138  1e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1461  DNA repair protein RecO  37.3 
 
 		 242 aa  136  4e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2957  DNA repair protein RecO  39.39 
 
 		 242 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.118345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2243  DNA repair protein RecO  37.18 
 
 		 246 aa  136  4e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13820  DNA repair protein RecO  38.03 
 
 		 230 aa  135  5e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3613  DNA repair protein RecO  37.99 
 
 		 241 aa  135  5e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1191  DNA repair protein RecO  37.99 
 
 		 241 aa  135  5e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1138  DNA repair protein RecO  37.99 
 
 		 241 aa  135  5e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.146606  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3265  DNA repair protein RecO  40.7 
 
 		 262 aa  135  9e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0405649 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2930  DNA repair protein RecO  38.96 
 
 		 242 aa  134  9.999999999999999e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.4363  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2718  DNA repair protein RecO  38.96 
 
 		 242 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.888529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2720  DNA repair protein RecO  38.96 
 
 		 242 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2851  DNA repair protein RecO  38.96 
 
 		 242 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.315219  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02459  DNA repair protein RecO  38.96 
 
 		 242 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1103  DNA repair protein RecO  38.96 
 
 		 242 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0298375  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2845  DNA repair protein RecO  38.96 
 
 		 242 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.789708 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2782  DNA repair protein RecO  38.96 
 
 		 242 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1477  DNA repair protein RecO  37.55 
 
 		 229 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2741  DNA repair protein RecO  38.96 
 
 		 242 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.184755  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02423  hypothetical protein  38.96 
 
 		 242 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1112  DNA repair protein RecO  38.96 
 
 		 242 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3667  DNA repair protein RecO  38.05 
 
 		 243 aa  134  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3801  DNA repair protein RecO  38.96 
 
 		 242 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4215  DNA repair protein RecO  37.89 
 
 		 227 aa  133  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.322545  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3949  DNA repair protein RecO  37.89 
 
 		 227 aa  133  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2822  DNA repair protein RecO  38.53 
 
 		 242 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2783  DNA repair protein RecO  38.43 
 
 		 244 aa  132  6e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1751  DNA repair protein RecO  39.92 
 
 		 251 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00839209  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2618  DNA repair protein RecO  40.31 
 
 		 262 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2343  DNA repair protein RecO  42.8 
 
 		 254 aa  130  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.89674  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0596  DNA repair protein RecO  38.21 
 
 		 256 aa  130  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00201329 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1435  DNA repair protein RecO  35.84 
 
 		 227 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3052  DNA repair protein RecO  37.23 
 
 		 236 aa  128  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.259313  normal  0.0268872 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1404  DNA repair protein RecO  42.19 
 
 		 257 aa  126  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4286  DNA repair protein RecO  36.28 
 
 		 227 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1349  DNA repair protein RecO  39.17 
 
 		 247 aa  126  5e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.170679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0736  DNA repair protein RecO  35.42 
 
 		 246 aa  125  1e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.394466  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5259  DNA repair protein RecO  38.28 
 
 		 256 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0093  DNA repair protein RecO  35.86 
 
 		 202 aa  122  5e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1075  DNA repair protein RecO  34.96 
 
 		 227 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01719  DNA repair protein RecO  36.36 
 
 		 240 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.748158  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03534  recombinational DNA repair protein  34.58 
 
 		 219 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4372  DNA repair protein RecO  34.51 
 
 		 227 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.197267 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1056  DNA repair protein RecO  35.22 
 
 		 231 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1386  DNA repair protein RecO  35.96 
 
 		 241 aa  113  3e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.810395  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1633  DNA repair protein RecO  36.4 
 
 		 234 aa  112  4.0000000000000004e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.183624  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3110  DNA repair protein RecO  33.78 
 
 		 236 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0026851  normal  0.0227356 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1203  DNA repair protein RecO  33.33 
 
 		 236 aa  112  5e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0374149  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1280  DNA repair protein RecO  33.78 
 
 		 236 aa  112  6e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.588723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2973  DNA repair protein RecO  38.69 
 
 		 239 aa  112  7.000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.318586  hitchhiker  0.00228518 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1150  DNA repair protein RecO  32.44 
 
 		 226 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.674395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2764  DNA repair protein RecO  32.49 
 
 		 240 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.165076  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1446  DNA repair protein RecO  33.62 
 
 		 243 aa  112  8.000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.817511  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>