More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0704 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0704  transcription antitermination protein NusB  100 
 
 		 155 aa  317  6e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  0.913014 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0660  transcription antitermination protein NusB  98.71 
 
 		 155 aa  313  7e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.141063 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0711  transcription antitermination protein NusB  94.84 
 
 		 161 aa  301  2.0000000000000002e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.872315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0768  transcription antitermination protein NusB  81.17 
 
 		 167 aa  259  1e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2695  transcription antitermination protein NusB  83.22 
 
 		 171 aa  255  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.32403  normal  0.840878 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0825  transcription antitermination protein NusB  65.25 
 
 		 145 aa  193  7e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.61519 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0816  transcription antitermination protein NusB  65.25 
 
 		 145 aa  193  7e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3103  transcription antitermination protein NusB  65.96 
 
 		 144 aa  191  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2442  transcription antitermination protein NusB  63.83 
 
 		 145 aa  192  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0495821  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2147  transcription antitermination protein NusB  62.41 
 
 		 145 aa  191  4e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3071  transcription antitermination protein NusB  62.41 
 
 		 145 aa  191  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1529  transcription antitermination protein NusB  62.41 
 
 		 145 aa  191  4e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.34192  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2018  transcription antitermination protein NusB  62.41 
 
 		 145 aa  191  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.415369  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2595  transcription antitermination protein NusB  62.41 
 
 		 145 aa  191  4e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.694144  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0762  transcription antitermination protein NusB  62.41 
 
 		 145 aa  191  4e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3018  transcription antitermination protein NusB  62.41 
 
 		 145 aa  191  4e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4056  transcription antitermination protein NusB  63.12 
 
 		 145 aa  189  9e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0891  transcription antitermination protein NusB  65.25 
 
 		 144 aa  189  9e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0617  transcription antitermination protein NusB  64.03 
 
 		 145 aa  187  7e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0917  transcription antitermination protein NusB  62.41 
 
 		 145 aa  186  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.204208  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2937  NusB antitermination factor  63.12 
 
 		 171 aa  186  1e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0476  transcription antitermination protein NusB  62.41 
 
 		 145 aa  186  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0955  transcription antitermination protein NusB  62.41 
 
 		 145 aa  186  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2949  putative N utilization substance B (transcriptional antiterminator)(l factor) transcription regulator protein  59.57 
 
 		 176 aa  185  2e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0215714  normal  0.679793 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2887  transcription antitermination protein NusB  60.14 
 
 		 187 aa  178  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.213397 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2919  transcription antitermination protein NusB  59.44 
 
 		 173 aa  176  8e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.355072 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2768  NusB antitermination factor  53.79 
 
 		 177 aa  167  3e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.520955  normal  0.497476 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2258  NusB antitermination factor  53.79 
 
 		 177 aa  167  4e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3112  NusB antitermination factor  53.33 
 
 		 181 aa  166  8e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.42973  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2192  NusB antitermination factor  53.68 
 
 		 145 aa  165  2e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.133717  hitchhiker  0.00000478528 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3739  NusB antitermination factor  53.79 
 
 		 163 aa  164  2.9999999999999998e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.117664 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3919  transcription antitermination protein NusB  53.8 
 
 		 166 aa  160  5.0000000000000005e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.174656  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2230  NusB antitermination factor  49.33 
 
 		 186 aa  158  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.965888  hitchhiker  0.00121319 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0012  NusB antitermination factor  55.71 
 
 		 158 aa  157  4e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2466  NusB antitermination factor  49.33 
 
 		 212 aa  154  4e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103759  normal  0.487431 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3853  transcription antitermination protein NusB  49.67 
 
 		 159 aa  150  5e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2670  NusB antitermination factor  49.67 
 
 		 177 aa  146  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1049  transcription antitermination protein NusB  46.71 
 
 		 159 aa  143  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11450  transcription antitermination protein NusB  46.71 
 
 		 159 aa  143  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0546593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4793  NusB antitermination factor  47.89 
 
 		 176 aa  143  8.000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00602404  normal  0.0313462 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0793  hypothetical protein  47.79 
 
 		 147 aa  140  6e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0764  hypothetical protein  47.79 
 
 		 147 aa  140  6e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0846  NusB antitermination factor  46.26 
 
 		 158 aa  139  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.423141  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0264  NusB antitermination factor  49.02 
 
 		 174 aa  138  3e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5015  transcription antitermination protein NusB  46.71 
 
 		 166 aa  137  4.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0493  NusB antitermination factor  48.63 
 
 		 154 aa  136  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.298968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4049  NusB antitermination factor  45.7 
 
 		 174 aa  135  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0290  NusB antitermination factor  48.95 
 
 		 169 aa  133  9.999999999999999e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1563  NusB antitermination factor  48.91 
 
 		 149 aa  131  3.9999999999999996e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2582  NusB antitermination factor  44.23 
 
 		 166 aa  130  6.999999999999999e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06760  transcription antitermination protein NusB  48.41 
 
 		 131 aa  129  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0571  transcription antitermination protein NusB  43.51 
 
 		 166 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1100  transcription antitermination protein NusB  47.69 
 
 		 134 aa  127  6e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000596608  normal  0.728168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1166  transcription antitermination protein NusB  47.69 
 
 		 134 aa  127  6e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00313304  normal  0.241653 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1100  transcription antitermination protein NusB  47.69 
 
 		 134 aa  127  6e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000020777  normal  0.579105 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1020  transcription antitermination protein NusB  48.46 
 
 		 134 aa  126  9.000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0518  transcription antitermination protein NusB  43.51 
 
 		 166 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.360149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0803  NusB antitermination factor  47.48 
 
 		 148 aa  126  1.0000000000000001e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0564  transcription antitermination protein NusB  43.51 
 
 		 166 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0553  transcription antitermination protein NusB  43.51 
 
 		 166 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3465  transcription antitermination protein NusB  46.92 
 
 		 134 aa  124  4.0000000000000003e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0694  N utilization substance protein B  44.14 
 
 		 165 aa  124  5e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1680  NusB antitermination factor  42.96 
 
 		 187 aa  123  8.000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.429573  normal  0.936323 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01422  transcription antitermination protein NusB  45.19 
 
 		 140 aa  123  8.000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0163631  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1191  transcription antitermination protein NusB  44.62 
 
 		 134 aa  123  9e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4458  transcription antitermination protein NusB  43.45 
 
 		 165 aa  122  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3299  transcription antitermination protein NusB  46.15 
 
 		 134 aa  123  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000241409  decreased coverage  0.0000953408 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3154  transcription antitermination protein NusB  46.15 
 
 		 134 aa  123  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000167856  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3156  transcription antitermination protein NusB  46.15 
 
 		 134 aa  123  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000155816  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1215  transcription antitermination protein NusB  46.15 
 
 		 134 aa  123  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000478736  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2774  transcription antitermination protein NusB  46.15 
 
 		 134 aa  123  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000145309  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1865  NusB antitermination factor  45.26 
 
 		 196 aa  122  2e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.2665  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0603  transcription antitermination protein NusB  46.97 
 
 		 139 aa  122  2e-27  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.016248  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1315  transcription antitermination protein NusB  43.8 
 
 		 140 aa  120  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1166  transcription antitermination protein NusB  45.38 
 
 		 135 aa  120  6e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000379162  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3454  transcription antitermination protein NusB  45.39 
 
 		 150 aa  120  9e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262306 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1532  transcription termination/antitermination factor NusB  41.48 
 
 		 138 aa  119  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.318402  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1386  transcription antitermination protein NusB  43.08 
 
 		 134 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000224744  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1277  transcription antitermination protein NusB  43.08 
 
 		 134 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000199863  unclonable  0.0000000000534165 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0584  transcription antitermination protein NusB  43.61 
 
 		 159 aa  117  6e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.708112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1148  transcription antitermination protein NusB  43.31 
 
 		 133 aa  113  7.999999999999999e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000166968  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1039  transcription antitermination protein NusB  43.31 
 
 		 134 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000044365  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1578  transcription antitermination protein NusB  39.69 
 
 		 138 aa  112  2.0000000000000002e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000076307  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0831  transcription antitermination protein NusB  44.27 
 
 		 144 aa  112  2.0000000000000002e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000197838  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0579  transcription antitermination protein NusB  39.69 
 
 		 179 aa  112  3e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1444  NusB antitermination factor  42.74 
 
 		 145 aa  111  4.0000000000000004e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3256  transcription antitermination protein NusB  45.6 
 
 		 138 aa  110  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.05376  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3115  transcription antitermination protein NusB  45.6 
 
 		 138 aa  110  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3165  transcription antitermination protein NusB  45.6 
 
 		 138 aa  110  6e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3283  transcription antitermination protein NusB  44.8 
 
 		 139 aa  108  3e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1396  NusB antitermination factor  38.52 
 
 		 161 aa  107  6e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1074  transcription antitermination protein NusB  44.8 
 
 		 138 aa  106  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.547473  hitchhiker  0.000302454 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1027  transcription antitermination protein NusB  43.2 
 
 		 139 aa  105  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3088  transcription antitermination protein NusB  44.8 
 
 		 139 aa  105  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04396  transcription antitermination protein NusB  44.09 
 
 		 156 aa  105  2e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.371265  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1844  transcription antitermination protein NusB  43.9 
 
 		 157 aa  105  2e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2897  transcription antitermination protein NusB  44.8 
 
 		 139 aa  105  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.580225  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1904  transcription antitermination protein NusB  43.9 
 
 		 157 aa  105  3e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01170  transcription antitermination protein NusB  36.3 
 
 		 155 aa  104  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0379  NusB antitermination factor  41.38 
 
 		 178 aa  103  7e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.442506  normal  0.110028 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>