247 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0544 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0544  type II secretion system protein  100 
 
 		 325 aa  642    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.106661  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0651  putative tight adherence TadB-related transmembrane protein  67.69 
 
 		 325 aa  441  1e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.280791 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4618  type II secretion system protein  51.68 
 
 		 325 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.347884 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6003  type II secretion system protein  49.05 
 
 		 325 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6299  type II secretion system protein  48.1 
 
 		 325 aa  301  1e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0587  type II secretion system protein  46.79 
 
 		 325 aa  299  4e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.292089  normal  0.415996 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7194  Flp pilus assembly protein TadB  46.46 
 
 		 325 aa  293  2e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666217  normal  0.429019 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5325  type II secretion system protein  47.55 
 
 		 326 aa  293  3e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.61312  hitchhiker  0.00813406 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6365  type II secretion system protein  45.23 
 
 		 325 aa  289  4e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6777  type II secretion system protein  44.92 
 
 		 325 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.270969  normal  0.612228 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0640  type II secretion system protein  46.93 
 
 		 325 aa  285  8e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.295246 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5491  type II secretion system protein  44.62 
 
 		 325 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2648  type II secretion system protein  44.65 
 
 		 325 aa  282  5.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.846327  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2275  Flp pilus assembly protein TadB  46.46 
 
 		 325 aa  278  1e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1317  Flp pilus assembly protein TadB  47.24 
 
 		 325 aa  277  2e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3092  type II secretion system protein  47.24 
 
 		 325 aa  277  2e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2967  type II secretion system protein  47.24 
 
 		 325 aa  277  2e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.350744  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2556  type II secretion system protein  43.69 
 
 		 325 aa  254  9e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.460971  normal  0.349812 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1529  type II secretion system protein  40.8 
 
 		 330 aa  252  5.000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2353  type II secretion system protein  42.68 
 
 		 323 aa  251  2e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.173092  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0800  type II secretion system protein  40.92 
 
 		 322 aa  226  6e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1753  Flp pilus assembly protein TadB  33.13 
 
 		 325 aa  186  4e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0805  type II secretion system protein  35.19 
 
 		 332 aa  179  7e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2364  hypothetical protein  36.14 
 
 		 321 aa  177  3e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.288668  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0654  TadB protein  35 
 
 		 322 aa  176  5e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.179736 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2737  type II secretion system protein  34.62 
 
 		 321 aa  171  2e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1108  type II secretion system protein  39.91 
 
 		 321 aa  169  6e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.143075  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2824  type II secretion system protein  33.83 
 
 		 320 aa  166  5e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1832  type II secretion system protein  34.59 
 
 		 316 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1499  type II secretion system protein  42.19 
 
 		 321 aa  162  6e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.698875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0794  TadB protein  34.49 
 
 		 322 aa  161  2e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3965  type II secretion system protein  33.47 
 
 		 320 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.264844 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2912  type II secretion system protein  32.32 
 
 		 320 aa  159  5e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2365  Flp pilus assembly protein TadB  33.23 
 
 		 325 aa  155  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0315564  normal  0.0552567 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4395  type II secretion system protein  34.56 
 
 		 317 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.925008  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1917  type II secretion system protein  34.93 
 
 		 321 aa  152  5.9999999999999996e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.258716  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2699  type II secretion system protein  32.25 
 
 		 321 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1054  type II secretion system protein  30.82 
 
 		 320 aa  152  7e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1160  Type II secretion system F domain protein  30.19 
 
 		 323 aa  152  7e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3010  type II secretion system protein  32.48 
 
 		 321 aa  149  6e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2117  type II secretion system protein  35.03 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.215511  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002650  flp pilus assembly protein TadB  29.9 
 
 		 322 aa  146  6e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1851  type II secretion system protein  35.6 
 
 		 660 aa  142  7e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00122698  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3207  type II secretion system protein  29.94 
 
 		 320 aa  142  8e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.19811 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1275  type II secretion system protein  29.63 
 
 		 327 aa  136  6.0000000000000005e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1523  type II secretion system protein  32.05 
 
 		 328 aa  135  8e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2922  putative type II secretion system protein F  36.98 
 
 		 282 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.840651  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1018  type II secretion system protein  32.56 
 
 		 336 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3211  type II secretion system protein  30.82 
 
 		 332 aa  132  9e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.515921 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2570  type II secretion system protein  33.54 
 
 		 314 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1681  type II secretion system protein  29.81 
 
 		 327 aa  130  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000554602 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2484  type II secretion system protein  30.91 
 
 		 323 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2707  type II secretion system protein  32.88 
 
 		 323 aa  129  6e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.608864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2115  type II secretion system protein  33.33 
 
 		 279 aa  129  6e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1126  type II secretion system protein  28.95 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0371029  normal  0.497639 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2020  type II secretion system protein  30.91 
 
 		 325 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.243296  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6877  type II secretion system protein  35.75 
 
 		 282 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.44202  normal  0.236488 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2412  type II secretion system protein  32.42 
 
 		 323 aa  125  7e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0387  type II secretion system protein  30.49 
 
 		 324 aa  125  9e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.88705  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4347  type II secretion system protein  36.5 
 
 		 275 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.277812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4614  type II secretion system protein  30.92 
 
 		 329 aa  124  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0301  type II secretion system protein  26.48 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.83716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1076  type II secretion system protein  27.41 
 
 		 324 aa  124  3e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.195162  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0603  type II secretion system protein  29.32 
 
 		 338 aa  124  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.512211  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1125  type II secretion system protein  25.15 
 
 		 322 aa  124  3e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0517135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2762  type II secretion system protein  32.12 
 
 		 333 aa  123  4e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.58237 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1042  Type II secretion system F domain protein  36.46 
 
 		 313 aa  123  5e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.205171  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7035  putative pilus assembly protein  30.04 
 
 		 324 aa  122  7e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.611985 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0727  type II secretion system protein  29.58 
 
 		 337 aa  122  8e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.352668  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2926  type II secretion system protein  33.89 
 
 		 316 aa  122  9.999999999999999e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.194464  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3795  type II secretion system protein  28.57 
 
 		 325 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.187172  normal  0.96616 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1904  putative Flp pilus assembly protein TadB  33.75 
 
 		 322 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0239588  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0553  type II secretion system protein  33.75 
 
 		 322 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0993  type II secretion system protein  35.23 
 
 		 322 aa  119  6e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.146883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4865  type II secretion system protein  27.44 
 
 		 324 aa  118  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0643  type II secretion system protein  31.58 
 
 		 283 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4192  type II secretion system protein  29.8 
 
 		 335 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1780  type II secretion system protein  28.29 
 
 		 324 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.131583 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1814  type II secretion system protein  28.95 
 
 		 285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0127821  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2380  type II secretion system protein  30.52 
 
 		 322 aa  117  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.316858  normal  0.875213 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3117  type II secretion system protein  38.46 
 
 		 326 aa  117  3.9999999999999997e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.193846  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3524  type II secretion system protein  28.81 
 
 		 324 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5121  type II secretion system protein  28.52 
 
 		 332 aa  116  6.9999999999999995e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0725578 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4480  type II secretion system protein  27.89 
 
 		 335 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0747  type II secretion system protein  30.53 
 
 		 283 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.725692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2350  type II secretion system protein  25.97 
 
 		 322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.363474 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2308  Type II secretion system F domain protein  35.42 
 
 		 284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0297  type II secretion system protein  29.51 
 
 		 324 aa  113  5e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3421  Type II secretion system F domain protein  35.68 
 
 		 310 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.735611  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2640  type II secretion system protein  35.96 
 
 		 316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4204  type II secretion system protein  29.49 
 
 		 324 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0804917  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2831  type II secretion system protein  31.96 
 
 		 322 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.532359  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3794  type II secretion system protein  30.99 
 
 		 327 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.927579  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4445  type II secretion system protein  31.35 
 
 		 309 aa  111  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00467148 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1724  type II secretion system protein  29.84 
 
 		 315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3717  type II secretion system protein  30.98 
 
 		 324 aa  109  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.20351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0213  component of type IV pilus  28.86 
 
 		 334 aa  108  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0248  type II secretion system protein  33.85 
 
 		 290 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.90531 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0423  type II secretion system protein  27.04 
 
 		 327 aa  107  2e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0237  type II secretion system protein  26.23 
 
 		 328 aa  108  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.383042  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>