147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0425 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0425  putative transmembrane protein  100 
 
 		 355 aa  711    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.133341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0410  putative transmembrane protein  94.88 
 
 		 332 aa  638    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0126834 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0533  putative transmembrane protein  84.68 
 
 		 343 aa  562  1.0000000000000001e-159  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.515103  normal  0.24784 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2285  FAD dependent oxidoreductase  40.92 
 
 		 314 aa  207  2e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0886  putative transmembrane protein  40.18 
 
 		 329 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2933  FAD dependent oxidoreductase  38.57 
 
 		 383 aa  188  1e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.677522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2903  FAD dependent oxidoreductase  37.18 
 
 		 358 aa  185  9e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0779713  normal  0.848921 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4982  FAD dependent oxidoreductase  38.27 
 
 		 368 aa  183  4.0000000000000006e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3950  FAD dependent oxidoreductase  38.74 
 
 		 330 aa  182  8.000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1983  FAD dependent oxidoreductase  37.93 
 
 		 367 aa  178  1e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.460512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1783  FAD dependent oxidoreductase  37.64 
 
 		 367 aa  175  9e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1906  FAD dependent oxidoreductase  34.9 
 
 		 351 aa  167  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.118317  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3125  FAD dependent oxidoreductase  36.49 
 
 		 360 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0961162  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1075  FAD dependent oxidoreductase  34.04 
 
 		 328 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.817137 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01726  lipoprotein, putative  35.33 
 
 		 344 aa  162  1e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41390  FAD dependent oxidoreductase  34.63 
 
 		 329 aa  160  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.196664  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4048  FAD dependent oxidoreductase  35.47 
 
 		 407 aa  161  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0468618 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1126  amine oxidase, flavin-containing protein  32.93 
 
 		 328 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0288  DNA photolyase FAD-binding protein  32.18 
 
 		 843 aa  160  4e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0965  amine oxidase, flavin-containing  33.23 
 
 		 328 aa  159  7e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1481  FAD dependent oxidoreductase  33.13 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1229  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  32.83 
 
 		 324 aa  155  1e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0596771  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5306  hypothetical protein  33.53 
 
 		 327 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4732  FAD dependent oxidoreductase  32.73 
 
 		 328 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104678  normal  0.528339 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61600  hypothetical protein  32.93 
 
 		 327 aa  152  7e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0728796 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3031  FAD dependent oxidoreductase  37.96 
 
 		 369 aa  152  7e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33562 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1655  FAD dependent oxidoreductase  29.91 
 
 		 333 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5843  FAD dependent oxidoreductase  32.43 
 
 		 354 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0783  FAD dependent oxidoreductase  33.02 
 
 		 328 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.918451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0999  hypothetical protein  34.8 
 
 		 320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.277798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4447  hypothetical protein  32.92 
 
 		 328 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0742  hypothetical protein  32.41 
 
 		 328 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.64643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0770  NAD/FAD-dependent oxidoreductase-like protein  32.72 
 
 		 328 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.780127  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4301  FAD dependent oxidoreductase  32.64 
 
 		 339 aa  130  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0049  FAD dependent oxidoreductase  35.62 
 
 		 313 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0871855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3599  FAD dependent oxidoreductase  29.48 
 
 		 346 aa  108  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.469063 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4691  FAD dependent oxidoreductase  29.91 
 
 		 323 aa  100  5e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0114981 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4574  HI0933-like protein  26.74 
 
 		 359 aa  97.8  2e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4064  FAD dependent oxidoreductase  27 
 
 		 361 aa  97.4  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.521902 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0625  NAD/FAD-dependent oxidoreductase-like protein  26.41 
 
 		 413 aa  95.5  1e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.484917 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1151  FAD dependent oxidoreductase  31.96 
 
 		 338 aa  94  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.493674  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4414  NAD/FAD-dependent oxidoreductase-like  29.97 
 
 		 381 aa  91.7  2e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0288059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0160  hypothetical protein  30.27 
 
 		 319 aa  83.6  0.000000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443199  normal  0.129694 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1276  putative NAD/FAD-dependent oxidoreductase  29.05 
 
 		 340 aa  79.7  0.00000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.965881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0204  NAD/FAD-dependent oxidoreductase-like  23.64 
 
 		 389 aa  79.3  0.00000000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.508635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4120  NAD/FAD-dependent oxidoreductase-like  28.78 
 
 		 348 aa  77.8  0.0000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0254972  normal  0.970052 
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_48060  predicted protein  25.65 
 
 		 523 aa  77  0.0000000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.387117  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0825  hypothetical protein  28.61 
 
 		 316 aa  77  0.0000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0132  hypothetical protein  28.44 
 
 		 349 aa  76.3  0.0000000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.751971  normal  0.181819 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2015  hypothetical protein  30.28 
 
 		 347 aa  75.9  0.000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.509344 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0435  FAD dependent oxidoreductase  28.69 
 
 		 347 aa  70.9  0.00000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.164811  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1925  hypothetical protein  25.78 
 
 		 347 aa  66.2  0.0000000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.315657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1426  NAD/FAD-dependent oxidoreductase-like protein  25.37 
 
 		 362 aa  63.9  0.000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0540  FAD dependent oxidoreductase  29.38 
 
 		 342 aa  62  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0507  FAD dependent oxidoreductase  41.54 
 
 		 342 aa  60.5  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.770202  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0536  FAD dependent oxidoreductase  29.08 
 
 		 342 aa  60.1  0.00000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.84854  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4204  FAD dependent oxidoreductase  27.46 
 
 		 346 aa  59.3  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.429398 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1750  hypothetical protein  27.95 
 
 		 313 aa  53.1  0.000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1735  hypothetical protein  27.3 
 
 		 313 aa  53.1  0.000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2190  FAD dependent oxidoreductase  27.44 
 
 		 344 aa  52.8  0.000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2785  FAD dependent oxidoreductase  26.13 
 
 		 335 aa  51.6  0.00002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.81235  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1605  amine oxidase  34.48 
 
 		 426 aa  51.6  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1110  amine oxidase  38.55 
 
 		 576 aa  51.6  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2711  amine oxidase  30.15 
 
 		 416 aa  51.6  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1432  amine oxidase  32.48 
 
 		 580 aa  51.6  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3381  hypothetical protein  35 
 
 		 416 aa  51.2  0.00003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0517  amine oxidase  30.23 
 
 		 647 aa  50.4  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0534  amine oxidase  30.23 
 
 		 647 aa  50.4  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.666818  normal  0.352078 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1154  hypothetical protein  23.29 
 
 		 337 aa  50.1  0.00006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.177743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4868  amine oxidase  33.9 
 
 		 645 aa  50.1  0.00006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1312  amine oxidase  30.15 
 
 		 416 aa  49.7  0.00007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3051  amine oxidase  30.15 
 
 		 416 aa  49.7  0.00008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3065  amine oxidase  30.15 
 
 		 416 aa  49.7  0.00008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3208  amine oxidase  30.15 
 
 		 416 aa  49.7  0.00008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.884279 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3282  amine oxidase  36.25 
 
 		 451 aa  48.5  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.13115  normal  0.103215 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1186  amine oxidase  36.14 
 
 		 578 aa  48.5  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000340727 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0036  UDP-galactopyranose mutase  29 
 
 		 647 aa  47.8  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.404508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3390  amine oxidase  33.55 
 
 		 448 aa  47.8  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0027  FAD dependent oxidoreductase  29.79 
 
 		 344 aa  47.4  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5634  amine oxidase, flavin-containing  41.67 
 
 		 407 aa  47.8  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0493824  normal  0.227831 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1168  amine oxidase  30.15 
 
 		 416 aa  47  0.0004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1169  amine oxidase  30.15 
 
 		 416 aa  47.4  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1239  amine oxidase  30.15 
 
 		 416 aa  47  0.0005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0108  glutamate synthase, NADH/NADPH, small subunit  32.1 
 
 		 488 aa  46.6  0.0006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.808183  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1482  amine oxidase  29.5 
 
 		 417 aa  46.6  0.0006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0339  amine oxidase  37.14 
 
 		 423 aa  46.6  0.0006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_32874  predicted protein  25.38 
 
 		 484 aa  47  0.0006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1893  protoporphyrinogen oxidase  34.44 
 
 		 421 aa  47  0.0006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2712  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  35.06 
 
 		 653 aa  45.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0518  tryptophan 2-monooxygenase, putative  37.35 
 
 		 544 aa  45.8  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.501765  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1536  amine oxidase  34.78 
 
 		 557 aa  45.4  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.116738 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4667  tryptophan 2-monooxygenase  37.35 
 
 		 559 aa  45.8  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2845  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  35.06 
 
 		 653 aa  45.8  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.625431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3033  amine oxidase  28.68 
 
 		 422 aa  45.8  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.567673  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0137  amine oxidase  36.99 
 
 		 425 aa  45.4  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2747  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  36 
 
 		 659 aa  45.4  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4699  amine oxidase  44.64 
 
 		 445 aa  45.4  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0922876  normal  0.472473 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2623  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  35.06 
 
 		 653 aa  45.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2738  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  35.06 
 
 		 653 aa  45.8  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2672  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  35.06 
 
 		 653 aa  45.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>