More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0401 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  61.88 
 
 
695 aa  796  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3579  ggdef domain/eal domain protein  57.02 
 
 
691 aa  767  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2757  GGDEF domain/EAL domain protein  57.92 
 
 
703 aa  751  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203015  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3686  ggdef domain/eal domain-containing protein  56.87 
 
 
699 aa  764  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0580402 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3652  ggdef domain/eal domain protein  56.87 
 
 
699 aa  764  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.117514 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  56.79 
 
 
710 aa  739  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  61.44 
 
 
686 aa  799  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.871944  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3702  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  58.42 
 
 
692 aa  808  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.561666  normal  0.977889 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  65.69 
 
 
683 aa  871  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2486  GGDEF  58.94 
 
 
703 aa  757  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.140313 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06202  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  54.8 
 
 
696 aa  647  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.33406  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  61.52 
 
 
695 aa  810  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00964  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  54.8 
 
 
696 aa  647  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0651645  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  96.07 
 
 
685 aa  1280  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  66.86 
 
 
694 aa  879  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  61.76 
 
 
693 aa  834  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  71.03 
 
 
693 aa  950  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2798  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  61.73 
 
 
695 aa  797  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3749  ggdef domain/eal domain-containing protein  56.81 
 
 
699 aa  762  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.338574 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  66.86 
 
 
689 aa  915  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  61.66 
 
 
695 aa  811  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  68.85 
 
 
685 aa  946  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  71.76 
 
 
693 aa  964  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  100 
 
 
687 aa  1377  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  69.72 
 
 
685 aa  961  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  80.65 
 
 
701 aa  1079  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  64.42 
 
 
709 aa  870  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3580  ggdef domain/eal domain protein  57.02 
 
 
699 aa  769  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3694  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  45.35 
 
 
678 aa  610  1e-173  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.323415  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.1 
 
 
689 aa  600  1e-170  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.2 
 
 
689 aa  595  1e-169  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0595206  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.37 
 
 
689 aa  582  1e-164  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.27 
 
 
709 aa  565  1e-159  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.34 
 
 
716 aa  555  1e-156  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1106  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  46.41 
 
 
688 aa  536  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.804569  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2392  EAL/GGDEF domain-containing protein  46.41 
 
 
688 aa  536  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278752  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1766  EAL/GGDEF domain-containing protein  46.41 
 
 
688 aa  536  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.356944  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0802  EAL/GGDEF domain-containing protein  46.41 
 
 
688 aa  536  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0664  EAL/GGDEF domain-containing protein  46.41 
 
 
688 aa  536  1e-151  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0241577  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1182  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  46.41 
 
 
688 aa  538  1e-151  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.86 
 
 
724 aa  530  1e-149  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.261971  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1562  diguanylate phosphodiesterase  73.48 
 
 
326 aa  483  1e-135  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.35 
 
 
760 aa  479  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21190  hypothetical protein  39.65 
 
 
785 aa  463  1e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.42827 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1808  hypothetical protein  40.23 
 
 
726 aa  462  1e-128  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.882104  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1563  putative integral membrane sensor protein  70.32 
 
 
367 aa  451  1e-125  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  49.77 
 
 
947 aa  450  1e-125  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  38.44 
 
 
756 aa  446  1e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.71 
 
 
754 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.85 
 
 
726 aa  441  1e-122  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  50.66 
 
 
633 aa  436  1e-121  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.42 
 
 
754 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.578414 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1144  GGDEF domain-containing protein  38.71 
 
 
754 aa  435  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4985  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  38.32 
 
 
699 aa  431  1e-119  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73967  normal  0.0333981 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.3 
 
 
754 aa  428  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268415  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2044  sensory box/GGDEF family protein  49.65 
 
 
762 aa  425  1e-117  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  37.57 
 
 
763 aa  420  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2048  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.94 
 
 
827 aa  416  1e-115  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589876  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.94 
 
 
890 aa  413  1e-114  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  51.29 
 
 
1212 aa  414  1e-114  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.17 
 
 
876 aa  415  1e-114  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3344  signal transduction protein  47.96 
 
 
1055 aa  412  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  50.12 
 
 
905 aa  411  1e-113  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.37 
 
 
925 aa  412  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  50 
 
 
805 aa  409  1e-113  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00432386  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.36 
 
 
965 aa  407  1e-112  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.928447  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.54 
 
 
685 aa  407  1e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.05 
 
 
1508 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  48.74 
 
 
1093 aa  405  1e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2664  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.86 
 
 
1063 aa  402  1e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.180042  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.05 
 
 
1508 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2297  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  48.42 
 
 
1025 aa  404  1e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.93563  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2728  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.83 
 
 
858 aa  403  1e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2016  sensory box/GGDEF family protein  49.88 
 
 
799 aa  405  1e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334987  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0409  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor  44.5 
 
 
925 aa  402  1e-111  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.231334  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.05 
 
 
1508 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.05 
 
 
1508 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.28 
 
 
585 aa  405  1e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.94 
 
 
761 aa  402  1e-110  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.542463  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0474  sensory box/GGDEF family protein  50.82 
 
 
792 aa  401  1e-110  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  48.6 
 
 
1245 aa  400  1e-110  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.03 
 
 
1504 aa  399  1e-110  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0782  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.84 
 
 
736 aa  401  1e-110  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  46.7 
 
 
721 aa  400  1e-110  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.75041e-07 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  48.47 
 
 
1515 aa  402  1e-110  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  48.04 
 
 
1244 aa  397  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.58 
 
 
1094 aa  397  1e-109  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2656  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.6 
 
 
696 aa  397  1e-109  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  47.91 
 
 
1245 aa  396  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2209  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.6 
 
 
844 aa  396  1e-109  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3448  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.6 
 
 
696 aa  397  1e-109  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.03 
 
 
1504 aa  397  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0408  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.91 
 
 
862 aa  397  1e-109  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4642  PAS:GGDEF  47.47 
 
 
828 aa  398  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2716  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.36 
 
 
629 aa  396  1e-109  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5944  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.65 
 
 
745 aa  393  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.120992 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1823  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.14 
 
 
1069 aa  392  1e-108  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00515556 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.23 
 
 
721 aa  394  1e-108  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1617  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.06 
 
 
860 aa  394  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.75 
 
 
891 aa  393  1e-108  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>