More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0207 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011059  Paes_2313  UvrD/REP helicase  47.85 
 
 
984 aa  928  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.976943 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_256  UvrD/REP helicase  50.97 
 
 
972 aa  996  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  7.53871e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0207  UvrD/REP helicase  100 
 
 
970 aa  2003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  unclonable  0.00182272  decreased coverage  5.25372e-08 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1666  UvrD/REP helicase  28.95 
 
 
921 aa  338  2e-91  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.921097  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1443  superfamily I DNA/RNA helicase  28.27 
 
 
920 aa  323  1e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  unclonable  1.14812e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1482  UvrD/REP helicase  29.06 
 
 
911 aa  303  8e-81  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0495505  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0930  UvrD/REP helicase  25.1 
 
 
932 aa  262  3e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0490168  normal  0.240502 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0625  UvrD/REP helicase  26.36 
 
 
1019 aa  208  5e-52  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.243128  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1841  UvrD/REP helicase  23.88 
 
 
946 aa  191  4e-47  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.716843  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0061  UvrD/REP helicase  23.88 
 
 
946 aa  191  4e-47  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.147591  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  27.45 
 
 
731 aa  191  5e-47  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  27.92 
 
 
789 aa  179  2e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.77 
 
 
833 aa  175  5e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.16 
 
 
729 aa  174  6e-42  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0365  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.89 
 
 
1023 aa  173  1e-41  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0971  UvrD/REP helicase  27.42 
 
 
668 aa  172  2e-41  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0211694  normal  0.301959 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.89 
 
 
729 aa  172  3e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1445  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.08 
 
 
757 aa  172  3e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.715662  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.28 
 
 
762 aa  172  4e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  24.93 
 
 
735 aa  171  7e-41  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1142  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.15 
 
 
759 aa  170  1e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00645373  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.65 
 
 
785 aa  170  1e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6683  UvrD/REP helicase  24.93 
 
 
966 aa  169  2e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0759039  normal  0.87543 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0426  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.32 
 
 
748 aa  169  2e-40  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0076  UvrD/REP helicase  25.9 
 
 
732 aa  168  5e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111848  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0059  UvrD/REP helicase  26.2 
 
 
731 aa  167  7e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5097e-19 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.87 
 
 
730 aa  167  9e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.87 
 
 
730 aa  167  9e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.68 
 
 
765 aa  167  1e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4158  UvrD/REP helicase  26.59 
 
 
668 aa  167  1e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  27.93 
 
 
705 aa  167  1e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1222  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.53 
 
 
758 aa  166  2e-39  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04260  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.74 
 
 
858 aa  166  2e-39  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002086  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA  25.62 
 
 
724 aa  165  4e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  27.39 
 
 
762 aa  164  6e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  decreased coverage  2.43154e-05 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07720  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.13 
 
 
831 aa  164  8e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0752204  normal  0.673824 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0652  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.16 
 
 
786 aa  162  2e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.782155  normal  0.523807 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1807  DNA-dependent helicase II  26.92 
 
 
721 aa  163  2e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.85 
 
 
751 aa  162  3e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0994  superfamily I DNA/RNA helicase  27.38 
 
 
770 aa  162  4e-38  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1357  UvrD/REP helicase  27.8 
 
 
526 aa  161  6e-38  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.981315  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  26.36 
 
 
773 aa  161  6e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.54 
 
 
755 aa  160  8e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.99 
 
 
829 aa  160  9e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0627  superfamily I DNA and RNA helicase  26.51 
 
 
900 aa  160  1e-37  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.40075  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26 
 
 
751 aa  160  1e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1806  DNA-dependent helicase II  26.85 
 
 
721 aa  160  1e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4332  DNA-dependent helicase II  27.61 
 
 
720 aa  159  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5987  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.91 
 
 
851 aa  159  2e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0573497  normal  0.0186357 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3764  DNA-dependent helicase II  26.85 
 
 
724 aa  159  2e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.71 
 
 
732 aa  159  3e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2092  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.83 
 
 
783 aa  158  4e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0227682  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1358  DNA helicase II  28.29 
 
 
387 aa  159  4e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.248341  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03638  hypothetical protein  27.47 
 
 
720 aa  158  5e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  27.47 
 
 
720 aa  158  5e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03689  DNA-dependent ATPase I and helicase II  27.47 
 
 
720 aa  158  5e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  27.47 
 
 
720 aa  158  5e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  27.47 
 
 
720 aa  158  5e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  27.47 
 
 
720 aa  158  5e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4194  DNA-dependent helicase II  27.47 
 
 
720 aa  158  5e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452287  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5252  DNA-dependent helicase II  27.47 
 
 
720 aa  158  5e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0766  UvrD/REP helicase  27.83 
 
 
786 aa  158  5e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.423643  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3271  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.09 
 
 
739 aa  158  6e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3558  DNA-dependent helicase II  25.81 
 
 
722 aa  158  6e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.569551 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2793  ATP-dependent DNA helicase  27.9 
 
 
737 aa  157  6e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  9.78375e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4207  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.92 
 
 
794 aa  157  7e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00114882 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2924  UvrD/REP helicase  27.14 
 
 
778 aa  157  8e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.37 
 
 
671 aa  157  8e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5130  DNA-dependent helicase II  26.41 
 
 
729 aa  157  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.228367 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  27.15 
 
 
757 aa  156  1e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0186  DNA-dependent helicase II  26.6 
 
 
723 aa  157  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1038  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA/Rep family  26.53 
 
 
765 aa  157  1e-36  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.99777e-08 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3971  DNA-dependent helicase II  27.18 
 
 
720 aa  155  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2777  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.05 
 
 
817 aa  156  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.46822  normal  0.929226 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0473  DNA-dependent helicase II  25.84 
 
 
722 aa  156  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  25.84 
 
 
722 aa  156  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3817  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.99 
 
 
795 aa  155  3e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.558809  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.42 
 
 
742 aa  155  3e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  1.00763e-07 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0467  DNA-dependent helicase II  25.84 
 
 
722 aa  155  3e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0647  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.72 
 
 
838 aa  155  4e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0160292  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4180  DNA-dependent helicase II  27.47 
 
 
720 aa  154  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.328302  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  24.82 
 
 
749 aa  155  5e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.43 
 
 
763 aa  155  5e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4338  DNA-dependent helicase II  27.47 
 
 
720 aa  154  6e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4231  DNA-dependent helicase II  27.47 
 
 
720 aa  154  6e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4161  DNA-dependent helicase II  27.47 
 
 
720 aa  154  6e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4279  DNA-dependent helicase II  27.47 
 
 
720 aa  154  6e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.39 
 
 
741 aa  154  6e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  25.39 
 
 
727 aa  154  7e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00520  DNA-dependent helicase II  27.84 
 
 
726 aa  154  7e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1235  UvrD/REP helicase  26.06 
 
 
680 aa  154  8e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2295  UvrD/REP helicase  30.33 
 
 
666 aa  154  8e-36  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2863  ATP-dependent DNA helicase UvrD  31.91 
 
 
725 aa  153  1e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0932  putative DNA helicase II  26.59 
 
 
816 aa  153  1e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.156274  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  28.07 
 
 
768 aa  153  1e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2052  UvrD/REP helicase  28.72 
 
 
726 aa  153  1e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.322566  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0678  UvrD/REP helicase  27.46 
 
 
783 aa  153  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0563949  normal  0.0143494 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.84 
 
 
751 aa  152  2e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  26.1 
 
 
722 aa  153  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  25.84 
 
 
751 aa  153  2e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>