More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0206 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0206  DNA-cytosine methyltransferase  100 
 
 
398 aa  822    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.711166  hitchhiker  0.00000436024 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1159  putative 5-methylcytosine methyltransferase  57.18 
 
 
381 aa  394  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.105767  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0372  DNA-cytosine methyltransferase  45.5 
 
 
385 aa  327  3e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.497071  normal  0.790678 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0503  putative C-5 cytosine-specific DNA methylase  46.39 
 
 
387 aa  309  4e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.181875  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_257  DNA-cytosine methyltransferase  35.92 
 
 
365 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1377  DNA-cytosine methyltransferase  35.96 
 
 
362 aa  184  3e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2314  DNA-cytosine methyltransferase  33.62 
 
 
340 aa  174  2.9999999999999996e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.704291 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4605  DNA-cytosine methyltransferase family protein  30.73 
 
 
362 aa  162  7e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000208195  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1183  hypothetical protein  33.24 
 
 
352 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.401368  normal  0.0474441 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1453  DNA-cytosine methyltransferase  33.92 
 
 
342 aa  152  7e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1473  DNA-cytosine methyltransferase  31.05 
 
 
360 aa  151  2e-35  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  32.32 
 
 
313 aa  150  4e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  29.04 
 
 
357 aa  149  1.0000000000000001e-34  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4973  DNA-cytosine methyltransferase  32.47 
 
 
373 aa  149  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4810  DNA-cytosine methyltransferase  31.11 
 
 
379 aa  147  4.0000000000000006e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4262  DNA-cytosine methyltransferase  30.6 
 
 
415 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4309  DNA-cytosine methyltransferase  30.38 
 
 
374 aa  143  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0990622  normal  0.0453977 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0080  DNA-cytosine methyltransferase  30.73 
 
 
371 aa  142  9.999999999999999e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.35686  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  31.36 
 
 
313 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0676  DNA-cytosine methyltransferase  31.88 
 
 
434 aa  140  3e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0302  DNA-cytosine methyltransferase  29.86 
 
 
375 aa  138  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2522  transcriptional regulator, XRE family  32.08 
 
 
468 aa  138  1e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153243  normal 
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3472  DNA-cytosine methyltransferase  29.84 
 
 
370 aa  138  2e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000168758  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0271  DNA-cytosine methyltransferase  31.07 
 
 
310 aa  138  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2196  DNA-cytosine methyltransferase  30.21 
 
 
366 aa  137  5e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.227819  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  31.58 
 
 
308 aa  136  7.000000000000001e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2889  DNA-cytosine methyltransferase  31.23 
 
 
373 aa  135  9.999999999999999e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000172243  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0082  DNA-cytosine methyltransferase  31.17 
 
 
423 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.576583 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0160  DNA-cytosine methyltransferase  31.67 
 
 
328 aa  134  3e-30  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0820  putative two-component sensor  26.87 
 
 
489 aa  134  3e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0815134  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1050  DNA-cytosine methyltransferase  32.79 
 
 
361 aa  134  3e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00805794  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8539  DNA-cytosine methyltransferase  26.88 
 
 
389 aa  134  3e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000203506  hitchhiker  0.000040976 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4984  DNA-cytosine methyltransferase  31.32 
 
 
361 aa  134  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3736  DNA-cytosine methyltransferase  28.43 
 
 
434 aa  134  3.9999999999999996e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.730052  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7048  DNA-cytosine methyltransferase  31.59 
 
 
358 aa  133  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0531  DNA-cytosine methyltransferase  28.08 
 
 
421 aa  133  6e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0989  DNA-cytosine methyltransferase  29.9 
 
 
418 aa  132  9e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1018  DNA-cytosine methyltransferase  29.9 
 
 
418 aa  132  9e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.928901 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3681  modification methylase HgiDII  29.7 
 
 
344 aa  132  9e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0568  DNA-cytosine methyltransferase  31 
 
 
652 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.905473  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3948  DNA-cytosine methyltransferase  30.57 
 
 
657 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0084  DNA-cytosine methyltransferase  29.52 
 
 
423 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0819  modification methylase HaeIII (cytosine-specificmethyltransferase HaeIII; M.HaeIII)  29.58 
 
 
388 aa  131  2.0000000000000002e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.230352  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0079  DNA-cytosine methyltransferase  30.3 
 
 
335 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0101  C-5 cytosine-specific DNA methylase  28.12 
 
 
431 aa  130  3e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.999272  normal  0.127001 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4036  DNA-cytosine methyltransferase  30.03 
 
 
365 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0526  DNA-cytosine methyltransferase  30.48 
 
 
377 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000243641  normal  0.870196 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0139  DNA-cytosine methyltransferase  28.84 
 
 
361 aa  129  9.000000000000001e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00921515  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1175  DNA-cytosine methyltransferase  29.08 
 
 
349 aa  129  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164827  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2257  DNA-cytosine methyltransferase  30.41 
 
 
323 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120501 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1628  C-5 cytosine-specific DNA methylase  28.61 
 
 
359 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3399  DNA-cytosine methyltransferase  30.64 
 
 
356 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.273087  hitchhiker  0.000000104958 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0931  DNA-cytosine methyltransferase  26.98 
 
 
474 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000014473 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2797  DNA-cytosine methyltransferase  30.77 
 
 
399 aa  127  4.0000000000000003e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0617861  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2163  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  30.81 
 
 
375 aa  127  5e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.41914  normal  0.896778 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3920  DNA-cytosine methyltransferase  30.59 
 
 
358 aa  125  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0756  DNA-cytosine methyltransferase  31.47 
 
 
671 aa  125  2e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.967927  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26030  DNA-methyltransferase Dcm  27.97 
 
 
431 aa  124  3e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0102  DNA-cytosine methyltransferase  26.92 
 
 
438 aa  124  4e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.557518  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3758  cytosine-specific DNA methylase  27.37 
 
 
443 aa  123  5e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.00145147  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0680  C-5 cytosine-specific DNA methylase  29.95 
 
 
350 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000225645 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2535  DNA-cytosine methyltransferase  28.69 
 
 
400 aa  120  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3855  DNA-cytosine methyltransferase  30.08 
 
 
313 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  3.45727e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1510  DNA-cytosine methyltransferase  31.12 
 
 
414 aa  119  7e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1568  DNA-cytosine methyltransferase  30.75 
 
 
662 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0406485  hitchhiker  0.00122877 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0419  C-5 cytosine-specific DNA methylase  29.43 
 
 
405 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000336169  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0528  DNA-cytosine methyltransferase  26.92 
 
 
354 aa  117  3e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.555926  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3845  DNA-cytosine methyltransferase  30.45 
 
 
371 aa  117  3e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.305468 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4678  DNA-cytosine methyltransferase  26.52 
 
 
345 aa  117  3.9999999999999997e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.201023  normal  0.324334 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1132  DNA-cytosine methyltransferase  27.83 
 
 
395 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.53813  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3504  BsaWI methylase  28.64 
 
 
440 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.671295  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2280  DNA-cytosine methyltransferase  28.9 
 
 
313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.977909 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0416  DNA-cytosine methyltransferase  29.11 
 
 
320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1616  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  28.96 
 
 
345 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4338  modification methylase DdeI  24.76 
 
 
468 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00618638  hitchhiker  0.00000000596927 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1722  DNA-cytosine methyltransferase  30.19 
 
 
335 aa  114  3e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000269653  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04441  DNA-cytosine methyltransferase  24.77 
 
 
689 aa  114  3e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.355889  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6992  DNA-cytosine methyltransferase  28.33 
 
 
454 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1243  DNA-cytosine methyltransferase  27.05 
 
 
325 aa  114  4.0000000000000004e-24  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1675  DNA-cytosine methyltransferase  29.05 
 
 
319 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.0148653 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1205  DNA-cytosine methyltransferase  31.03 
 
 
632 aa  113  5e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.649135 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0378  DNA-cytosine methyltransferase  25.74 
 
 
686 aa  113  6e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.853393  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0644  DNA-cytosine methyltransferase  28.01 
 
 
390 aa  113  7.000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000274432  normal  0.895055 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0840  modification methylase DdeI; cytosine-specific methyltransferase  25.97 
 
 
450 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  3.27192e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0961  DNA-cytosine methyltransferase  29.86 
 
 
350 aa  112  9e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00151605  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1270  DNA-cytosine methyltransferase  25.94 
 
 
406 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4269  DNA-cytosine methyltransferase  28.05 
 
 
359 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.88782 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04331  DNA-cytosine methyltransferase  25.74 
 
 
698 aa  112  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0824  DNA-cytosine methyltransferase  30.03 
 
 
349 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1413  DNA-cytosine methyltransferase  29.33 
 
 
420 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.582499  normal  0.117973 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0534  DNA-cytosine methyltransferase  29.68 
 
 
399 aa  110  3e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0499669  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1008  DNA-cytosine methyltransferase  26.07 
 
 
367 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2666  DNA-cytosine methyltransferase  34.34 
 
 
460 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.566614  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3450  DNA-cytosine methyltransferase  34.34 
 
 
460 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0606  DNA-cytosine methyltransferase  27.75 
 
 
355 aa  110  5e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2193  DNA-cytosine methyltransferase  27.72 
 
 
358 aa  110  6e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.877984  normal  0.072963 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0160  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  30.05 
 
 
404 aa  109  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.319111  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2320  DNA-cytosine methyltransferase  27.81 
 
 
334 aa  109  1e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1333  DNA-cytosine methyltransferase  24.59 
 
 
415 aa  109  1e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.235826  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2442  DNA-cytosine methyltransferase  27.08 
 
 
464 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.767774  unclonable  0.00000000055978 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>