146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0177 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0177  Mammalian cell entry related domain protein  100 
 
 
322 aa  654    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0170  Mammalian cell entry related domain protein  96.27 
 
 
322 aa  632  1e-180  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0315  signal peptide protein  80.56 
 
 
330 aa  540  9.999999999999999e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0099  hypothetical protein  54.78 
 
 
313 aa  346  3e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.447004  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0070  hypothetical protein  52.87 
 
 
313 aa  327  1.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0207  hypothetical protein  43.87 
 
 
320 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0064  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  44.94 
 
 
309 aa  262  6e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.702785  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0614  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  44.94 
 
 
309 aa  262  6e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.399104  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0230  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  44.94 
 
 
309 aa  262  6e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1363  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  44.94 
 
 
309 aa  262  6e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.498606  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0433  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  44.94 
 
 
309 aa  262  6e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.233147  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0452  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  44.94 
 
 
309 aa  262  6e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3199  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  44.94 
 
 
309 aa  262  6e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0375  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  44.62 
 
 
309 aa  259  6e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.747955  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2948  hypothetical protein  42.06 
 
 
310 aa  252  7e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2810  hypothetical protein  42.5 
 
 
311 aa  252  7e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.177575 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0493  Mammalian cell entry related domain protein  44.79 
 
 
320 aa  249  5e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.254167  normal  0.0924288 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2908  hypothetical protein  42.14 
 
 
309 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6241  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  42.14 
 
 
309 aa  246  3e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2284  hypothetical protein  41.82 
 
 
309 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2899  hypothetical protein  41.82 
 
 
309 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.236087  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4223  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  45.09 
 
 
320 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.381021 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0405  hypothetical protein  43.4 
 
 
309 aa  231  2e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0144565 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0297  Mammalian cell entry related domain protein  36.67 
 
 
323 aa  204  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.525082  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0232  hypothetical protein  35.6 
 
 
310 aa  187  3e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0246  Mammalian cell entry related domain protein  33.23 
 
 
325 aa  185  8e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0252  hypothetical protein  33.23 
 
 
325 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0686058 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3915  hypothetical protein  35.05 
 
 
321 aa  178  1e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0184  hypothetical protein  35.11 
 
 
310 aa  177  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.683235  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0367  hypothetical protein  32.82 
 
 
320 aa  167  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1983  hypothetical protein  33.12 
 
 
301 aa  165  9e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0308  hypothetical protein  33.83 
 
 
326 aa  154  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0922  hypothetical protein  34.86 
 
 
321 aa  145  6e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1208  hypothetical protein  34.15 
 
 
308 aa  135  9e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2368  hypothetical protein  28.62 
 
 
316 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.709282  normal  0.77833 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2135  mce-related protein  28.33 
 
 
312 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1794  Mammalian cell entry related domain protein  28.33 
 
 
312 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0172  Mce family protein  31.91 
 
 
304 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1360  Mammalian cell entry related domain protein  27.94 
 
 
334 aa  112  7.000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2275  Mammalian cell entry related domain protein  29.69 
 
 
305 aa  107  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1203  hypothetical protein  26.54 
 
 
310 aa  106  5e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.511791  normal  0.098201 
 
 
-
 
NC_004310  BR1021  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  26.22 
 
 
331 aa  93.2  5e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0988  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.9 
 
 
331 aa  93.2  5e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0140  hypothetical protein  26.11 
 
 
312 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.682464 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3566  hypothetical protein  26.56 
 
 
312 aa  87  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.46814  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0100  Mammalian cell entry related domain protein  22.59 
 
 
316 aa  86.3  7e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0371  hypothetical protein  27.24 
 
 
305 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22660  hypothetical protein  27.71 
 
 
312 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00283529 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2028  hypothetical protein  21.84 
 
 
307 aa  84.3  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0158  hypothetical protein  25.79 
 
 
312 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1913  hypothetical protein  26.84 
 
 
312 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2023  hypothetical protein  21.84 
 
 
307 aa  82.4  0.000000000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5087  hypothetical protein  25.47 
 
 
312 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0684473 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0156  hypothetical protein  25.79 
 
 
312 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.997452 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2109  hypothetical protein  23.21 
 
 
331 aa  80.5  0.00000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0119  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.92 
 
 
275 aa  80.1  0.00000000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4115  hypothetical protein  23.91 
 
 
307 aa  79.7  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0544388  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0039  hypothetical protein  24.68 
 
 
312 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.292682  normal  0.178021 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2315  hypothetical protein  31.22 
 
 
433 aa  79  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.629666  normal  0.23577 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4483  Mammalian cell entry related domain protein  26.89 
 
 
297 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1639  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  22.26 
 
 
296 aa  77.8  0.0000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1820  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  25.9 
 
 
296 aa  77.8  0.0000000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0475  putative ABC transport system periplasmic substrate-binding protein  23.49 
 
 
304 aa  76.6  0.0000000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.848355  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2008  ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.2 
 
 
296 aa  76.6  0.0000000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1679  hypothetical protein  25 
 
 
298 aa  75.5  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0743  hypothetical protein  23.73 
 
 
308 aa  75.1  0.000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1222  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.73 
 
 
308 aa  75.1  0.000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1526  hypothetical protein  26.96 
 
 
300 aa  74.7  0.000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0265226  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1454  hypothetical protein  22.44 
 
 
289 aa  74.3  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0474733  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1638  hypothetical protein  25 
 
 
317 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1156  Mammalian cell entry related domain protein  26.69 
 
 
313 aa  75.1  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1841  hypothetical protein  23.26 
 
 
313 aa  74.7  0.000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0522  Mammalian cell entry related domain protein  29.1 
 
 
308 aa  75.1  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.629914  normal  0.424693 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2048  hypothetical protein  24.84 
 
 
579 aa  74.3  0.000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.715666 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1629  hypothetical protein  25.25 
 
 
291 aa  73.9  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.232196 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1317  hypothetical protein  23.89 
 
 
293 aa  72.4  0.00000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2002  hypothetical protein  27.78 
 
 
316 aa  71.6  0.00000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1610  hypothetical protein  25.82 
 
 
313 aa  71.6  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2514  hypothetical protein  25.66 
 
 
302 aa  71.2  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0373094  hitchhiker  0.00640469 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0090  mce related protein  20.12 
 
 
313 aa  70.9  0.00000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0699486  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0626  ABC transporter permease  24.27 
 
 
308 aa  70.1  0.00000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.112844  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04760  MCE domain protein  26.07 
 
 
312 aa  69.3  0.00000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.321932  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1487  hypothetical protein  22.84 
 
 
321 aa  69.3  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.30011 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1718  hypothetical protein  24.74 
 
 
321 aa  69.3  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.130812  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2811  ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  22.84 
 
 
321 aa  69.3  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.218461  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5555  ABC transporter periplasmic-binding protein  23.57 
 
 
292 aa  68.6  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99193  normal  0.689785 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2805  Mammalian cell entry related domain protein  26.32 
 
 
357 aa  68.2  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1954  hypothetical protein  24.37 
 
 
360 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.104433  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0577  hypothetical protein  23.95 
 
 
308 aa  67  0.0000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.749568  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2344  hypothetical protein  25.94 
 
 
306 aa  67  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0043368 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1503  Mammalian cell entry related domain protein  25.71 
 
 
307 aa  65.5  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0575  putative ABC transport system periplasmic substrate-binding protein  19.07 
 
 
288 aa  64.7  0.000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0479  hypothetical protein  24.25 
 
 
313 aa  64.3  0.000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0772873  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3670  hypothetical protein  20.45 
 
 
353 aa  62  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0456409 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1895  ABC transporter substrate binding protein  24.79 
 
 
455 aa  62  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2744  hypothetical protein  22.64 
 
 
315 aa  62.4  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0811657 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1552  hypothetical protein  24.35 
 
 
458 aa  62.4  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.394461  normal  0.189115 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03181  ABC transporter substrate-binding protein  29.32 
 
 
308 aa  60.5  0.00000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.721062  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0819  Mammalian cell entry related domain protein  25.34 
 
 
360 aa  60.1  0.00000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.940856  normal  0.371377 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0249  ABC-type transport system periplasmic component  23.31 
 
 
315 aa  59.7  0.00000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.79889 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>