More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0142 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0142  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 266 aa  536  1e-151  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0134  short chain dehydrogenase  96.24 
 
 		 266 aa  500  1e-140  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0284  short chain dehydrogenase  82.09 
 
 		 266 aa  410  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.600145  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0130  short chain dehydrogenase  66.67 
 
 		 265 aa  320  9.999999999999999e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727225  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0099  short chain dehydrogenase  65.48 
 
 		 265 aa  301  5.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4248  short chain dehydrogenase  63.42 
 
 		 259 aa  287  1e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.215124 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0352  short chain dehydrogenase  62.5 
 
 		 259 aa  286  2e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0407  short chain dehydrogenase  62.89 
 
 		 259 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.317505  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2000  short chain dehydrogenase  62.89 
 
 		 259 aa  285  4e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0087  short chain dehydrogenase  62.89 
 
 		 259 aa  285  4e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0589  short chain dehydrogenase  62.89 
 
 		 259 aa  285  4e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3096  short chain dehydrogenase  62.89 
 
 		 259 aa  285  4e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2288  short chain dehydrogenase  62.89 
 
 		 259 aa  285  4e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0427  short chain dehydrogenase  62.5 
 
 		 259 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0470  short chain dehydrogenase  62.5 
 
 		 259 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.382263 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0185  short chain dehydrogenase  59.77 
 
 		 256 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6265  short chain dehydrogenase  61.33 
 
 		 257 aa  263  2e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3863  short chain dehydrogenase  56.54 
 
 		 260 aa  259  3e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2308  short chain dehydrogenase  62.5 
 
 		 257 aa  258  8e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2937  short chain dehydrogenase  62.5 
 
 		 257 aa  258  8e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2922  short chain dehydrogenase  62.5 
 
 		 257 aa  258  8e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2971  short chain dehydrogenase  62.11 
 
 		 257 aa  256  3e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2834  short chain dehydrogenase  62.11 
 
 		 257 aa  256  3e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.499263 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0382  short chain dehydrogenase  62.89 
 
 		 257 aa  249  3e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.314117 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  52.31 
 
 		 261 aa  246  2e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2676  short chain dehydrogenase  54.69 
 
 		 264 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.989358 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4895  short chain dehydrogenase  52.85 
 
 		 258 aa  243  1.9999999999999999e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000739396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3806  short chain dehydrogenase  51.15 
 
 		 260 aa  236  3e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.187681 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4129  short chain dehydrogenase  50.19 
 
 		 270 aa  229  2e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3487  short chain dehydrogenase  49.23 
 
 		 270 aa  226  3e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2785  short chain dehydrogenase  51.36 
 
 		 254 aa  226  4e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.73728  normal  0.939169 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5291  short chain dehydrogenase  49.81 
 
 		 260 aa  225  5.0000000000000005e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0151  short chain dehydrogenase  50.57 
 
 		 261 aa  220  1.9999999999999999e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0185  short chain dehydrogenase  50.57 
 
 		 267 aa  218  1e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4782  short chain dehydrogenase  52.71 
 
 		 264 aa  210  2e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6048  short chain dehydrogenase  46.18 
 
 		 266 aa  204  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.549002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2904  short chain dehydrogenase  48.31 
 
 		 261 aa  192  5e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000166666  decreased coverage  0.000436169 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3307  short chain dehydrogenase  48.31 
 
 		 261 aa  192  5e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0864591  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 		 256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 		 249 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.32 
 
 		 267 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396452 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0286  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.12 
 
 		 267 aa  126  4.0000000000000003e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 		 265 aa  125  1e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.218017  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0729  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 		 259 aa  122  6e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.503076  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0427  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.22 
 
 		 256 aa  120  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 		 260 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0085  gluconate 5-dehydrogenase  33.62 
 
 		 256 aa  119  7e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.84 
 
 		 264 aa  117  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000420  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  36.87 
 
 		 239 aa  115  5e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.637186  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.43 
 
 		 242 aa  115  6e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0375  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.91 
 
 		 254 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.187579 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 		 266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.871012  hitchhiker  0.000000000383418 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2452  short chain dehydrogenase  35.92 
 
 		 250 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1440  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.85 
 
 		 277 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.313918 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 		 277 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.44916 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 		 239 aa  110  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 		 282 aa  110  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.390824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.67 
 
 		 257 aa  109  4.0000000000000004e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4881  short chain dehydrogenase  36.48 
 
 		 249 aa  109  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.968651 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0338  hypothetical protein  35.71 
 
 		 257 aa  109  5e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3017  short chain dehydrogenase  34.62 
 
 		 260 aa  109  5e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05303  oxidoreductase  35.35 
 
 		 239 aa  109  6e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0875  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  28.69 
 
 		 264 aa  109  6e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00123287 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0992  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  31.42 
 
 		 264 aa  108  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.24 
 
 		 250 aa  108  7.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.56 
 
 		 243 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4244  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  31.42 
 
 		 264 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0117  short chain dehydrogenase  33.2 
 
 		 250 aa  108  9.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0362  hypothetical protein  35.71 
 
 		 257 aa  108  9.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.47 
 
 		 260 aa  108  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.591298  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3138  short chain dehydrogenase  33.66 
 
 		 260 aa  107  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0721208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0184  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.5 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 		 257 aa  107  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0813  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.13 
 
 		 253 aa  107  3e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 		 260 aa  107  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 		 239 aa  105  5e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.83 
 
 		 255 aa  106  5e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1985  short chain dehydrogenase  34.27 
 
 		 261 aa  106  5e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1363  short chain dehydrogenase  33.5 
 
 		 258 aa  105  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.737736 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4057  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 		 239 aa  105  6e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4141  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.55 
 
 		 243 aa  105  7e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.16 
 
 		 257 aa  105  7e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0119499 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2764  short chain dehydrogenase  33.5 
 
 		 258 aa  105  8e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.191986  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4937  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35 
 
 		 239 aa  104  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.396795  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1655  short chain dehydrogenase  34.27 
 
 		 261 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0365832  normal  0.0290451 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.04 
 
 		 243 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.853199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3982  short chain dehydrogenase  34.63 
 
 		 260 aa  103  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0357942 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4205  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.41 
 
 		 264 aa  103  2e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3881  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase  29.02 
 
 		 264 aa  103  2e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6404  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.17 
 
 		 246 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4421  short chain dehydrogenase  35.22 
 
 		 249 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.794825 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3967  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.41 
 
 		 264 aa  103  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0321162  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4335  short chain dehydrogenase  35.22 
 
 		 249 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0693718  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.51 
 
 		 251 aa  103  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10962  short chain dehydrogenase  36.69 
 
 		 253 aa  103  3e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.247015 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.16 
 
 		 256 aa  103  4e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4158  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  29.02 
 
 		 264 aa  103  4e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4715  short chain dehydrogenase  35.22 
 
 		 249 aa  103  4e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13470  short chain dehydrogenase  32.92 
 
 		 251 aa  102  4e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.65 
 
 		 254 aa  102  5e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>