More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0093 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010622  Bphy_1761  Rh family protein/ammonium transporter  80.4 
 
 		 400 aa  651    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0087  Rh family protein/ammonium transporter  98.75 
 
 		 400 aa  787    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4038  Rh-like protein/ammonium transporter  83 
 
 		 400 aa  646    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2869  ammonium transporter  82.53 
 
 		 395 aa  654    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4750  Rh-like protein/ammonium transporter  84 
 
 		 400 aa  655    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.337439 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0093  Rh family protein/ammonium transporter  100 
 
 		 400 aa  791    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.850827 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1085  Rh family protein/ammonium transporter  78.59 
 
 		 397 aa  633  1e-180  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1601  Rh family protein/ammonium transporter  82.53 
 
 		 395 aa  627  1e-178  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.679175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3703  Rh-like protein/ammonium transporter  76.25 
 
 		 400 aa  625  1e-178  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.457189 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1085  Rh family protein/ammonium transporter  78.84 
 
 		 397 aa  624  1e-177  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0722  Rh-like protein/ammonium transporter  79.6 
 
 		 397 aa  621  1e-177  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.621832  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1202  Rh family protein/ammonium transporter  79.85 
 
 		 397 aa  623  1e-177  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4310  Rh-like protein/ammonium transporter  79.35 
 
 		 397 aa  620  1e-176  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00149453  normal  0.247106 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2101  Rh family protein/ammonium transporter  79.09 
 
 		 397 aa  619  1e-176  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.313167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1175  Rh family protein/ammonium transporter  79.6 
 
 		 397 aa  620  1e-176  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.103344  normal  0.265328 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4104  Rh family protein/ammonium transporter  77 
 
 		 400 aa  617  1e-175  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.254503 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0457  Rh family protein/ammonium transporter  76.75 
 
 		 400 aa  613  9.999999999999999e-175  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3621  Rh family protein/ammonium transporter  76.5 
 
 		 400 aa  608  1e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2647  Rh family protein/ammonium transporter  75.25 
 
 		 404 aa  606  9.999999999999999e-173  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1701  putative ammonium transporter  77.5 
 
 		 400 aa  603  1.0000000000000001e-171  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1581  ammonium transporter family protein  74.94 
 
 		 433 aa  597  1e-169  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0519  Rh-like protein/ammonium transporter  76.5 
 
 		 400 aa  597  1e-169  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4891  Rh-like protein/ammonium transporter  77 
 
 		 400 aa  584  1e-166  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0360  ammonium transporter  69.62 
 
 		 399 aa  549  1e-155  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0145815  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2999  Rh family protein/ammonium transporter  70.03 
 
 		 402 aa  545  1e-154  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.49928  hitchhiker  0.000181565 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3615  Rh family protein/ammonium transporter  68.04 
 
 		 403 aa  538  9.999999999999999e-153  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.283751  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2106  Rh family protein/ammonium transporter  70.45 
 
 		 402 aa  532  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0655034 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1648  Rh family protein/ammonium transporter  70.45 
 
 		 402 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.9313  normal  0.285064 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3633  Rh family protein/ammonium transporter  70.2 
 
 		 402 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1594  Rh family protein/ammonium transporter  65.82 
 
 		 405 aa  526  1e-148  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.204728  normal  0.0779925 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1922  ammonium transporter family protein  65.82 
 
 		 405 aa  526  1e-148  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00667378  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1625  Rh family protein/ammonium transporter  70.2 
 
 		 402 aa  522  1e-147  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.160065 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0742  Rh family protein/ammonium transporter  70.05 
 
 		 400 aa  523  1e-147  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1627  Rh family protein/ammonium transporter  64.97 
 
 		 405 aa  515  1.0000000000000001e-145  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.433949  normal  0.0709779 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0637  Rh-like protein/ammonium transporter  67.53 
 
 		 402 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.246032  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003488  ammonium transporter  69.44 
 
 		 406 aa  516  1.0000000000000001e-145  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0312  Rh family protein/ammonium transporter  67.51 
 
 		 402 aa  516  1.0000000000000001e-145  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3968  Rh-like protein/ammonium transporter  68.94 
 
 		 402 aa  510  1e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.750778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0954  Rh-like protein/ammonium transporter  63.52 
 
 		 405 aa  510  1e-143  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000369516  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2100  putative transporter  69.74 
 
 		 402 aa  509  1e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.390807  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24780  putative transporter  69.53 
 
 		 460 aa  501  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1302  Rh family protein/ammonium transporter  64.27 
 
 		 417 aa  498  1e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.356295 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3249  Rh family protein/ammonium transporter  61.6 
 
 		 400 aa  483  1e-135  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.072262  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2298  Rh family protein/ammonium transporter  60.6 
 
 		 406 aa  479  1e-134  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.198876  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0580  Rh family protein/ammonium transporter  61.4 
 
 		 405 aa  478  1e-134  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1738  Rh-like protein/ammonium transporter  61.75 
 
 		 406 aa  476  1e-133  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.477019 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1221  ammonium transporter, putative  59.85 
 
 		 406 aa  473  1e-132  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.175534  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3126  Rh family protein/ammonium transporter  59.55 
 
 		 406 aa  469  1.0000000000000001e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1136  Rh family protein/ammonium transporter  59.55 
 
 		 406 aa  471  1.0000000000000001e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0443  ammonia permease  59.8 
 
 		 404 aa  462  1e-129  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00193499  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0882  ammonium transporter  37.99 
 
 		 411 aa  241  2e-62  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.103537  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1062  ammonium transporter  40.82 
 
 		 408 aa  238  9e-62  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.265606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1609  ammonium transporter  37.26 
 
 		 411 aa  237  2e-61  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1067  ammonium transporter  37.74 
 
 		 411 aa  238  2e-61  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.796795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1612  ammonium transporter  40.34 
 
 		 408 aa  236  6e-61  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0880  ammonium transporter  36.71 
 
 		 411 aa  236  7e-61  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0728502  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1080  ammonium transporter  36.39 
 
 		 408 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1065  ammonium transporter  36.98 
 
 		 411 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3492  ammonium transporter  37.84 
 
 		 461 aa  231  2e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0885  ammonium transporter  40.24 
 
 		 408 aa  230  4e-59  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.373792  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1482  ammonium transporter  38.28 
 
 		 403 aa  228  1e-58  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3049  ammonium transporter  35.99 
 
 		 460 aa  227  4e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0551  ammonium transporter  35.96 
 
 		 444 aa  226  8e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.138976  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1022  ammonium transporter  34.13 
 
 		 449 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3791  ammonium transporter  35.55 
 
 		 468 aa  213  3.9999999999999995e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0486  ammonium transporter  34.77 
 
 		 483 aa  212  1e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1018  ammonium transporter  35.9 
 
 		 445 aa  203  5e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00157851  normal  0.490999 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1479  ammonium transporter  36.46 
 
 		 384 aa  201  9.999999999999999e-51  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.946275  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0518  ammonium transporter  35.05 
 
 		 435 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000597851  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0532  ammonium transporter  35.05 
 
 		 435 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000756367  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0113  ammonium transporter  34.39 
 
 		 458 aa  200  3e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0555  ammonium transporter  35.45 
 
 		 446 aa  200  5e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3993  adenylate/guanylate cyclase  32.84 
 
 		 1209 aa  199  7e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.787867  normal  0.246996 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0442  ammonium transporter  35.29 
 
 		 497 aa  197  3e-49  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.757816 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1229  ammonium transporter  36.86 
 
 		 515 aa  194  3e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1259  ammonium transporter  36.86 
 
 		 515 aa  194  3e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00150003 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0973  ammonium transporter  36.86 
 
 		 441 aa  192  8e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000814045  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3175  ammonium transporter  33.03 
 
 		 469 aa  192  1e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.640625  hitchhiker  0.0015046 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2650  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.5 
 
 		 1016 aa  191  2e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0326651 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2576  ammonium transporter  33.9 
 
 		 433 aa  188  2e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1902  ammonium transporter  33.41 
 
 		 478 aa  187  2e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0388203  hitchhiker  0.000364558 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0565  ammonium transporter  33.41 
 
 		 422 aa  187  3e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000904674  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3120  ammonium transporter  33.09 
 
 		 414 aa  186  7e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0499  ammonium transporter  36.01 
 
 		 525 aa  186  8e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.08 
 
 		 1018 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2984  ammonium transporter  32.71 
 
 		 478 aa  184  3e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1163  ammonium transporter  35.14 
 
 		 441 aa  183  4.0000000000000006e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00000433758  normal  0.156813 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2435  ammonium transporter  32.86 
 
 		 471 aa  183  4.0000000000000006e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.127565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1757  ammonium transporter  33.83 
 
 		 437 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0766  ammonium transporter  35.01 
 
 		 644 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0260  ammonium transporter  33.81 
 
 		 416 aa  182  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.647918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_28535  Amt family transporter: ammonium  33.73 
 
 		 433 aa  182  1e-44  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.17 
 
 		 1262 aa  181  2e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3089  ammonium transporter  34.62 
 
 		 441 aa  180  4.999999999999999e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.417967 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0642  putative ammonium transporter  33.18 
 
 		 426 aa  179  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0782  ammonium transporter  33.93 
 
 		 511 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0247  ammonium transporter  35.86 
 
 		 490 aa  178  2e-43  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3657  ammonium transporter  32.78 
 
 		 421 aa  177  3e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2589  ammonium transporter  31.89 
 
 		 409 aa  176  5e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0210  ammonium transporter  33.08 
 
 		 439 aa  176  5e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>