More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0085 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_0077  major facilitator superfamily MFS_1  96.23 
 
 
398 aa  671    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0085  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 
398 aa  746    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6200  major facilitator superfamily MFS_1  50.13 
 
 
408 aa  293  4e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4660  major facilitator transporter  38.58 
 
 
394 aa  236  6e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.37515  hitchhiker  0.00979921 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3163  major facilitator transporter  41.11 
 
 
409 aa  218  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5072  major facilitator transporter  41.11 
 
 
399 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5205  major facilitator transporter  41.11 
 
 
399 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0237858 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0208  major facilitator transporter  34.96 
 
 
400 aa  204  2e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0280  inner membrane transport protein YdhP  34.03 
 
 
391 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0287  inner membrane transport protein YdhP  34.03 
 
 
391 aa  196  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.699069 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0282  inner membrane transport protein YdhP  33.51 
 
 
391 aa  195  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.873029  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0301  inner membrane transport protein YdhP  33.77 
 
 
391 aa  195  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0295  inner membrane transport protein YdhP  33.51 
 
 
391 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2390  putative transmembrane efflux transmembrane protein  35.34 
 
 
397 aa  194  3e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.503171 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4003  major facilitator superfamily transporter  35.9 
 
 
400 aa  191  2e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.709384  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0906  major facilitator transporter  35.41 
 
 
391 aa  191  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5453  major facilitator transporter  34.36 
 
 
400 aa  189  8e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5409  major facilitator transporter  34.36 
 
 
400 aa  189  8e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0105986 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02795  Major facilitator superfamily MFS_1  39.77 
 
 
317 aa  187  3e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4861  major facilitator transporter  33.93 
 
 
400 aa  186  7e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0713  major facilitator transporter  37.33 
 
 
390 aa  186  8e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5295  major facilitator transporter  34.19 
 
 
400 aa  186  9e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.445705 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4750  major facilitator transporter  33.93 
 
 
400 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.70081 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0892  major facilitator family transporter  37.05 
 
 
390 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0421  arabinose efflux permease  36.02 
 
 
400 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.468263  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2440  major facilitator family transporter  37.05 
 
 
390 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0228  major facilitator family transporter  37.05 
 
 
390 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2360  major facilitator family transporter  37.05 
 
 
390 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2718  major facilitator family transporter  37.05 
 
 
390 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2154  major facilitator family transporter  35.75 
 
 
400 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0727  major facilitator transporter  37.05 
 
 
390 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3597  major facilitator transporter  33.25 
 
 
398 aa  182  6e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0607  major facilitator transporter  36.27 
 
 
391 aa  182  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0593  major facilitator family transporter  36.77 
 
 
390 aa  182  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2744  major facilitator transporter  36.07 
 
 
391 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2719  major facilitator transporter  36.34 
 
 
391 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0286  major facilitator superfamily transporter  39.88 
 
 
400 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2608  major facilitator transporter  35.75 
 
 
391 aa  180  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3898  major facilitator superfamily MFS_1  34.77 
 
 
404 aa  179  7e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.82159  normal  0.735977 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4727  major facilitator transporter  31.18 
 
 
390 aa  178  2e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.1267  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5128  major facilitator family transporter  31.18 
 
 
390 aa  178  2e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4885  major facilitator family transporter  30.9 
 
 
390 aa  177  3e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00139132  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5160  major facilitator family transporter  29.77 
 
 
390 aa  177  3e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56640  putative MFS transporter  36.31 
 
 
388 aa  177  4e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5156  major facilitator family transporter  30.97 
 
 
414 aa  176  6e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1693  major facilitator superfamily MFS_1  38.92 
 
 
389 aa  176  6e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.111085 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0085  major facilitator family transporter  31.46 
 
 
390 aa  176  7e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4742  major facilitator transporter  31.25 
 
 
394 aa  176  7e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00912769  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5260  major facilitator family transporter  30.56 
 
 
414 aa  176  7e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00289219  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2354  MFS transporter  38.7 
 
 
383 aa  176  7e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.632575 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0633  major facilitator transporter  36.31 
 
 
388 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.510644 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2079  major facilitator transporter  35.81 
 
 
416 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2691  major facilitator transporter  35.81 
 
 
391 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4926  MFS family transporter  35.75 
 
 
388 aa  173  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3326  major facilitator superfamily MFS_1  35.47 
 
 
388 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.139767 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0415  major facilitator transporter  35.75 
 
 
392 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.240789 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1153  putative transmembrane efflux transmembrane protein  37.43 
 
 
400 aa  172  9e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.239859  normal  0.351745 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6097  major facilitator transporter  38.18 
 
 
406 aa  172  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2910  major facilitator superfamily MFS_1  38.59 
 
 
397 aa  172  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.333909  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3328  major facilitator transporter  35.82 
 
 
395 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.933916 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1849  major facilitator transporter  39.39 
 
 
401 aa  169  9e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.221742  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5951  major facilitator transporter  40.11 
 
 
392 aa  169  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6019  major facilitator transporter  35.73 
 
 
391 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2367  major facilitator family transporter  35.57 
 
 
395 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0700  major facilitator superfamily transporter  36.2 
 
 
394 aa  167  2e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2985  major facilitator superfamily MFS_1  36.34 
 
 
388 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0895325 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5167  major facilitator family transporter  30.77 
 
 
390 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3916  major facilitator transporter  34.33 
 
 
389 aa  167  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2009  major facilitator transporter  33.43 
 
 
408 aa  167  4e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.40621 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0793  major facilitator transporter  36.03 
 
 
389 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4250  major facilitator transporter  37.87 
 
 
405 aa  166  5.9999999999999996e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2432  major facilitator transporter  35.16 
 
 
385 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.122726  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5034  major facilitator transporter  36.86 
 
 
403 aa  166  9e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0580159 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2307  major facilitator superfamily MFS_1  38.85 
 
 
400 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.17268  hitchhiker  0.00000016872 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0340  major facilitator transporter  36.03 
 
 
389 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0823  major facilitator transporter  36.03 
 
 
389 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.414709  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1283  general substrate transporter  34.2 
 
 
387 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3422  major facilitator transporter  35.46 
 
 
390 aa  164  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.93184  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2633  major facilitator superfamily MFS_1  33.69 
 
 
386 aa  164  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101063  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5366  transporter, major facilitator superfamily (MFS)  35.24 
 
 
388 aa  164  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0480063  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2724  major facilitator superfamily MFS_1  35.52 
 
 
388 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.233297  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2696  major facilitator superfamily MFS_1  38.22 
 
 
400 aa  163  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.793708  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0797  major facilitator transporter  38.19 
 
 
411 aa  162  1e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1620  major facilitator transporter  34.55 
 
 
390 aa  160  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.51408  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2560  major facilitator transporter  35.85 
 
 
389 aa  161  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0657  major facilitator superfamily MFS_1  35.59 
 
 
386 aa  160  4e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0901526  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4357  major facilitator family transporter  37.28 
 
 
388 aa  159  6e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1829  major facilitator transporter  35.51 
 
 
390 aa  159  6e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.843072 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2928  major facilitator transporter  35.65 
 
 
400 aa  159  7e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4844  major facilitator transporter  29.56 
 
 
431 aa  159  1e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4052  major facilitator transporter  37.28 
 
 
388 aa  159  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0787542  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08010  arabinose efflux permease family protein  37.5 
 
 
394 aa  156  5.0000000000000005e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.862612  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1879  major facilitator transporter  34.96 
 
 
393 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.985188 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1146  major facilitator transporter  37.2 
 
 
401 aa  156  6e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.668538  normal  0.271127 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5276  major facilitator transporter  33.51 
 
 
389 aa  155  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1134  major facilitator transporter  36.9 
 
 
408 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8422  MFS transporter  39.14 
 
 
399 aa  154  2.9999999999999998e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4398  major facilitator transporter  37.05 
 
 
401 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1870  major facilitator transporter  35.71 
 
 
389 aa  154  4e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000971933  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1541  major facilitator transporter  35.71 
 
 
389 aa  154  4e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.188499  normal  0.114044 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>