More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0082 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0082  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 168 aa  341  2.9999999999999997e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.802043 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0074  transcriptional regulator, AraC family  98.81 
 
 		 168 aa  337  5.9999999999999996e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0841  transcriptional regulator, AraC family  79.01 
 
 		 176 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1506  AraC family transcriptional regulator  78.34 
 
 		 182 aa  243  9e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.325288 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5737  transcriptional regulator, AraC family  75.33 
 
 		 164 aa  227  7e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2081  transcriptional regulator, AraC family  67.32 
 
 		 153 aa  201  4e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.256  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5508  helix-turn-helix domain-containing protein  53.72 
 
 		 158 aa  132  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0804  transcriptional regulator, AraC family  50 
 
 		 145 aa  107  8.000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2707  transcriptional regulator, AraC family  46.83 
 
 		 150 aa  104  5e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.766259  normal  0.0137536 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0110  transcriptional regulator, AraC family  43.48 
 
 		 148 aa  104  6e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2499  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  43.8 
 
 		 156 aa  102  2e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.401459  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3042  putative transcriptional regulator, AraC family, isolated domain protein  44.96 
 
 		 141 aa  102  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.319564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1736  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 146 aa  100  1e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.228742  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1783  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 146 aa  100  1e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.244044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1715  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 146 aa  100  1e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0584  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  42.54 
 
 		 164 aa  98.2  4e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1284  transcriptional regulator, AraC family  40.41 
 
 		 150 aa  97.8  6e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113344 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2425  transcriptional regulator, AraC family  42.96 
 
 		 147 aa  97.4  9e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0298532  hitchhiker  0.00178687 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4299  transcriptional regulator, AraC family  43.08 
 
 		 144 aa  97.1  9e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.244044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6338  transcriptional regulator, AraC family  44.09 
 
 		 145 aa  96.3  2e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3008  helix-turn-helix domain-containing protein  41.67 
 
 		 149 aa  96.3  2e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.501023  normal  0.487473 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2677  AraC family transcriptional regulator  42.97 
 
 		 147 aa  95.1  4e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.968923  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0009  transcriptional regulator, AraC family  41.41 
 
 		 139 aa  94.7  6e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2229  helix-turn-helix domain-containing protein  41.41 
 
 		 160 aa  94.4  6e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1762  transcriptional regulator, AraC family  43.7 
 
 		 155 aa  94.4  7e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00442451  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5494  transcriptional regulator, AraC family  39.39 
 
 		 144 aa  93.6  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00194637  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  43.55 
 
 		 157 aa  92.4  2e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4177  AraC family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 147 aa  92.8  2e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.0005743  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2345  AraC family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 148 aa  92.4  2e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.215475  normal  0.707211 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2070  transcriptional regulator, AraC family  38.02 
 
 		 151 aa  92.4  3e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0359313 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2902  transcriptional regulator, AraC family  42.5 
 
 		 148 aa  92  3e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000233249  hitchhiker  0.0000148724 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2645  AraC family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 156 aa  92.4  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3612  helix-turn-helix domain-containing protein  39.55 
 
 		 144 aa  90.9  7e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812981  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2020  transcriptional regulator, AraC family  37.88 
 
 		 143 aa  89.7  2e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.206011  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 162 aa  88.2  4e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3335  AraC family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 150 aa  88.2  5e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.602589  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3397  AraC family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 150 aa  88.2  5e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.287817 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3346  AraC family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 150 aa  88.2  5e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.143712  normal  0.196941 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0623  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  40.87 
 
 		 150 aa  87.8  6e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.464134  normal  0.0376434 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2986  transcriptional regulator, AraC family  39.13 
 
 		 148 aa  87.8  7e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2347  AraC family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 153 aa  87.4  9e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.745211  normal  0.339255 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1692  transcriptional regulator, AraC family  42.59 
 
 		 144 aa  87.4  9e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.623268  normal  0.377935 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2899  helix-turn-helix domain-containing protein  38.93 
 
 		 140 aa  86.7  1e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.555623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1284  AraC family transcriptional regulator  39.83 
 
 		 168 aa  86.3  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0489  transcriptional regulator, AraC family  37.82 
 
 		 147 aa  85.1  4e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  39.39 
 
 		 309 aa  84.3  8e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3902  AraC family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 154 aa  83.6  0.000000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  49.38 
 
 		 291 aa  82.4  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 299 aa  82.4  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 322 aa  82  0.000000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3628  transcriptional regulator, AraC family  39.66 
 
 		 156 aa  82  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3172  transcriptional regulator, AraC family  42.59 
 
 		 147 aa  80.9  0.000000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000984429 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  46.84 
 
 		 300 aa  80.5  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 290 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  46.91 
 
 		 291 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1022  transcriptional regulator, AraC family  35.66 
 
 		 145 aa  78.6  0.00000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532062  normal  0.274495 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0872  AraC family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 292 aa  78.6  0.00000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5952  AraC family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 142 aa  78.6  0.00000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.149338 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2369  transcriptional regulator  40.22 
 
 		 368 aa  78.2  0.00000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 299 aa  78.2  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1399  transcriptional regulator, AraC family  35.25 
 
 		 158 aa  78.2  0.00000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  41.67 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 291 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  39.25 
 
 		 306 aa  76.3  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  40.62 
 
 		 289 aa  75.5  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  41.38 
 
 		 202 aa  75.9  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0874  AraC family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 296 aa  75.1  0.0000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  38.53 
 
 		 300 aa  74.7  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4138  AraC family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 311 aa  74.3  0.0000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5909  transcriptional regulator, AraC family  37.23 
 
 		 291 aa  73.9  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.678896 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2431  AraC protein arabinose-binding/dimerisation  40.21 
 
 		 294 aa  73.9  0.0000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.690566  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1619  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.29 
 
 		 286 aa  73.6  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0667714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  39.05 
 
 		 291 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4513  transcriptional regulator, AraC family  44.44 
 
 		 133 aa  73.2  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  38 
 
 		 331 aa  72.8  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 304 aa  72.8  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0315  transcriptional regulator, AraC family  34.17 
 
 		 168 aa  73.2  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0667  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 303 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4645  transcriptional regulator, AraC family  44.44 
 
 		 112 aa  73.2  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0412729 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  40.95 
 
 		 291 aa  72  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2622  AraC family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 144 aa  72  0.000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0868161 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 223 aa  72.4  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  36.54 
 
 		 513 aa  72.4  0.000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  40.38 
 
 		 293 aa  72.4  0.000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7719  putative transcriptional regulator, AraC family, isolated domain protein  38.24 
 
 		 134 aa  72.4  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6879  transcriptional regulator, AraC family  36.17 
 
 		 291 aa  72.4  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0489024  normal  0.393248 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5964  transcriptional regulator, AraC family  31.97 
 
 		 134 aa  71.6  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.194078  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 291 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  43.9 
 
 		 287 aa  71.6  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  37 
 
 		 272 aa  71.2  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 311 aa  71.2  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 250 aa  71.2  0.000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  36.7 
 
 		 295 aa  71.2  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  37 
 
 		 297 aa  70.9  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 291 aa  70.9  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 311 aa  70.9  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 311 aa  70.9  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  35.29 
 
 		 280 aa  70.1  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2496  helix-turn-helix domain-containing protein  38.61 
 
 		 308 aa  70.1  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0383135  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1405  AraC family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 251 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000697123  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>