183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0078 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0078  PRC-barrel domain protein  100 
 
 		 156 aa  318  1.9999999999999998e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.559393 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0070  PRC-barrel domain protein  99.36 
 
 		 156 aa  314  3e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6353  PRC-barrel domain-containing protein  65.62 
 
 		 160 aa  189  9e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5622  PRC-barrel domain-containing protein  64.84 
 
 		 160 aa  186  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.100635 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6059  PRC-barrel domain-containing protein  64.06 
 
 		 160 aa  185  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.185683 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1359  PRC-barrel  64.06 
 
 		 160 aa  185  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.73253  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6470  PRC-barrel domain-containing protein  64.06 
 
 		 160 aa  185  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00723922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5446  PRC-barrel domain protein  61.31 
 
 		 175 aa  184  5e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.956105 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1160  hypothetical protein  58.62 
 
 		 175 aa  183  7e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.649409 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1361  PRC-barrel domain-containing protein  62.7 
 
 		 163 aa  181  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.721312  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3141  PRC-barrel domain-containing protein  62.7 
 
 		 163 aa  181  3e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.719915  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3012  PRC-barrel domain-containing protein  62.7 
 
 		 163 aa  181  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0907577  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4240  PRC-barrel domain-containing protein  65.87 
 
 		 166 aa  180  5.0000000000000004e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.507205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5464  PRC-barrel domain-containing protein  61.72 
 
 		 161 aa  180  7e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381239 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5072  PRC-barrel  66.14 
 
 		 163 aa  180  8.000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.808195  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0486  hypothetical protein  60.14 
 
 		 158 aa  176  8e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.299325  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5293  PRC-barrel domain-containing protein  65.22 
 
 		 169 aa  175  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.15156 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3795  PRC-barrel domain-containing protein  59.38 
 
 		 165 aa  173  7e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4260  PRC-barrel domain-containing protein  60.32 
 
 		 166 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.232503 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3986  PRC-barrel  61.42 
 
 		 163 aa  170  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.766762  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4381  PRC-barrel domain-containing protein  61.42 
 
 		 163 aa  170  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0206882  normal  0.984052 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5974  PRC-barrel domain-containing protein  65.22 
 
 		 163 aa  169  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4945  hypothetical protein  59.54 
 
 		 154 aa  167  4e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0731378  normal  0.908987 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2570  hypothetical protein  64.35 
 
 		 158 aa  167  5e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  4.53444e-20  normal  0.143128 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6586  PRC-barrel domain protein  64.35 
 
 		 158 aa  165  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.00000000000440037  normal  0.0354416 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1638  hypothetical protein  58.27 
 
 		 174 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.900069  normal  0.195794 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1923  PRC-barrel  61.74 
 
 		 183 aa  162  1.0000000000000001e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0200  PRC-barrel  58.97 
 
 		 171 aa  156  8e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1690  PRC-barrel domain-containing protein  57.02 
 
 		 156 aa  153  8e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.401907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4218  PRC-barrel domain protein  58.56 
 
 		 157 aa  149  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1768  PRC-barrel domain-containing protein  57.27 
 
 		 148 aa  143  9e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2262  hypothetical protein  56.64 
 
 		 120 aa  141  3e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.260475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3579  PRC-barrel domain-containing protein  58.72 
 
 		 155 aa  141  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.632038 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1790  PRC-barrel domain-containing protein  52.17 
 
 		 139 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.981304  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2302  hypothetical protein  57.55 
 
 		 117 aa  138  3e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075687 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1539  hypothetical protein  53.57 
 
 		 485 aa  135  2e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1513  PRC-barrel  53.39 
 
 		 140 aa  135  3.0000000000000003e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.273224  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4918  PRC-barrel  51.38 
 
 		 173 aa  131  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1538  hypothetical protein  42.54 
 
 		 271 aa  127  7.000000000000001e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0929  PRC-barrel domain-containing protein  52.83 
 
 		 122 aa  119  9.999999999999999e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.13635  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5289  PRC-barrel  45.61 
 
 		 142 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.928377  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5569  PRC-barrel domain-containing protein  45.61 
 
 		 142 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5672  PRC-barrel domain protein  40.19 
 
 		 129 aa  94  8e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0805  PRC-barrel domain protein  35.96 
 
 		 125 aa  93.6  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.123295 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4517  PRC-barrel domain-containing protein  38.18 
 
 		 142 aa  92  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3828  hypothetical protein  43 
 
 		 117 aa  92.8  2e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3485  PRC-barrel domain protein  38.18 
 
 		 135 aa  91.3  5e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.999892  normal  0.263816 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3502  PRC-barrel domain protein  39.83 
 
 		 129 aa  90.5  8e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.002233 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1316  PRC-barrel domain protein  43.52 
 
 		 145 aa  90.1  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.976988  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0390  PRC-barrel domain-containing protein  43.62 
 
 		 526 aa  88.6  3e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1396  PRC-barrel  38.68 
 
 		 122 aa  87.8  5e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3285  PRC-barrel domain-containing protein  36.36 
 
 		 131 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3608  PRC-barrel domain protein  36.36 
 
 		 131 aa  85.5  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.30312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0389  PRC-barrel domain-containing protein  40.21 
 
 		 399 aa  83.6  0.000000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2876  PRC-barrel domain-containing protein  37.39 
 
 		 122 aa  83.6  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0145  PRC-barrel domain protein  36.84 
 
 		 130 aa  82  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0139  PRC-barrel domain protein  37.5 
 
 		 130 aa  82  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.130291 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0995  PRC-barrel domain-containing protein  36.28 
 
 		 132 aa  81.3  0.000000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.123984  normal  0.267939 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1989  PRC-barrel domain protein  36.28 
 
 		 112 aa  81.3  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.128496  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1971  PRC-barrel domain-containing protein  33.02 
 
 		 118 aa  80.5  0.000000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0931  PRC-barrel domain-containing protein  40.74 
 
 		 145 aa  80.1  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.363198 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2175  PRC-barrel domain-containing protein  39.09 
 
 		 137 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2338  hypothetical protein  36.94 
 
 		 120 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.538206  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4152  PRC-barrel  34.29 
 
 		 133 aa  78.6  0.00000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1014  PRC-barrel domain-containing protein  36.94 
 
 		 120 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3019  PRC-barrel domain-containing protein  35.48 
 
 		 127 aa  79  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1587  PRC-barrel domain-containing protein  38.46 
 
 		 119 aa  79  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2103  PRC-barrel domain-containing protein  40 
 
 		 158 aa  78.2  0.00000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3323  PRC-barrel domain protein  35.45 
 
 		 146 aa  77.8  0.00000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.273782 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3126  PRC-barrel domain-containing protein  35.45 
 
 		 173 aa  77.4  0.00000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.201028 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3447  PRC-barrel domain protein  35.45 
 
 		 146 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.439764  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2333  hypothetical protein  34.55 
 
 		 123 aa  75.1  0.0000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.16959  normal  0.0255916 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1138  PRC-barrel domain protein  36.97 
 
 		 137 aa  75.5  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000314637  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0920  PRC-barrel  35.85 
 
 		 117 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4137  PRC-barrel domain-containing protein  32.17 
 
 		 129 aa  74.7  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0140629 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0473  peptidoglycan-binding LysM  35.09 
 
 		 234 aa  74.3  0.0000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5241  PRC-barrel domain protein  37.04 
 
 		 117 aa  74.3  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0812  photosynthetic reaction center protein  34.91 
 
 		 117 aa  74.3  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.212704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4102  PRC-barrel  37.93 
 
 		 120 aa  71.2  0.000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.997072  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4890  PRC-barrel  31.13 
 
 		 120 aa  71.2  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3931  PRC-barrel  36.96 
 
 		 147 aa  68.9  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2361  PRC-barrel  37.78 
 
 		 147 aa  68.6  0.00000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.000190048  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3524  PRC-barrel domain-containing protein  34.29 
 
 		 120 aa  68.2  0.00000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.990793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3794  PRC-barrel  37.8 
 
 		 120 aa  64.7  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.182164  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4076  PRC-barrel  34.15 
 
 		 121 aa  63.9  0.0000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2428  hypothetical protein  35.63 
 
 		 137 aa  63.2  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0521251 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3464  PRC-barrel domain protein  26.72 
 
 		 122 aa  63.5  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5602  PRC-barrel domain-containing protein  25.64 
 
 		 190 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1321  hypothetical protein  39.51 
 
 		 134 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0470911  normal  0.0599346 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0549  hypothetical protein  38.27 
 
 		 130 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2822  PRC-barrel domain-containing protein  30 
 
 		 122 aa  61.2  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5679  PRC-barrel domain protein  25.64 
 
 		 190 aa  61.2  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0391677  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4630  PRC-barrel domain-containing protein  43.82 
 
 		 167 aa  60.8  0.000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0944476 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0474  PRC-barrel domain-containing protein  29.25 
 
 		 142 aa  59.7  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.903154  hitchhiker  0.00309714 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2027  PRC-barrel domain-containing protein  43.48 
 
 		 172 aa  60.1  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1343  PRC-barrel protein  34.57 
 
 		 119 aa  58.5  0.00000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5290  PRC-barrel domain protein  37.04 
 
 		 134 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1152  PRC-barrel protein  35.37 
 
 		 111 aa  58.5  0.00000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.8038  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0433  PRC-barrel domain-containing protein  36.96 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.173009  normal  0.857282 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3814  PRC-barrel  33.64 
 
 		 116 aa  58.2  0.00000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>