295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0018 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0018  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 		 232 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0023  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  98.28 
 
 		 232 aa  464  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.781949 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4309  cyclic nucleotide-binding  84.48 
 
 		 232 aa  390  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5767  putative HTH Crp family transcriptional regulator  82.27 
 
 		 253 aa  371  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1687  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  59.53 
 
 		 299 aa  269  2.9999999999999997e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535238  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6768  cyclic nucleotide-binding protein  61.57 
 
 		 248 aa  269  2.9999999999999997e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1826  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0992  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  59.07 
 
 		 289 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0799157  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2783  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  61.11 
 
 		 248 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.778441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1075  cyclic nucleotide-binding protein  58.8 
 
 		 281 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2305  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  59.07 
 
 		 309 aa  268  7e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1395  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  58.6 
 
 		 304 aa  267  1e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.553188  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0510  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  58.33 
 
 		 284 aa  267  1e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0137  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  58.33 
 
 		 284 aa  267  1e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1475  cyclic nucleotide-binding protein  58.33 
 
 		 284 aa  267  1e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3223  cyclic nucleotide-binding protein  59.26 
 
 		 247 aa  263  1e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.319468 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4072  cyclic nucleotide-binding protein  59.26 
 
 		 247 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.426596  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4294  cyclic nucleotide-binding protein  59.26 
 
 		 247 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.803161  normal  0.987027 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1725  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  55.79 
 
 		 251 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.134143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4190  cyclic nucleotide-binding protein  57.87 
 
 		 262 aa  256  3e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.456577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3712  cyclic nucleotide-binding protein  57.02 
 
 		 259 aa  255  3e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4311  cyclic nucleotide-binding protein  56.94 
 
 		 285 aa  249  4e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0853188  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0213  cyclic nucleotide-binding protein  47.17 
 
 		 259 aa  214  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0248  cyclic nucleotide-binding  45.97 
 
 		 224 aa  211  7e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0259  cyclic nucleotide-binding protein  44.81 
 
 		 222 aa  202  3e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5944  cyclic nucleotide-binding  45 
 
 		 228 aa  194  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4295  Crp/FNR family transcriptional regulator  48.91 
 
 		 265 aa  194  1e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0464  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.25 
 
 		 272 aa  189  2e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0498511  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1160  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 242 aa  190  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0473  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 272 aa  188  5e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.144164 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5005  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  44 
 
 		 261 aa  186  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.62031  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0605  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.8 
 
 		 252 aa  186  3e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00101565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3543  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.89 
 
 		 236 aa  186  4e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.86 
 
 		 230 aa  185  6e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4026  cyclic nucleotide-binding protein  42.92 
 
 		 234 aa  184  8e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4138  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.92 
 
 		 234 aa  184  8e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.60462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5713  transcriptional regulator  43.6 
 
 		 224 aa  181  8.000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.590376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3605  CRP/FNR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 235 aa  179  2.9999999999999997e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.391558 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6150  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.96 
 
 		 226 aa  178  4.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0681  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 234 aa  176  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0670228  normal  0.546641 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3433  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 251 aa  172  2.9999999999999996e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00135571 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0075  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.27 
 
 		 236 aa  162  5.0000000000000005e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 231 aa  155  4e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2132  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 231 aa  127  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00647195  normal  0.364317 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0608  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.38 
 
 		 161 aa  122  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2394  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 255 aa  122  4e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0405792  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.16 
 
 		 239 aa  87.4  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 239 aa  87.4  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  29.78 
 
 		 247 aa  86.7  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 239 aa  86.7  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 239 aa  86.3  4e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  26.79 
 
 		 239 aa  84  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.27 
 
 		 239 aa  84  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 241 aa  84  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 239 aa  82.4  0.000000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 241 aa  82  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.09 
 
 		 230 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.09 
 
 		 230 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 258 aa  77.8  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.44 
 
 		 258 aa  77.8  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  24.75 
 
 		 231 aa  74.3  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  27.22 
 
 		 226 aa  73.2  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 227 aa  72  0.000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 228 aa  71.6  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  25.81 
 
 		 266 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 234 aa  69.3  0.00000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 237 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 235 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3129  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.52 
 
 		 224 aa  68.2  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0256895  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  25 
 
 		 251 aa  67  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  25 
 
 		 251 aa  67  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  25 
 
 		 251 aa  67  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  27.6 
 
 		 228 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  25 
 
 		 251 aa  67  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 251 aa  67  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 227 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 233 aa  66.6  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 229 aa  65.9  0.0000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0528  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.46 
 
 		 244 aa  65.1  0.0000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 227 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 278 aa  63.9  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 		 226 aa  63.2  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.64 
 
 		 237 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  25.12 
 
 		 228 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  25.58 
 
 		 229 aa  62.8  0.000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0428  Crp family transcriptional regulator  21.56 
 
 		 201 aa  62.8  0.000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  24.66 
 
 		 243 aa  62  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 235 aa  62  0.000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.6 
 
 		 234 aa  62  0.000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2085  cyclic nucleotide binding protein  23.58 
 
 		 238 aa  62  0.000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.37 
 
 		 223 aa  61.6  0.000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  26.79 
 
 		 239 aa  61.6  0.000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2514  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 231 aa  61.2  0.00000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.619242 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 239 aa  60.5  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4243  Crp/Fnr family transcriptional regulator  25 
 
 		 305 aa  60.8  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.286118 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 235 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 235 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.5 
 
 		 235 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.47 
 
 		 243 aa  60.1  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.47 
 
 		 243 aa  60.1  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 235 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>