More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0012 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0012  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 275 aa  555  1e-157  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0017  extracellular solute-binding protein family 3  98.55 
 
 		 275 aa  548  1e-155  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2103  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  93.61 
 
 		 267 aa  486  1e-136  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0230  extracellular solute-binding protein  84.41 
 
 		 268 aa  441  1e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0211  extracellular solute-binding protein  86.86 
 
 		 274 aa  426  1e-118  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5265  extracellular solute-binding protein family 3  56.27 
 
 		 261 aa  300  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5541  extracellular solute-binding protein family 3  55.89 
 
 		 261 aa  298  7e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.347877 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3691  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  54.91 
 
 		 267 aa  297  1e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2073  extracellular solute-binding protein  60.25 
 
 		 269 aa  296  3e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.19851 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0931  extracellular solute-binding protein family 3  54.18 
 
 		 267 aa  294  1e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1513  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  54.41 
 
 		 260 aa  293  2e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6996  extracellular solute-binding protein  56.39 
 
 		 268 aa  289  3e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0898754 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6331  extracellular solute-binding protein  56.39 
 
 		 268 aa  288  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.483344  normal  0.916228 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1916  extracellular solute-binding protein  57.03 
 
 		 261 aa  287  1e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.189267 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5459  extracellular solute-binding protein  58.75 
 
 		 261 aa  286  2e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.020416 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0298  extracellular solute-binding protein  54.96 
 
 		 261 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0306  extracellular solute-binding protein  61.21 
 
 		 261 aa  285  5.999999999999999e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.654569  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3313  extracellular solute-binding protein family 3  54.86 
 
 		 268 aa  285  5.999999999999999e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0877  extracellular solute-binding protein family 3  57.38 
 
 		 240 aa  285  7e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.186913  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0907  extracellular solute-binding protein family 3  54.94 
 
 		 254 aa  284  1.0000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.451413  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3469  extracellular solute-binding protein family 3  54.47 
 
 		 268 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1498  extracellular solute-binding protein  58.12 
 
 		 247 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5245  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  54.58 
 
 		 261 aa  282  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2257  extracellular solute-binding protein  57.76 
 
 		 266 aa  278  8e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0449  extracellular solute-binding protein  54.29 
 
 		 263 aa  275  9e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3329  extracellular solute-binding protein  52.87 
 
 		 262 aa  273  2.0000000000000002e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3190  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  52.87 
 
 		 262 aa  273  2.0000000000000002e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3449  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  52.11 
 
 		 262 aa  269  4e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0932  extracellular solute-binding protein  52.96 
 
 		 263 aa  268  5e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.214418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2432  glutamine ABC transporter extracellular solute-binding family 3 protein  53.14 
 
 		 263 aa  263  3e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.151494  normal  0.0748361 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3472  extracellular solute-binding protein  50.19 
 
 		 266 aa  249  2e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3211  extracellular solute-binding protein  52.61 
 
 		 263 aa  249  2e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4514  extracellular solute-binding protein  49.4 
 
 		 260 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.968225  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6715  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  47.27 
 
 		 274 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.690501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4964  extracellular solute-binding protein family 3  47.74 
 
 		 274 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0641504  normal  0.0820416 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1686  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  45.65 
 
 		 274 aa  241  7e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175313  normal  0.373626 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3247  extracellular solute-binding protein  49.79 
 
 		 269 aa  241  7e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.206502  normal  0.385289 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3667  extracellular solute-binding protein family 3  49.56 
 
 		 266 aa  234  2.0000000000000002e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.200232  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0161  extracellular solute-binding protein  47.47 
 
 		 265 aa  229  3e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.445955  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4065  extracellular solute-binding protein  49.36 
 
 		 264 aa  227  2e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0712099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1501  extracellular solute-binding protein  48.19 
 
 		 265 aa  227  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3746  extracellular solute-binding protein  44.1 
 
 		 266 aa  204  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3989  extracellular solute-binding protein family 3  42.46 
 
 		 265 aa  198  6e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.128732 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5081  extracellular solute-binding protein  40.15 
 
 		 265 aa  191  1e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1489  extracellular solute-binding protein  40.68 
 
 		 268 aa  186  5e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1742  extracellular solute-binding protein  40.51 
 
 		 273 aa  181  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3673  extracellular solute-binding protein family 3  38.7 
 
 		 275 aa  181  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3333  extracellular solute-binding protein  38.31 
 
 		 275 aa  174  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.166718 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3417  extracellular solute-binding protein family 3  38.14 
 
 		 268 aa  168  9e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3978  extracellular solute-binding protein  36.59 
 
 		 260 aa  162  8.000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0177  extracellular solute-binding protein  38.17 
 
 		 267 aa  160  3e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4667  extracellular solute-binding protein  36.15 
 
 		 269 aa  158  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1598  extracellular solute-binding protein  38.46 
 
 		 266 aa  155  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2071  extracellular solute-binding protein  37.99 
 
 		 255 aa  153  2.9999999999999998e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3130  extracellular solute-binding protein  36.4 
 
 		 263 aa  148  9e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3463  extracellular solute-binding protein family 3  36.12 
 
 		 274 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1029  extracellular solute-binding protein  33.86 
 
 		 265 aa  144  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000261026  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7091  extracellular solute-binding protein family 3  36.25 
 
 		 276 aa  142  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.51636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4927  extracellular solute-binding protein  35.59 
 
 		 266 aa  142  7e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5457  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  35.44 
 
 		 279 aa  142  8e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5951  extracellular solute-binding protein family 3  36.25 
 
 		 276 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0245803  normal  0.0107841 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2438  extracellular solute-binding protein  35.42 
 
 		 271 aa  131  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2601  extracellular solute-binding protein  32.47 
 
 		 265 aa  130  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.186233 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1705  extracellular solute-binding protein  33.19 
 
 		 266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.216099  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6374  extracellular solute-binding protein family 3  34.85 
 
 		 278 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.213399  normal  0.625492 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4545  extracellular solute-binding protein family 3  33.61 
 
 		 278 aa  122  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.486502  normal  0.0898328 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  35.83 
 
 		 271 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  35.2 
 
 		 271 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3976  extracellular solute-binding protein  32.07 
 
 		 268 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.108857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  35.83 
 
 		 271 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  35.83 
 
 		 271 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  35.36 
 
 		 271 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1538  extracellular solute-binding protein  34.87 
 
 		 292 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133709  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4132  putative ABC transporter binding protein subunit  32.64 
 
 		 273 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0017  extracellular solute-binding protein  33.9 
 
 		 279 aa  117  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.141798 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7667  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  33.47 
 
 		 279 aa  118  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4165  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  33.47 
 
 		 284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4191  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  33.47 
 
 		 284 aa  116  3e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0122303 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4237  extracellular solute-binding protein  33.47 
 
 		 284 aa  116  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  33.46 
 
 		 267 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0127  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.21 
 
 		 272 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47920  putative binding protein component of ABC transporter  32.37 
 
 		 273 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0688655  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4271  extracellular solute-binding protein family 3  32.64 
 
 		 278 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1621  extracellular solute-binding protein  35.27 
 
 		 271 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0810697  normal  0.181323 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0326  polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding protein  35.15 
 
 		 271 aa  113  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.178009  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4213  extracellular solute-binding protein family 3  32.57 
 
 		 278 aa  113  3e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  33.59 
 
 		 276 aa  113  3e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4591  extracellular solute-binding protein family 3  32.64 
 
 		 278 aa  113  3e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2051  extracellular solute-binding protein  35.15 
 
 		 271 aa  113  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0325389  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1883  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.15 
 
 		 271 aa  113  3e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1670  extracellular solute-binding protein  35.15 
 
 		 271 aa  113  3e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.720486  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1895  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.15 
 
 		 271 aa  113  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0835  extracellular solute-binding protein  35.15 
 
 		 271 aa  113  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.447071  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4004  extracellular solute-binding protein family 3  33.47 
 
 		 278 aa  112  5e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  29.02 
 
 		 265 aa  112  6e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  29.23 
 
 		 268 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2450  extracellular solute-binding protein  34.2 
 
 		 271 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2434  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.21 
 
 		 274 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  29.89 
 
 		 265 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7227  extracellular solute-binding protein  34.71 
 
 		 262 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>