More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0002 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_0002  DNA polymerase III subunit beta  87.33 
 
 
371 aa  645  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.453135  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0002  DNA polymerase III subunit beta  100 
 
 
371 aa  757  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0290452  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0002  DNA polymerase III subunit beta  87.06 
 
 
371 aa  670  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.359453  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3441  DNA polymerase III subunit beta  98.38 
 
 
371 aa  744  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.325472  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0002  DNA polymerase III subunit beta  99.73 
 
 
371 aa  756  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0002  DNA polymerase III subunit beta  75.74 
 
 
367 aa  578  1e-164  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201514  hitchhiker  0.00206466 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0002  DNA polymerase III subunit beta  75.47 
 
 
368 aa  574  1e-163  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0232451  hitchhiker  5.83688e-05 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0002  DNA polymerase III subunit beta  75.2 
 
 
367 aa  573  1e-162  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.243689  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0002  DNA polymerase III subunit beta  75.2 
 
 
368 aa  572  1e-162  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0645593  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2554  DNA polymerase III subunit beta  75.74 
 
 
368 aa  573  1e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.376427  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0002  DNA polymerase III subunit beta  75.2 
 
 
368 aa  572  1e-162  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.011531  normal  0.38726 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0002  DNA polymerase III subunit beta  75.74 
 
 
368 aa  573  1e-162  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.481367  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3183  DNA polymerase III subunit beta  75.2 
 
 
368 aa  572  1e-162  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00267181  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0002  DNA polymerase III subunit beta  75.74 
 
 
368 aa  573  1e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0846842  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4461  DNA polymerase III subunit beta  75.2 
 
 
367 aa  573  1e-162  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0591962  normal  0.0989887 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0300  DNA polymerase III subunit beta  74.39 
 
 
367 aa  566  1e-160  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3240  DNA polymerase III subunit beta  74.12 
 
 
367 aa  564  1e-160  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.551286  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0002  DNA polymerase III subunit beta  74.39 
 
 
367 aa  566  1e-160  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.18752  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0002  DNA polymerase III subunit beta  74.39 
 
 
367 aa  566  1e-160  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.645907  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2236  DNA polymerase III subunit beta  74.39 
 
 
367 aa  566  1e-160  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0102  DNA polymerase III subunit beta  74.39 
 
 
367 aa  566  1e-160  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2849  DNA polymerase III subunit beta  74.39 
 
 
367 aa  566  1e-160  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0088  DNA polymerase III subunit beta  74.39 
 
 
367 aa  566  1e-160  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0002  DNA polymerase III subunit beta  69.54 
 
 
371 aa  514  1e-144  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.157006  normal  0.0483245 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0002  DNA polymerase III subunit beta  69.27 
 
 
371 aa  506  1e-142  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.757969  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  56.84 
 
 
368 aa  431  1e-120  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  56.84 
 
 
368 aa  433  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4145  DNA polymerase III, beta subunit  56.84 
 
 
368 aa  431  1e-120  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.258487 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  58.87 
 
 
369 aa  430  1e-119  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  56.57 
 
 
368 aa  426  1e-118  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0963742  normal  0.484906 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  56.5 
 
 
372 aa  425  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00413752  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4118  DNA polymerase III, beta subunit  55.76 
 
 
368 aa  418  1e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.000107371  normal  0.0690123 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0002  DNA polymerase III, beta subunit  55.97 
 
 
372 aa  419  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201968  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0002  DNA polymerase III, beta subunit  56.3 
 
 
367 aa  418  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  7.44787e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  56.72 
 
 
368 aa  416  1e-115  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  8.266e-08  decreased coverage  0.00275233 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0002  DNA polymerase III, beta subunit  54.5 
 
 
372 aa  413  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0002  DNA polymerase III, beta subunit  57.37 
 
 
368 aa  412  1e-114  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0430732  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0002  DNA polymerase III, beta subunit  55.44 
 
 
381 aa  397  1e-109  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  3.0299e-05 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  52.69 
 
 
367 aa  385  1e-106  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  50.54 
 
 
367 aa  379  1e-104  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  1.46926e-09  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0002  DNA polymerase III, beta subunit  56.53 
 
 
369 aa  376  1e-103  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  1.00173e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  45.14 
 
 
367 aa  330  2e-89  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  9.05958e-08  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  47.54 
 
 
367 aa  326  4e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.85 
 
 
367 aa  321  1e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  47.4 
 
 
367 aa  319  4e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  46.3 
 
 
366 aa  320  4e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.58001e-07  unclonable  3.41195e-06 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  44.93 
 
 
366 aa  319  4e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.18658e-07  unclonable  1.21971e-10 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  45.58 
 
 
367 aa  319  5e-86  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  47.12 
 
 
367 aa  318  9e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  46.58 
 
 
367 aa  317  2e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  2.839e-05 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.58 
 
 
367 aa  317  2e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.72 
 
 
366 aa  315  8e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.03765e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.72 
 
 
366 aa  315  8e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  8.48773e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.72 
 
 
366 aa  315  8e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  6.37071e-08  unclonable  3.26658e-12 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.72 
 
 
366 aa  315  8e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  6.34429e-07  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.54 
 
 
366 aa  315  8e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  4.90932e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  45.65 
 
 
366 aa  314  1e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  46.58 
 
 
367 aa  315  1e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.38 
 
 
366 aa  314  2e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.36085e-07  unclonable  9.17615e-09 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.99 
 
 
367 aa  313  2e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  3.96971e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.66 
 
 
366 aa  311  9e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  4.72427e-06  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  44.66 
 
 
366 aa  311  9e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  6.42144e-08  hitchhiker  1.34313e-09 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.66 
 
 
366 aa  311  9e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  5.77304e-08  unclonable  2.3362e-11 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  44.54 
 
 
366 aa  311  1e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  44.99 
 
 
366 aa  311  1e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  7.33559e-07  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.99 
 
 
367 aa  310  2e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  4.85336e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  45.23 
 
 
366 aa  309  5e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.45 
 
 
367 aa  309  5e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  44.84 
 
 
366 aa  309  6e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03528  hypothetical protein  44.84 
 
 
366 aa  309  6e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0779462  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  44.84 
 
 
366 aa  309  6e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  8.53421e-08  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.84 
 
 
366 aa  309  6e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  44.84 
 
 
366 aa  309  6e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  44.84 
 
 
366 aa  309  6e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.99842e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  44.84 
 
 
366 aa  309  6e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4224  DNA polymerase III subunit beta  44.84 
 
 
366 aa  309  6e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.33889e-06  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03584  DNA polymerase III subunit beta  44.84 
 
 
366 aa  309  6e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  42.93 
 
 
365 aa  308  8e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  5.90568e-08  unclonable  5.12174e-12 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  45.75 
 
 
367 aa  306  3e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.38 
 
 
366 aa  306  4e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.67756e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  45.75 
 
 
367 aa  306  4e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4065  DNA polymerase III subunit beta  44.57 
 
 
366 aa  304  2e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00365243  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.12 
 
 
366 aa  303  2e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  5.44098e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.4 
 
 
367 aa  304  2e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  3.48538e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0002  DNA polymerase III subunit beta  44.81 
 
 
366 aa  304  2e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4229  DNA polymerase III subunit beta  44.57 
 
 
366 aa  304  2e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  44.57 
 
 
366 aa  304  2e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  44.57 
 
 
366 aa  304  2e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4049  DNA polymerase III subunit beta  44.57 
 
 
366 aa  303  3e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.22368  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.02 
 
 
366 aa  303  3e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  2.00886e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0002  DNA polymerase III subunit beta  44.84 
 
 
366 aa  303  4e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  7.90466e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0002  DNA polymerase III subunit beta  43.87 
 
 
366 aa  301  1e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  1.43561e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0033  DNA polymerase III subunit beta  44.57 
 
 
366 aa  300  4e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  2.34864e-08  normal  0.233091 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  42.39 
 
 
366 aa  299  6e-80  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  44.02 
 
 
366 aa  298  7e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4152  DNA polymerase III subunit beta  44.02 
 
 
366 aa  298  7e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.17824e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0002  DNA polymerase III subunit beta  44.02 
 
 
366 aa  298  7e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020055  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  42.28 
 
 
366 aa  298  9e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  9.97729e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  42.01 
 
 
366 aa  297  2e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.69 
 
 
366 aa  296  3e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348811  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>