298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_R0010 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0288  tRNA-Arg  98.65 
 
 		 77 bp  139  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528519  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0006  tRNA-Arg  98.65 
 
 		 77 bp  139  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t05  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  133  6e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0303  tRNA-Arg  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0037  tRNA-Arg  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.678102  normal  0.176002 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0001  tRNA-Arg  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4595  tRNA-Arg  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.372122  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0001  tRNA-Arg  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0001  tRNA-Arg  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0019  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737932  normal  0.0155784 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0056  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.159336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0014  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.434333 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0066  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.171209  normal  0.834586 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA32  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0045  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0012  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.802134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0021  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000000063734  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0022  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000656086  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0015  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0029  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320042  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0030  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.324137  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0029  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.304599 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0029  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0037  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0828388  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0081  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000923685  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt19  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt18  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0083  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000215013  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0035  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000279493  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0036  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000466026  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0037  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000454373  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  89.86 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0004  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0030  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0160344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0040  tRNA-Arg  97.78 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.589748  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0024  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0025  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0024  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00738285 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0020  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.845791  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0004  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000567869 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0080  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000233743  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0082  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000302683  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0079  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000061602  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0077  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000716248  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4320  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.438611  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0026  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0422227  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0044  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.709803  normal  0.0256075 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0003  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0008  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0027  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0023  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0052  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.717648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0010  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000576852 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0012  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000569995 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0011  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00060097 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0056  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000119061  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0045  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000739134 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0049  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000230813  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0029  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000030616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0027  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000312011  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0010  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.552541  hitchhiker  0.000550393 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg03  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 80 bp  67.9  0.0000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0030  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000300498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0028  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000292353  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0049  tRNA-Arg  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00212894 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0055  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0026  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0017  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0024  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000100399  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0030  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54758  normal  0.411932 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0020  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000211793  normal  0.0116052 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0036  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.957158  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1005  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0903  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0051  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.524822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0039  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0291069  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0042  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0011  tRNA-Arg  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.223913  normal  0.579153 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t089  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0064  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00996897  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>