More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_5204 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03749  DNA polymerase I  42.16 
 
 		 928 aa  705    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000312835  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4123  DNA polymerase I  42.16 
 
 		 928 aa  705    Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000018502  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4152  DNA polymerase I  42.16 
 
 		 928 aa  705    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000213441  hitchhiker  0.000146367 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1429  DNA polymerase I  39.72 
 
 		 942 aa  659    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0123  DNA polymerase I  40.08 
 
 		 915 aa  671    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5306  DNA polymerase I  42.16 
 
 		 928 aa  704    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000330989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3813  DNA polymerase I  43.17 
 
 		 939 aa  696    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.273799  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0093  DNA-directed DNA polymerase  39.82 
 
 		 923 aa  674    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00183207  normal  0.0262318 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4327  DNA polymerase I  40.76 
 
 		 928 aa  684    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.44762 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0119  DNA polymerase I  61.45 
 
 		 978 aa  1228    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0023  DNA polymerase I  41.06 
 
 		 932 aa  682    Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000103572  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4978  DNA polymerase I  39.02 
 
 		 936 aa  647    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4337  DNA polymerase I  42.16 
 
 		 928 aa  705    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000947993  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0123  DNA polymerase I  61.45 
 
 		 979 aa  1230    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.389931  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0280  DNA polymerase I  39.6 
 
 		 916 aa  694    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0344  DNA polymerase I  39.6 
 
 		 925 aa  654    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2689  DNA polymerase I  54.36 
 
 		 937 aa  1030    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.283059  normal  0.26219 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4102  DNA polymerase I  40.56 
 
 		 930 aa  671    Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000162392  normal  0.404063 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0299  DNA polymerase I  61.7 
 
 		 992 aa  1221    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4195  DNA polymerase I  41.06 
 
 		 932 aa  682    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00580719  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0099  DNA polymerase I  38.48 
 
 		 896 aa  655    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0270  DNA polymerase I  38.6 
 
 		 921 aa  640    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4088  DNA polymerase I  42.16 
 
 		 928 aa  705    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000478192  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1501  DNA polymerase I  54.96 
 
 		 1024 aa  1061    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318672  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2694  DNA polymerase I  53.82 
 
 		 1047 aa  1057    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2744  DNA polymerase I  58.69 
 
 		 1043 aa  1142    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.560241 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0200  DNA polymerase I  54.96 
 
 		 937 aa  1041    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.932691 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2435  DNA polymerase I  41.78 
 
 		 937 aa  689    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.326826  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0357  DNA polymerase I  75.15 
 
 		 1010 aa  1546    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.577843 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1478  DNA polymerase I  39.15 
 
 		 941 aa  639    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.495398 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2471  DNA polymerase I  53.91 
 
 		 1047 aa  1058    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.195384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1028  DNA polymerase I  54.36 
 
 		 937 aa  1030    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.447207  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5204  DNA polymerase I  100 
 
 		 1025 aa  2085    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4423  DNA polymerase I  60.3 
 
 		 1016 aa  1167    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4231  DNA polymerase I  40.86 
 
 		 928 aa  682    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000696994  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4246  DNA polymerase I  42.16 
 
 		 928 aa  702    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000118244  normal  0.166094 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0227  DNA polymerase I  41.26 
 
 		 934 aa  704    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.774927  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0221  DNA polymerase I  56.04 
 
 		 973 aa  1049    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.978569  normal  0.324106 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2042  DNA polymerase I  42.18 
 
 		 937 aa  697    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.782294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1853  DNA polymerase I  55.83 
 
 		 940 aa  650    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0210712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0044  DNA polymerase I  38.26 
 
 		 939 aa  679    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00167336  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1148  DNA-directed DNA polymerase  41.15 
 
 		 937 aa  662    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.725762  normal  0.433626 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7357  DNA polymerase I  77.41 
 
 		 1020 aa  1529    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.409782  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03698  hypothetical protein  42.16 
 
 		 928 aa  705    Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000500829  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4388  DNA polymerase I  40.86 
 
 		 928 aa  685    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00514081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3514  DNA polymerase A  49.55 
 
 		 924 aa  857    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1391  DNA polymerase I  59.82 
 
 		 1013 aa  1160    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.413806 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2909  DNA polymerase I  51.95 
 
 		 932 aa  938    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.033314  normal  0.843304 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3536  DNA polymerase I  54.64 
 
 		 1060 aa  1063    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.139482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0848  DNA polymerase I  88.68 
 
 		 1032 aa  1776    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0278  DNA polymerase I  50.3 
 
 		 945 aa  885    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3381  DNA polymerase I  61.2 
 
 		 1004 aa  1202    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.30865  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4227  DNA polymerase I  40.1 
 
 		 929 aa  701    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0477521  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1683  DNA polymerase I  54.6 
 
 		 929 aa  636    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.569036  normal  0.718828 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1325  DNA polymerase I  39.47 
 
 		 957 aa  649    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0073  DNA polymerase I  40.8 
 
 		 926 aa  711    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.800167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4857  DNA polymerase I  79.69 
 
 		 1021 aa  1630    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.450809 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1729  DNA polymerase I  40.79 
 
 		 944 aa  660    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0450  DNA polymerase I  47.57 
 
 		 941 aa  859    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0105  DNA polymerase I  61.99 
 
 		 979 aa  1191    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1277 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0956  DNA polymerase I  89.31 
 
 		 1033 aa  1808    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0678  DNA polymerase I  53.59 
 
 		 1016 aa  1024    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.80797  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0453  DNA polymerase I  75 
 
 		 1014 aa  1539    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4517  DNA polymerase I  40.06 
 
 		 929 aa  692    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.21603  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03934  DNA polymerase I  40.8 
 
 		 933 aa  658    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540261  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0138  DNA polymerase I  39.58 
 
 		 915 aa  652    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1841  DNA polymerase I  39.64 
 
 		 936 aa  644    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.721717  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2764  DNA polymerase I  55.59 
 
 		 935 aa  674    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0625  DNA polymerase I  47.31 
 
 		 937 aa  798    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.480617 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001917  DNA polymerase I  39.32 
 
 		 928 aa  669    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000349897  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2377  DNA polymerase I  63.53 
 
 		 1000 aa  1261    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0421438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0015  DNA polymerase I  39.04 
 
 		 928 aa  683    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.853211  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3945  DNA polymerase I  62.74 
 
 		 978 aa  1253    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4103  DNA polymerase I  60.69 
 
 		 999 aa  1180    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2399  DNA polymerase I  54.13 
 
 		 1047 aa  1063    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.245921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0002  DNA polymerase I  56.04 
 
 		 968 aa  1111    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4281  DNA polymerase I  40.76 
 
 		 928 aa  684    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.729451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1711  DNA polymerase I  39.4 
 
 		 943 aa  661    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.338945  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0021  DNA polymerase I  41.06 
 
 		 932 aa  682    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00121039  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3941  DNA polymerase I  39.76 
 
 		 924 aa  655    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2860  DNA polymerase I  42.25 
 
 		 912 aa  716    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.129264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00572  DNA polymerase I  39.26 
 
 		 930 aa  662    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0137  DNA polymerase I  62.05 
 
 		 976 aa  1232    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.909529  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0016  DNA polymerase I  54.93 
 
 		 928 aa  689    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4210  DNA polymerase I  40.76 
 
 		 928 aa  683    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0026674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3317  DNA polymerase I  40.04 
 
 		 922 aa  648    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.397865  normal  0.106648 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2669  DNA polymerase I  40.04 
 
 		 922 aa  648    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.48078  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5325  DNA polymerase I  40.1 
 
 		 947 aa  662    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4382  DNA polymerase I  42.16 
 
 		 928 aa  705    Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000170331  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1930  DNA polymerase I  40.94 
 
 		 927 aa  663    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.173956  normal  0.0298694 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3967  DNA polymerase I  40.66 
 
 		 931 aa  695    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000137661  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0154  DNA polymerase I  40.02 
 
 		 931 aa  652    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3261  DNA polymerase I  41.91 
 
 		 911 aa  730    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.155363 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4419  DNA polymerase I  39.42 
 
 		 915 aa  635  1e-180  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.251272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0568  DNA polymerase I  38.52 
 
 		 905 aa  633  1e-180  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0358  DNA polymerase I  38.72 
 
 		 910 aa  633  1e-180  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.681988  normal  0.0403702 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0390  DNA polymerase I  40.42 
 
 		 923 aa  629  1e-179  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0448  DNA polymerase I  40.52 
 
 		 923 aa  630  1e-179  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.106408  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3769  DNA polymerase I  39.38 
 
 		 917 aa  626  1e-178  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.662383  hitchhiker  0.00614094 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3243  DNA polymerase I  39.78 
 
 		 917 aa  628  1e-178  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0154529 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>