More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4977 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4977  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
177 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13761  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1071  putative PAS/PAC sensor protein  71.26 
 
 
178 aa  281  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4975  putative PAS/PAC sensor protein  68.97 
 
 
178 aa  270  1e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161434  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4662  putative PAS/PAC sensor protein  66.67 
 
 
168 aa  248  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4683  putative PAS/PAC sensor protein  65.29 
 
 
173 aa  247  6e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1413  putative PAS/PAC sensor protein  64.5 
 
 
185 aa  246  1e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.026067  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1393  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  64.12 
 
 
182 aa  245  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2378  transcriptional regulator  54.71 
 
 
174 aa  206  1e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1312  putative PAS/PAC sensor protein  52.94 
 
 
174 aa  203  1e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.723682  normal  0.171791 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4792  putative PAS/PAC sensor protein  52.63 
 
 
174 aa  194  8.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3908  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.76 
 
 
174 aa  193  9e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3464  transcriptional regulator  50 
 
 
174 aa  187  5.999999999999999e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0920  putative PAS/PAC sensor protein  50 
 
 
170 aa  186  1e-46  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3403  PAS sensor protein  52.35 
 
 
189 aa  182  2.0000000000000003e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.263742  normal  0.531721 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4009  PAS  47.09 
 
 
172 aa  171  3.9999999999999995e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1323  methyl-accepting chemotaxis protein  45.56 
 
 
165 aa  171  6.999999999999999e-42  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1204  methyl-accepting chemotaxis protein  45.56 
 
 
165 aa  171  6.999999999999999e-42  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05500  PAS domain S-box  47.7 
 
 
194 aa  168  3e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.414164  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0540  methyl-accepting chemotaxis protein  44.71 
 
 
166 aa  165  4e-40  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0044  putative PAS/PAC sensor protein  47.17 
 
 
162 aa  164  6.9999999999999995e-40  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1206  methyl-accepting chemotaxis protein  47.59 
 
 
164 aa  162  3e-39  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1962  methyl-accepting chemotaxis protein  45.83 
 
 
166 aa  162  3e-39  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0368  PAS sensor protein  46.78 
 
 
168 aa  162  3e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1325  methyl-accepting chemotaxis protein  47.59 
 
 
164 aa  160  7e-39  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0735034  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1233  methyl-accepting chemotaxis protein  44.64 
 
 
166 aa  158  4e-38  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0158  PAS sensor protein  43.2 
 
 
170 aa  154  5.0000000000000005e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00559927  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0964  putative PAS domain signal transduction sensor protein  44.31 
 
 
163 aa  152  2.9999999999999998e-36  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.695373  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2233  putative PAS/PAC sensor protein  52.63 
 
 
177 aa  142  2e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.17522 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3460  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.41 
 
 
520 aa  140  8e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2936  putative PAS/PAC sensor protein  39.16 
 
 
201 aa  136  1e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.178135  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1012  methyl-accepting chemotaxis protein  39.49 
 
 
171 aa  135  3.0000000000000003e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.63093  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1521  putative PAS/PAC sensor protein  37.89 
 
 
228 aa  135  4e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.950455  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1888  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  48.3 
 
 
521 aa  134  8e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.378373  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3481  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  48.3 
 
 
521 aa  134  8e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.41765 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0963  putative PAS domain signal transduction sensor protein  38.79 
 
 
163 aa  134  8e-31  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.598174  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2257  aerotaxis receptor Aer-1  48.3 
 
 
521 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.215452  normal  0.0215353 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3109  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.11 
 
 
522 aa  131  5e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6942  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  50.39 
 
 
566 aa  131  6e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.819674  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1223  signal-transduction sensor protein  39.31 
 
 
189 aa  130  7.999999999999999e-30  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.658782  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3595  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.8 
 
 
515 aa  130  7.999999999999999e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2920  aerotaxis sensor receptor  48.94 
 
 
549 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1648  aerotaxis receptor  44.83 
 
 
521 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2525  putative PAS/PAC sensor protein  37.29 
 
 
208 aa  129  2.0000000000000002e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0659487  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2984  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer, Pas/Pac sensor  48.82 
 
 
565 aa  129  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1800  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.9 
 
 
521 aa  128  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.258308  normal  0.504821 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0223  PAS  50 
 
 
1214 aa  128  5.0000000000000004e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1522  PAS sensor protein  37.42 
 
 
225 aa  127  6e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.533099  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2014  aerotaxis receptor  47.9 
 
 
521 aa  127  9.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1520  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.45 
 
 
543 aa  127  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.112151 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0974  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50.42 
 
 
532 aa  125  2.0000000000000002e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3735  PAS  47.75 
 
 
521 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.065462 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1833  chemotaxis sensory transducer, Pas/Pac sensor  47.9 
 
 
521 aa  125  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.884809  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1532  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  50.74 
 
 
853 aa  124  5e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.103077 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3406  PAS  47.06 
 
 
521 aa  124  6e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.387271  normal  0.671486 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1902  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.22 
 
 
521 aa  124  6e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00326538  normal  0.948878 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0729  PAS  56.57 
 
 
945 aa  124  6e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0635035  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1294  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  46.67 
 
 
575 aa  124  6e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00873235 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0532  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.53 
 
 
523 aa  124  9e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0374128 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2648  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  48.09 
 
 
520 aa  124  9e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0659  putative PAS/PAC sensor protein  50 
 
 
164 aa  124  9e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2812  putative PAS/PAC sensor protein  43.51 
 
 
166 aa  124  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.494423  decreased coverage  0.000000324615 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4269  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  47.41 
 
 
556 aa  124  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1630  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.38 
 
 
521 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.814601 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1653  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.38 
 
 
521 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.976535  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2111  aerotaxis receptor Aer-2  45.38 
 
 
521 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0317394 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3295  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50.42 
 
 
519 aa  122  3e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3628  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.38 
 
 
521 aa  122  4e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44300  aerotaxis receptor Aer  46.22 
 
 
521 aa  121  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3682  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  47.93 
 
 
552 aa  121  5e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0302709 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4521  aerotaxis receptor, putative  46.85 
 
 
521 aa  120  7e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1324  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  48.25 
 
 
523 aa  120  7e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.587106  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5286  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  55.66 
 
 
519 aa  120  8e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.982796  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1390  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.85 
 
 
534 aa  120  8e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0120  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  46.85 
 
 
519 aa  120  9e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3770  aerotaxis receptor Aer  46.22 
 
 
521 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2372  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.81 
 
 
579 aa  120  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1871  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  54.08 
 
 
716 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0389  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.46 
 
 
419 aa  119  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1618  chemotaxis sensory transducer  48.76 
 
 
557 aa  118  3.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.126465 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06258  hypothetical protein  42.67 
 
 
520 aa  118  3.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4027  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.95 
 
 
521 aa  118  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.664053  normal  0.0821551 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03783  Methyl-accepting chemotaxis protein (PAS/PAC and MSP doamins)  47.41 
 
 
527 aa  117  6e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1652  putative PAS/PAC sensor protein  45.76 
 
 
127 aa  117  6e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.129926  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1867  chemotaxis sensory transducer  46.55 
 
 
714 aa  117  6e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.133032 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1621  methyl-accepting chemotaxis protein  48.21 
 
 
513 aa  117  7.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.113175  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2113  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  49.07 
 
 
550 aa  117  7.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2808  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.54 
 
 
522 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24380  aerotaxis receptor Aer  48.72 
 
 
567 aa  117  7.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0650163  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4186  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.38 
 
 
526 aa  117  9e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4451  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  52.29 
 
 
531 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3362  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  46.09 
 
 
514 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.234118 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1984  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  47.41 
 
 
954 aa  117  9.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1378  putative PAS/PAC sensor protein  31.55 
 
 
200 aa  117  9.999999999999999e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1385  methyl-accepting chemotaxis protein  51.89 
 
 
520 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3813  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.95 
 
 
521 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.629648  normal  0.0156802 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2159  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  40 
 
 
523 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.416992  normal  0.881373 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2987  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  47.15 
 
 
522 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0583  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.45 
 
 
524 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.344402 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3447  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.45 
 
 
524 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1125  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.02 
 
 
532 aa  115  3e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>