More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4846 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4846  ribose-phosphate pyrophosphokinase  100 
 
 
317 aa  642    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3879  ribose-phosphate pyrophosphokinase  90.54 
 
 
317 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.409064  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4168  ribose-phosphate pyrophosphokinase  90.22 
 
 
317 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384244  normal  0.332215 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1409  ribose-phosphate pyrophosphokinase  88.01 
 
 
317 aa  568  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70704  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2501  ribose-phosphate pyrophosphokinase  85.17 
 
 
331 aa  552  1e-156  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.534013 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3091  ribose-phosphate pyrophosphokinase  85.17 
 
 
317 aa  552  1e-156  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1761  ribose-phosphate pyrophosphokinase  85.17 
 
 
317 aa  547  1e-155  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2553  ribose-phosphate pyrophosphokinase  81.39 
 
 
317 aa  518  1e-146  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.391347  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1709  ribose-phosphate pyrophosphokinase  78.9 
 
 
310 aa  498  1e-140  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.347929  normal  0.21366 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6074  ribose-phosphate pyrophosphokinase  77.74 
 
 
316 aa  489  1e-137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0344609 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6610  ribose-phosphate pyrophosphokinase  76.92 
 
 
314 aa  488  1e-137  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.881605  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1634  ribose-phosphate pyrophosphokinase  76.77 
 
 
310 aa  486  1e-136  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.692153  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2155  ribose-phosphate pyrophosphokinase  77.1 
 
 
310 aa  485  1e-136  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1533  ribose-phosphate pyrophosphokinase  75.81 
 
 
310 aa  480  1e-134  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.987838  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1482  ribose-phosphate pyrophosphokinase  75.48 
 
 
328 aa  479  1e-134  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.00949997  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2257  ribose-phosphate pyrophosphokinase  75.48 
 
 
310 aa  478  1e-134  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.441991  normal  0.889784 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2258  ribose-phosphate pyrophosphokinase  76.53 
 
 
311 aa  479  1e-134  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.284821  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1487  ribose-phosphate pyrophosphokinase  74.76 
 
 
314 aa  477  1e-133  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209861 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3026  ribose-phosphate pyrophosphokinase  74.52 
 
 
310 aa  476  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.695746  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2165  ribose-phosphate pyrophosphokinase  74.52 
 
 
310 aa  473  1e-132  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0174  ribose-phosphate pyrophosphokinase  74.52 
 
 
310 aa  473  1e-132  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2763  ribose-phosphate pyrophosphokinase  74.19 
 
 
310 aa  474  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0549676  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3177  ribose-phosphate pyrophosphokinase  73.55 
 
 
310 aa  472  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4185  ribose-phosphate pyrophosphokinase  74.52 
 
 
314 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.849276  normal  0.673311 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4332  ribose-phosphate pyrophosphokinase  74.52 
 
 
314 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0649453  normal  0.563505 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3875  ribose-phosphate pyrophosphokinase  73.89 
 
 
346 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.175586  normal  0.0190503 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0998  ribose-phosphate pyrophosphokinase  73.55 
 
 
310 aa  465  9.999999999999999e-131  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0838998  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0971  ribose-phosphate pyrophosphokinase  72.03 
 
 
311 aa  453  1.0000000000000001e-126  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2942  ribose-phosphate pyrophosphokinase  72.99 
 
 
311 aa  441  9.999999999999999e-123  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.851382 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2438  ribose-phosphate pyrophosphokinase  72.03 
 
 
311 aa  432  1e-120  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.167005  normal  0.972576 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0645  ribose-phosphate pyrophosphokinase  68.06 
 
 
310 aa  421  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0671  ribose-phosphate pyrophosphokinase  68.91 
 
 
312 aa  412  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0759  ribose-phosphate pyrophosphokinase  64.84 
 
 
310 aa  414  1e-114  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.462965 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1089  ribose-phosphate pyrophosphokinase  64.11 
 
 
326 aa  409  1e-113  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0239  ribose-phosphate pyrophosphokinase  64.84 
 
 
310 aa  401  1e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0976  ribose-phosphate pyrophosphokinase  61.51 
 
 
339 aa  386  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.508643  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2301  phosphoribosyl pyrophosphate synthetase  61.51 
 
 
339 aa  386  1e-106  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.320704  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2199  ribose-phosphate pyrophosphokinase  61.2 
 
 
339 aa  386  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2075  ribose-phosphate pyrophosphokinase  60.25 
 
 
340 aa  387  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344649  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3823  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.89 
 
 
339 aa  387  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2004  phosphoribosyl pyrophosphate synthetase  60.32 
 
 
312 aa  373  1e-102  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000613984  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1053  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.99 
 
 
342 aa  371  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2931  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.25 
 
 
340 aa  369  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.134005  normal  0.0220495 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2385  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.29 
 
 
315 aa  367  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.90823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2766  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.29 
 
 
315 aa  367  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244437  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2813  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.91 
 
 
320 aa  365  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223011  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2188  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.23 
 
 
320 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0141666  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2802  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.91 
 
 
320 aa  365  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0348969  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0315  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.36 
 
 
318 aa  364  1e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0515679  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2365  ribose-phosphate pyrophosphokinase  60.13 
 
 
316 aa  363  2e-99  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.870749  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4133  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.36 
 
 
318 aa  363  2e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.266741  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0513  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.04 
 
 
318 aa  362  3e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.127422  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2862  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.02 
 
 
320 aa  362  4e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000366656  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1524  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.82 
 
 
313 aa  362  7.0000000000000005e-99  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.152066  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1920  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.68 
 
 
321 aa  361  8e-99  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3120  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.41 
 
 
318 aa  361  9e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.205277  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0753  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.41 
 
 
318 aa  361  9e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6132  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.91 
 
 
320 aa  361  9e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000299156  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0585  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.41 
 
 
318 aa  361  9e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.882389  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1502  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.41 
 
 
318 aa  361  9e-99  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00100657  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0569  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.41 
 
 
318 aa  361  9e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00937686  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0088  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.41 
 
 
318 aa  361  9e-99  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2930  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.41 
 
 
318 aa  361  9e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.014212  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0514  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.59 
 
 
336 aa  360  1e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4345  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.41 
 
 
323 aa  360  1e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2720  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.69 
 
 
320 aa  361  1e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000418106  normal  0.234705 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1055  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.48 
 
 
310 aa  360  2e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.973686  normal  0.13758 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0395  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.03 
 
 
316 aa  359  3e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00089412  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0585  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.73 
 
 
318 aa  359  4e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.60749  hitchhiker  0.00709586 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3627  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.64 
 
 
316 aa  358  7e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3730  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.52 
 
 
316 aa  358  8e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.322716 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0250  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.03 
 
 
316 aa  358  9.999999999999999e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0277  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.03 
 
 
316 aa  358  9.999999999999999e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.918759  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0342  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.36 
 
 
317 aa  357  9.999999999999999e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.379543  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1660  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.82 
 
 
325 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0820  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.25 
 
 
315 aa  357  9.999999999999999e-98  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0240183  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0474  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.78 
 
 
318 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.393869  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2068  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.73 
 
 
315 aa  357  1.9999999999999998e-97  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0476582  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1625  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.74 
 
 
321 aa  356  2.9999999999999997e-97  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.765759  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0589  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.59 
 
 
316 aa  356  2.9999999999999997e-97  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0996  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.09 
 
 
315 aa  356  2.9999999999999997e-97  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0989  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.55 
 
 
318 aa  355  3.9999999999999996e-97  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.697734  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3604  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.19 
 
 
315 aa  355  5e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00259725  normal  0.154121 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0289  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.36 
 
 
317 aa  355  5.999999999999999e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2341  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.73 
 
 
315 aa  355  6.999999999999999e-97  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3682  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.27 
 
 
316 aa  355  6.999999999999999e-97  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000078681  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1357  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.73 
 
 
315 aa  355  7.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000430302  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1913  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.73 
 
 
315 aa  355  7.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.282698  normal  0.8749 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1919  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.73 
 
 
315 aa  355  7.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.167319  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1977  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.73 
 
 
315 aa  355  7.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.607656  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1541  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.73 
 
 
315 aa  355  7.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.049338  normal  0.157535 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1852  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.41 
 
 
315 aa  354  8.999999999999999e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.220471  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01182  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.41 
 
 
315 aa  353  1e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472694  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01192  hypothetical protein  56.41 
 
 
315 aa  353  1e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.332422  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1688  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.41 
 
 
315 aa  353  1e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000327484  normal  0.706483 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3229  ribose-phosphate diphosphokinase  58.25 
 
 
321 aa  354  1e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1312  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.41 
 
 
315 aa  353  1e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000147835  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1355  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.41 
 
 
315 aa  353  1e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000522341  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0185  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.48 
 
 
315 aa  353  1e-96  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.015709  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2419  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.41 
 
 
315 aa  353  1e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0172206  hitchhiker  0.00439854 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>