More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4803 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 
278 aa  555  1e-157  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  88.85 
 
 
283 aa  488  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  87.13 
 
 
280 aa  484  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  80.36 
 
 
285 aa  443  1e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  78.68 
 
 
279 aa  435  1e-121  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  78.68 
 
 
277 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  73.45 
 
 
280 aa  409  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  56.51 
 
 
284 aa  287  1e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  56.32 
 
 
280 aa  287  2e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  55.51 
 
 
282 aa  281  1e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  54.24 
 
 
285 aa  276  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  52.4 
 
 
285 aa  276  3e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  52.52 
 
 
289 aa  275  5e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  52.4 
 
 
286 aa  275  6e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  52.16 
 
 
284 aa  273  2.0000000000000002e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  51.09 
 
 
286 aa  264  1e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  51.45 
 
 
279 aa  263  2e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  51.27 
 
 
292 aa  262  4e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  56.58 
 
 
282 aa  249  3e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  54.15 
 
 
278 aa  246  2e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  55.27 
 
 
278 aa  246  3e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  54.18 
 
 
288 aa  245  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  51.43 
 
 
290 aa  238  5.999999999999999e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1254  shikimate 5-dehydrogenase  51.62 
 
 
278 aa  230  2e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  50.19 
 
 
278 aa  229  3e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  47.35 
 
 
276 aa  228  6e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  49.81 
 
 
279 aa  228  7e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  50.19 
 
 
279 aa  226  3e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  50.19 
 
 
279 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  46.1 
 
 
278 aa  221  9.999999999999999e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1035  shikimate 5-dehydrogenase  54.12 
 
 
287 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32318  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  42.65 
 
 
291 aa  217  1e-55  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  50.74 
 
 
282 aa  215  8e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  50.54 
 
 
283 aa  211  7e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  47.46 
 
 
292 aa  207  1e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 
276 aa  198  7e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  46.69 
 
 
274 aa  187  2e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  41.98 
 
 
289 aa  169  6e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  42.31 
 
 
301 aa  167  2e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  39.45 
 
 
284 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  37.81 
 
 
289 aa  157  1e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  38.97 
 
 
279 aa  156  3e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  34.78 
 
 
298 aa  153  2.9999999999999998e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  38.7 
 
 
298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  38.7 
 
 
298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  36.19 
 
 
279 aa  151  1e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  38.82 
 
 
280 aa  151  1e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  38.76 
 
 
286 aa  151  1e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  35.34 
 
 
275 aa  149  7e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  33.81 
 
 
280 aa  145  5e-34  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  35.9 
 
 
277 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  32.84 
 
 
273 aa  145  9e-34  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  36.23 
 
 
265 aa  143  4e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 
277 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  34.21 
 
 
277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  34.21 
 
 
277 aa  140  3e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  40.47 
 
 
271 aa  139  3e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  36.03 
 
 
276 aa  140  3e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  34.21 
 
 
277 aa  140  3e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  34.21 
 
 
277 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  34.21 
 
 
277 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  36.02 
 
 
289 aa  139  3.9999999999999997e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  34.07 
 
 
308 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  31.52 
 
 
273 aa  139  3.9999999999999997e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  34.59 
 
 
289 aa  139  3.9999999999999997e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  37.92 
 
 
290 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 
277 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 
288 aa  139  7e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  31.09 
 
 
277 aa  138  7.999999999999999e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  31.29 
 
 
278 aa  138  1e-31  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 
277 aa  137  2e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  35.87 
 
 
288 aa  136  3.0000000000000003e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0115  shikimate dehydrogenase  39.03 
 
 
290 aa  135  6.0000000000000005e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  39.69 
 
 
270 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0048  shikimate 5-dehydrogenase  37.73 
 
 
275 aa  133  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.282753  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  38.27 
 
 
315 aa  133  3e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  32.33 
 
 
269 aa  133  3.9999999999999996e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  39.04 
 
 
297 aa  132  5e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  32.37 
 
 
277 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  35.64 
 
 
283 aa  132  6.999999999999999e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  39.41 
 
 
286 aa  131  9e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5013  shikimate 5-dehydrogenase  38.1 
 
 
285 aa  131  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  38.28 
 
 
277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  32.96 
 
 
279 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  35.36 
 
 
280 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  30.68 
 
 
285 aa  130  2.0000000000000002e-29  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  29.56 
 
 
298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3856  shikimate 5-dehydrogenase  36.92 
 
 
281 aa  129  4.0000000000000003e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.824661  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  35 
 
 
289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1201  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  27.03 
 
 
261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0538  shikimate 5-dehydrogenase  35.38 
 
 
277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1171  shikimate 5-dehydrogenase  34.22 
 
 
290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  33.98 
 
 
288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  36.74 
 
 
290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  40.86 
 
 
271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  31.84 
 
 
280 aa  127  3e-28  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0026  shikimate 5-dehydrogenase  36.82 
 
 
274 aa  125  6e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0030  shikimate 5-dehydrogenase  34.88 
 
 
275 aa  125  8.000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1274  shikimate 5-dehydrogenase  33.84 
 
 
292 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  34.19 
 
 
298 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>