More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4712 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4712  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 		 412 aa  832    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.566577  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1358  Ion transport protein  81.75 
 
 		 419 aa  696    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1378  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  75 
 
 		 408 aa  627  1e-179  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4038  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  75.56 
 
 		 409 aa  611  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5447  voltage-dependent potassium channel  47.31 
 
 		 409 aa  346  4e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.532768  normal  0.0697598 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4567  cyclic nucleotide-binding protein  39.4 
 
 		 385 aa  264  2e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0724971  normal  0.278006 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4020  cyclic nucleotide-binding  40.43 
 
 		 367 aa  217  4e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.109231  normal  0.727114 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1325  VIC family potassium channel protein  35.74 
 
 		 325 aa  175  9.999999999999999e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.266187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5210  cyclic nucleotide-binding protein  39.04 
 
 		 355 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.465426  normal  0.688608 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1053  Ion transport protein  35.74 
 
 		 325 aa  174  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03944  putative potassium channel protein  31.23 
 
 		 311 aa  164  3e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2640  potassium channel protein  33.2 
 
 		 277 aa  164  4.0000000000000004e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1402  Ion transport protein  37.89 
 
 		 331 aa  163  4.0000000000000004e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0277452  hitchhiker  0.00237581 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0861  Ion transport protein  36.02 
 
 		 231 aa  150  5e-35  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2779  Ion transport protein  30.45 
 
 		 357 aa  149  8e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00211831 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0024  Ion transport protein  30.92 
 
 		 265 aa  148  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0306194  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21361  potassium channel, VIC family protein  35.75 
 
 		 212 aa  143  7e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.5958 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1898  Ion transport protein  32.03 
 
 		 308 aa  133  6e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000138161 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1005  Ion transport protein  31.69 
 
 		 267 aa  132  7.999999999999999e-30  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0167  Ion transport protein  32.55 
 
 		 273 aa  131  3e-29  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.177755  normal  0.634812 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1267  Ion transport protein  32.74 
 
 		 305 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.905498  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2444  Ion transport protein  31.5 
 
 		 271 aa  129  8.000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2388  Ion transport protein  29.22 
 
 		 302 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.971604 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2771  Ion transport protein  30.66 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.415569  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5285  Ion transport protein  31.6 
 
 		 310 aa  128  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0387  Ion transport protein  33.63 
 
 		 269 aa  126  6e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2209  Ion transport protein  34.22 
 
 		 289 aa  126  7e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.427173 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2286  Ion transport protein  33.78 
 
 		 289 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.630315  normal  0.644367 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3624  ion transport protein, putative  32.37 
 
 		 277 aa  125  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3382  Ion transport protein  32.37 
 
 		 277 aa  125  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0078085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2419  Ion transport protein  33.78 
 
 		 289 aa  124  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0408  cation channel family protein  31.44 
 
 		 269 aa  124  3e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2527  Ion transport protein  32.89 
 
 		 284 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2640  Ion transport protein  32.89 
 
 		 284 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.512871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2520  Ion transport protein  32.89 
 
 		 284 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1824  Ion transport protein  32.89 
 
 		 284 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0249663  normal  0.467552 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1854  putative ion transport protein  29.07 
 
 		 282 aa  123  5e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.807615  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2281  Ion transport protein  33.78 
 
 		 289 aa  123  5e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.87963  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3005  potassium channel protein  33.89 
 
 		 272 aa  123  6e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.318755  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2579  hypothetical protein  32.68 
 
 		 298 aa  123  6e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.932967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2112  ion transport protein  33.19 
 
 		 295 aa  123  6e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_351  cation channel protein  32.46 
 
 		 269 aa  122  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1342  Ion transport protein  31.17 
 
 		 269 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0543607  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1991  potassium channel protein  31.62 
 
 		 279 aa  120  3e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1821  ion transport protein  30.94 
 
 		 279 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0044  Ion transport 2 domain protein  29.67 
 
 		 316 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002929  possible potassium channel VIC family  30.34 
 
 		 287 aa  119  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000118679  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2780  Ion transport protein  32 
 
 		 284 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.715663  normal  0.450959 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0253  Ion transport protein  31.16 
 
 		 273 aa  118  1.9999999999999998e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.614768  normal  0.426198 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3225  Ion transport protein  32.16 
 
 		 258 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1557  Ion transport protein  31.7 
 
 		 277 aa  116  6e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03020  hypothetical protein  27.35 
 
 		 282 aa  116  6e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0939  VIC family potassium channel protein  30.95 
 
 		 276 aa  116  6.9999999999999995e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.650828  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0288  Ion transport protein  31.16 
 
 		 272 aa  116  8.999999999999998e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.503473 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2375  Ion transport protein  28.99 
 
 		 276 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1368  Kef-type K+ transporter NAD-binding component  32.64 
 
 		 264 aa  115  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0515  ion transport protein  29.69 
 
 		 280 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_10571  potassium channel, VIC family protein  33.19 
 
 		 259 aa  114  4.0000000000000004e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1478  Ion transport protein  30.56 
 
 		 276 aa  114  5e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.870774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3869  Ion transport protein  33.65 
 
 		 273 aa  113  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.519934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2766  Ion transport protein  29.11 
 
 		 279 aa  112  9e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0676384  normal  0.308489 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0091  Ion transport protein  27.42 
 
 		 299 aa  112  9e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3292  Ion transport protein  31.01 
 
 		 290 aa  112  9e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00471  hypothetical protein  32.23 
 
 		 265 aa  112  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3836  putative potassium channel  32.51 
 
 		 283 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.122783  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1166  Ion transport protein  29.41 
 
 		 294 aa  112  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3630  Ion transport protein  30 
 
 		 274 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.334747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45070  putative potassium channel  32.02 
 
 		 283 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4304  cation transporter, voltage-gated ion channel cation transporter  32.7 
 
 		 273 aa  111  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2791  Ion transport protein  33.76 
 
 		 306 aa  111  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1566  Ion transport protein  32.7 
 
 		 273 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0452104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2927  Ion transport protein  33.6 
 
 		 307 aa  111  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1725  Ion transport protein  28 
 
 		 292 aa  110  5e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0536813  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1590  Ion transport protein  29.91 
 
 		 276 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1491  Ion transport protein  27.86 
 
 		 275 aa  108  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG2036  ion transporter  29.39 
 
 		 303 aa  108  2e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    unclonable  0.000000000745091 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0600  Ion transport protein  29.41 
 
 		 228 aa  108  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.90662  normal  0.0268571 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1941  Ion transport protein  26.29 
 
 		 265 aa  108  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0124996 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02294  ion transporter  33.99 
 
 		 290 aa  107  3e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1014  Ion transport protein  30.28 
 
 		 276 aa  107  4e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000934363  hitchhiker  0.000116097 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3452  Ion transport protein  27.91 
 
 		 279 aa  105  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.81213  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0236  Ion transport 2 domain protein  30.33 
 
 		 256 aa  103  7e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.317103 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1404  Ion transport protein  28.57 
 
 		 278 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1932  Ion transport protein  28.57 
 
 		 278 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595369  normal  0.0211569 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1586  Ion transport protein  28.57 
 
 		 278 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.580145  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1875  Ion transport protein  28.16 
 
 		 278 aa  101  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.354062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1869  Ion transport protein  28.34 
 
 		 278 aa  101  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.275809  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2339  Ion transport protein  28.91 
 
 		 276 aa  100  4e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0040  Ion transport protein  32.13 
 
 		 272 aa  100  4e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0773  ion transporter  30.23 
 
 		 297 aa  100  5e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.888374  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1592  Ion transport protein  31.02 
 
 		 274 aa  100  5e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0101925  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2168  TrkA-N domain protein  27.78 
 
 		 531 aa  99.8  7e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1332  TrkA-N:Ion transport protein  24.63 
 
 		 517 aa  99  1e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.478947  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0685  Ion transport protein  29.84 
 
 		 297 aa  99  1e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.301571  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4283  Ion transport protein  30.61 
 
 		 285 aa  97.8  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0210487  normal  0.0226615 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09508  potassium channel protein  29.95 
 
 		 288 aa  97.1  6e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.993518  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0076  Ion transport protein  33.33 
 
 		 303 aa  96.7  8e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1690  Ion transport protein  33.33 
 
 		 302 aa  96.7  8e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4286  Ion transport protein  27.54 
 
 		 272 aa  95.5  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.361083  normal  0.259623 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0709  Ion transport protein  28.52 
 
 		 295 aa  95.1  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>