More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4590 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4590  ABC transporter related  100 
 
 
416 aa  840    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.10294  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15970  ABC transporter, ATP binding component  39.95 
 
 
447 aa  274  2.0000000000000002e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3643  ABC transporter related  38.58 
 
 
443 aa  264  2e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000162695  decreased coverage  0.0000834131 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2549  efflux ABC transporter, ATP-binding protein, putative  41.78 
 
 
415 aa  263  4.999999999999999e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.935109  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2398  ABC transporter related  38.94 
 
 
488 aa  261  2e-68  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.113996  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1075  O-antigen ABC transporter, ATP-binding protein, putative  36.16 
 
 
454 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.164394  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4136  ABC transporter related  37.08 
 
 
468 aa  252  7e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000582944 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0886  ABC transporter related  44.85 
 
 
493 aa  250  3e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4048  ABC transporter-like  38.13 
 
 
438 aa  249  4e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.192199  normal  0.366163 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3925  ABC transporter related  34.96 
 
 
449 aa  247  3e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.466767 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3694  ABC transporter related  38.27 
 
 
429 aa  246  6.999999999999999e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3813  ABC transporter related  37.24 
 
 
711 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.396147  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4089  ABC transporter related  45.52 
 
 
870 aa  245  9.999999999999999e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.591422  normal  0.870036 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3976  ABC polysaccharide/polyol phosphate export pump, ATPase subunit  48 
 
 
435 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.421912 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1228  ABC transporter, ATPase subunit  46.61 
 
 
416 aa  241  1e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4318  ABC transporter related  35.88 
 
 
456 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.976448 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1244  ATPase  36.56 
 
 
432 aa  240  2.9999999999999997e-62  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000485389  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2409  ABC transporter related protein  45.75 
 
 
415 aa  238  1e-61  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1362  ABC transporter related  43.8 
 
 
472 aa  238  1e-61  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0452028  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6240  ABC subunit of A-band LPS efflux transporter  38.52 
 
 
421 aa  237  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71940  ABC subunit of A-band LPS efflux transporter  38.52 
 
 
421 aa  237  3e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3798  ABC O-antigen/lipopolysaccharide exporter, ATPase subunit  34.89 
 
 
448 aa  236  6e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0918  ABC transporter  34.32 
 
 
405 aa  236  8e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.441705  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0767  ABC transporter related  35.25 
 
 
406 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.281524  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2313  ABC transporter related  40.56 
 
 
450 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0239499 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4465  ABC transporter related  51.4 
 
 
649 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0545  ABC transporter related  38.06 
 
 
816 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.4863 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0955  ABC transporter-related protein  46.37 
 
 
594 aa  233  3e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0028  ABC transporter related  33.66 
 
 
472 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2702  ABC transporter related  35.35 
 
 
427 aa  233  6e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0066609 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3032  ABC transporter related  36.62 
 
 
478 aa  230  3e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3460  ABC transporter ATP-binding protein  32 
 
 
440 aa  229  6e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.100585  normal  0.102308 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0564  ABC transporter related  36.84 
 
 
406 aa  229  8e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0264  ABC transporter, ATP-binding protein  44.49 
 
 
390 aa  228  1e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1505  ABC transporter, ATP-binding protein  34.81 
 
 
422 aa  228  2e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334414  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0255  teichoic acid translocation ATP-binding protein  44.49 
 
 
390 aa  228  2e-58  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2372  ABC transporter related protein  38.37 
 
 
411 aa  227  3e-58  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041258 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5685  ABC transporter-like  36.89 
 
 
416 aa  227  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0795174  normal  0.634912 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0651  ABC polysaccharide efflux pump, ATPase subunit  36.32 
 
 
472 aa  227  3e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.601465  normal  0.274396 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1731  ABC transporter-related protein  35.5 
 
 
410 aa  226  5.0000000000000005e-58  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0371  putative ABC-2 type transport system ATP-binding protein  33.51 
 
 
410 aa  225  9e-58  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0319  ABC transporter related  32.44 
 
 
455 aa  225  9e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.746089  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2515  ABC transporter related  37.03 
 
 
424 aa  225  1e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.780644 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1647  ABC transporter related  36.56 
 
 
422 aa  224  2e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0673  ABC transporter related  35.01 
 
 
412 aa  223  4.9999999999999996e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00619068  hitchhiker  0.000755206 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0717  ABC transporter related  31.84 
 
 
464 aa  222  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3117  ABC transporter related  33.95 
 
 
436 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4003  ABC transporter related  31.64 
 
 
457 aa  219  5e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.584674  normal  0.718876 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1779  lipopolysaccharide ABC export system, ATP-binding protein  34.17 
 
 
405 aa  219  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0028065 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2802  ABC transporter related protein  35.9 
 
 
439 aa  217  2.9999999999999998e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03166  ABC transporter, ATP binding protein  46.12 
 
 
437 aa  217  4e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4145  ABC transporter-related protein  35.49 
 
 
429 aa  216  7e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000179677 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2200  ABC transporter related  43.6 
 
 
498 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.206971  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0494  ABC transporter  36.22 
 
 
394 aa  214  2.9999999999999995e-54  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.491328  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0053  ABC transporter related  41.74 
 
 
244 aa  213  3.9999999999999995e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0267  ABC transporter, ATP-binding protein  44.17 
 
 
393 aa  213  3.9999999999999995e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0258  teichoic acid ABC transporter, ATP-binding protein  44.17 
 
 
393 aa  213  3.9999999999999995e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.591721  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2170  putative ABC transporter  32.41 
 
 
431 aa  213  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3355  ABC transporter related  34.85 
 
 
429 aa  213  5.999999999999999e-54  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4204  ABC transporter related  35.31 
 
 
424 aa  212  7.999999999999999e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.257703 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4203  ABC transporter related  36.12 
 
 
429 aa  212  1e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4245  ABC transporter related  36.52 
 
 
425 aa  212  1e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1760  ABC transporter related  43.8 
 
 
415 aa  210  3e-53  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.959569 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0421  ABC transporter related  35.36 
 
 
424 aa  210  5e-53  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1387  ABC transporter related  34.47 
 
 
402 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.928113  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2174  ABC transporter related  39.84 
 
 
420 aa  208  1e-52  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.108509  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4620  ABC transporter related  36.29 
 
 
411 aa  207  2e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.065306 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4904  ABC transporter-like protein protein  41.37 
 
 
418 aa  208  2e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3964  ABC transporter related  33.33 
 
 
416 aa  207  4e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3133  ABC transporter related  46.15 
 
 
423 aa  207  4e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1033  ABC transporter related  43.5 
 
 
427 aa  206  6e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0939  ABC transporter related  43.08 
 
 
254 aa  206  7e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00388911 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2107  ABC transporter related  37.25 
 
 
437 aa  206  8e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1314  ABC transporter related  43.4 
 
 
424 aa  205  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.471926  normal  0.0317706 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0858  ABC transporter related  35.54 
 
 
407 aa  204  2e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.166623  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3546  ABC transporter related  40.82 
 
 
247 aa  204  2e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0851  ATPase  42.19 
 
 
433 aa  204  3e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1474  polysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  30.66 
 
 
469 aa  204  3e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.509315  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3088  ABC transporter related  40.64 
 
 
428 aa  204  3e-51  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.204093  normal  0.388179 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3159  polysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  30.9 
 
 
469 aa  203  4e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1725  ABC transporter related  37.02 
 
 
420 aa  203  5e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.047923 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1406  ABC transporter related  42.79 
 
 
254 aa  203  5e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.383526  normal  0.305676 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4940  ABC transporter related  35.23 
 
 
429 aa  202  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.18828  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1985  polysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  30.42 
 
 
465 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0805636  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1847  putative lipopolysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  30.42 
 
 
465 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0556444  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2758  polysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  30.42 
 
 
465 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00103163  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0928  putative lipopolysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  30.42 
 
 
471 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3136  putative lipopolysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  30.66 
 
 
465 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.28076  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3099  putative lipopolysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  30.42 
 
 
465 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.56935  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0451  ABC transporter related  39.26 
 
 
422 aa  200  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3354  ABC transporter related  39.33 
 
 
411 aa  200  3e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3246  ABC transporter related  41.35 
 
 
435 aa  201  3e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.224686  normal  0.539755 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1550  ABC transporter related  40.43 
 
 
242 aa  200  3.9999999999999996e-50  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0594  ABC transporter related  43.15 
 
 
260 aa  200  5e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0407  ABC transporter related  34.22 
 
 
439 aa  199  6e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.565594 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0848  polysaccharide ABC transporter, ATPase component  39.6 
 
 
418 aa  199  7e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.105464  normal  0.234564 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0816  ABC transporter related  39.92 
 
 
254 aa  199  7.999999999999999e-50  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.067607  normal  0.131733 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2770  ABC transporter related  42.98 
 
 
418 aa  198  1.0000000000000001e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.906203 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1675  ABC transporter related  42.55 
 
 
420 aa  199  1.0000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2759  ABC transporter related  32.98 
 
 
428 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.237153  hitchhiker  0.00117132 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>