79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4563 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4563  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  100 
 
 		 281 aa  555  1e-157  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20438  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1576  uroporphyrinogen III synthase HEM4  72.92 
 
 		 281 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.650234 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5710  putative uroporphyrinogen-III synthase  69.31 
 
 		 277 aa  392  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4165  uroporphyrinogen III synthase HEM4  69.53 
 
 		 280 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0672  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  48.5 
 
 		 284 aa  225  8e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00947107 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2963  uroporphyrinogen III synthase HEM4  44.66 
 
 		 269 aa  206  2e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1109  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  42.64 
 
 		 284 aa  199  5e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1707  uroporphyrinogen III synthase HEM4  40.96 
 
 		 281 aa  190  2.9999999999999997e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.752477 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2335  uroporphyrinogen III synthase HEM4  31.42 
 
 		 271 aa  108  8.000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0501  Uroporphyrinogen-III synthase  30.5 
 
 		 276 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000190734  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1526  uroporphyrinogen-III synthase  25.82 
 
 		 266 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000060174  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1377  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.64 
 
 		 378 aa  78.6  0.0000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.855752  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6178  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  28.51 
 
 		 391 aa  78.2  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.677803  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2288  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  28.95 
 
 		 291 aa  78.2  0.0000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.130767  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1256  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  27.69 
 
 		 387 aa  78.2  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2199  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  27.99 
 
 		 372 aa  77.8  0.0000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.116124  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5922  Uroporphyrinogen-III synthase-like protein  29.72 
 
 		 389 aa  76.3  0.0000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0915623  normal  0.0919141 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2640  uroporphyrinogen-III synthase  28.41 
 
 		 264 aa  76.3  0.0000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3374  uroporphyrin-III C-methyltransferase  27.78 
 
 		 509 aa  75.1  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3062  uroporphyrin-III C-methyltransferase  27.72 
 
 		 512 aa  74.7  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00105684  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2837  uroporphyrinogen-III synthase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  28.1 
 
 		 503 aa  73.2  0.000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.452302  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2207  uroporphyrin-III C-methyltransferase  28.1 
 
 		 507 aa  72.8  0.000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.00880064  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1258  uroporphyrin-III C-methyltransferase  29.41 
 
 		 508 aa  72.4  0.000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323904  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3286  uroporphyrinogen III synthase/methyltransferase  27.04 
 
 		 515 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2767  uroporphyrin-III C-methyltransferase  28.73 
 
 		 503 aa  70.1  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00840  uroporphyrinogen-III synthase  27.88 
 
 		 377 aa  67.4  0.0000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0880377  normal  0.206146 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1325  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  29.84 
 
 		 387 aa  67.8  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.112832  normal  0.21583 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1303  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  26.54 
 
 		 387 aa  66.6  0.0000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000592794 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2449  uroporphyrin-III C-methyltransferase  26.32 
 
 		 502 aa  65.9  0.0000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.448467  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10264  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  27.56 
 
 		 381 aa  64.7  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.122536 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0253  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  28.74 
 
 		 382 aa  64.7  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.518626 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0793  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  28.11 
 
 		 383 aa  64.3  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.649128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0252  uroporphyrin-III C-methyltransferase  29.08 
 
 		 511 aa  64.3  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3043  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  31.01 
 
 		 376 aa  64.3  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.178966  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3505  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  27.67 
 
 		 377 aa  63.5  0.000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0781681  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2236  uroporphyrin-III C-methyltransferase  28.4 
 
 		 503 aa  63.5  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2410  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  27.49 
 
 		 390 aa  62.8  0.000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000187789  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0263  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  28.35 
 
 		 382 aa  61.6  0.00000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.169391  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0273  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  28.35 
 
 		 382 aa  61.6  0.00000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.92823  normal  0.27348 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1458  uroporphyrinogen III synthase HEM4  26.59 
 
 		 269 aa  62  0.00000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1792  uroporphyrinogen-III synthase  24.7 
 
 		 263 aa  61.2  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.156972  normal  0.974342 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2720  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  26.64 
 
 		 368 aa  61.2  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.210642 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0409  uroporphyrin-III C-methyltransferase  24.44 
 
 		 510 aa  59.7  0.00000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3062  uroporphyrinogen-III methylase  30.25 
 
 		 513 aa  59.3  0.00000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3235  uroporphyrinogen-III synthase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  25 
 
 		 513 aa  59.3  0.00000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0761379  normal  0.140873 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0319  uroporphyrin-III C-methyltransferase  24.61 
 
 		 497 aa  58.5  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0409  uroporphyrin-III C-methyltransferase  24.81 
 
 		 511 aa  58.5  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0358  uroporphyrin-III C-methyltransferase  25.9 
 
 		 510 aa  58.9  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1494  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  29.18 
 
 		 383 aa  58.5  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.074261 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1775  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  26.33 
 
 		 369 aa  58.2  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.488954  normal  0.025641 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4262  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  27.3 
 
 		 362 aa  57.4  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00233788 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3549  uroporphyrinogen III synthase HEM4  26.98 
 
 		 266 aa  57  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0840  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  26.03 
 
 		 381 aa  57  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  unclonable  0.0000000157223  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0301  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  28.19 
 
 		 380 aa  56.6  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11620  uroporphyrin-III C-methyltransferase  28.79 
 
 		 546 aa  56.6  0.0000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0354  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  28.8 
 
 		 372 aa  56.2  0.0000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1813  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  26.8 
 
 		 394 aa  56.2  0.0000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0320621  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0896  uroporphyrin-III C-methyltransferase  26.37 
 
 		 506 aa  55.1  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0380  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  28.52 
 
 		 380 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848915 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2178  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  25.9 
 
 		 391 aa  53.5  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000567169  hitchhiker  0.00000562153 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3201  uroporphyrin-III C-methyltransferase  26.74 
 
 		 519 aa  53.5  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2796  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  25.5 
 
 		 381 aa  52.8  0.000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0507836  decreased coverage  0.000543328 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2282  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  27 
 
 		 419 aa  52.8  0.000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000232035  hitchhiker  0.00399846 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1106  uroporphyrinogen-III synthase  23.61 
 
 		 266 aa  52.8  0.000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000478387  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4844  uroporphyrin-III C-methyltransferase  27.27 
 
 		 520 aa  52.8  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.839269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2562  uroporphyrinogen-III synthase  26.76 
 
 		 272 aa  52.8  0.000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.267194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3871  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  27.06 
 
 		 362 aa  52.4  0.000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.323432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0493  uroporphyrinogen III synthase HEM4  22.66 
 
 		 267 aa  51.6  0.00001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1248  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / uroporphyrinogen-III synthase  25.48 
 
 		 520 aa  48.9  0.00008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.472521 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2393  uroporphyrinogen III synthase HEM4  24.07 
 
 		 277 aa  48.1  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1214  uroporphyrinogen III synthase HEM4  24.28 
 
 		 281 aa  45.8  0.0008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1028  uroporphyrin-III C-methyltransferase  23.58 
 
 		 505 aa  45.8  0.0009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1346  uroporphyrin-III C-methyltransferase  26.47 
 
 		 511 aa  45.4  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.694338  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1751  uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.38 
 
 		 260 aa  44.7  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.452444 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12360  uroporphyrin-III C-methyltransferase  26.38 
 
 		 579 aa  44.7  0.002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1125  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase, uroporphyrinogen-III synthase  22.43 
 
 		 516 aa  44.7  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.325525 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1057  uroporphyrin-III C-methyltransferase  22.76 
 
 		 505 aa  43.5  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00681167 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2897  Uroporphyrinogen-III synthase  24.8 
 
 		 262 aa  42.4  0.008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.116607  normal  0.0810585 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3299  uroporphyrinogen-III synthase  24.8 
 
 		 262 aa  42.4  0.008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.466839  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>