More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4562 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4562  formyltetrahydrofolate deformylase  100 
 
 
287 aa  595  1e-169  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1583  formyltetrahydrofolate deformylase  90.94 
 
 
287 aa  556  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1577  formyltetrahydrofolate deformylase  89.9 
 
 
287 aa  548  1e-155  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.621505 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4164  formyltetrahydrofolate deformylase  75.96 
 
 
287 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.500211  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5709  formyltetrahydrofolate deformylase  77.7 
 
 
287 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.506805  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2382  formyltetrahydrofolate deformylase  76.31 
 
 
285 aa  457  1e-127  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1883  formyltetrahydrofolate deformylase  64.26 
 
 
291 aa  396  1e-109  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0189555 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4704  formyltetrahydrofolate deformylase  61.89 
 
 
289 aa  392  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.452468  normal  0.348836 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1145  formyltetrahydrofolate deformylase  60.28 
 
 
287 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.857181  normal  0.75307 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1153  formyltetrahydrofolate deformylase  57.84 
 
 
284 aa  363  2e-99  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.677496  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0941  formyltetrahydrofolate deformylase  63.12 
 
 
283 aa  362  4e-99  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.417344  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1157  formyltetrahydrofolate deformylase  61.92 
 
 
284 aa  360  2e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.604603  normal  0.183465 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5699  formyltetrahydrofolate deformylase  60.63 
 
 
287 aa  358  4e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1943  formyltetrahydrofolate deformylase  59.72 
 
 
286 aa  354  7.999999999999999e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.00000066655 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2862  formyltetrahydrofolate deformylase  58.42 
 
 
284 aa  346  2e-94  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.413616  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2764  formyltetrahydrofolate deformylase  57.86 
 
 
283 aa  339  4e-92  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.999032  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0336  formyltetrahydrofolate deformylase  55.12 
 
 
287 aa  317  2e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0606  formyltetrahydrofolate deformylase  54.74 
 
 
289 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00930988 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4112  formyltetrahydrofolate deformylase  53.68 
 
 
289 aa  308  5e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1873  formyltetrahydrofolate deformylase  53.82 
 
 
288 aa  303  2.0000000000000002e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00824927  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6004  formyltetrahydrofolate deformylase  51.22 
 
 
293 aa  303  3.0000000000000004e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.91162  normal  0.0315018 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4206  formyltetrahydrofolate deformylase  51.75 
 
 
294 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0297  formyltetrahydrofolate deformylase  55.12 
 
 
282 aa  302  5.000000000000001e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.338729  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2074  formyltetrahydrofolate deformylase  53.47 
 
 
288 aa  301  8.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437396  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6579  formyltetrahydrofolate deformylase  51.75 
 
 
294 aa  301  8.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.4957  normal  0.0500835 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1110  formyltetrahydrofolate deformylase  51.06 
 
 
303 aa  300  2e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.344472  normal  0.241232 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2971  formyltetrahydrofolate deformylase  53.55 
 
 
294 aa  300  2e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.266607 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0534  formyltetrahydrofolate deformylase  53.45 
 
 
294 aa  300  2e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232127  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4033  formyltetrahydrofolate deformylase  53.55 
 
 
287 aa  300  2e-80  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.971472  hitchhiker  0.00329385 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2792  formyltetrahydrofolate deformylase  52.76 
 
 
294 aa  299  3e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.329734 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6111  formyltetrahydrofolate deformylase  53.1 
 
 
294 aa  300  3e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.481987  normal  0.42403 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1752  formyltetrahydrofolate deformylase  53.47 
 
 
288 aa  299  3e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4496  formyltetrahydrofolate deformylase  51.05 
 
 
294 aa  299  4e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2699  formyltetrahydrofolate deformylase  53.1 
 
 
294 aa  298  5e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.622702  normal  0.252245 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2841  formyltetrahydrofolate deformylase  53.1 
 
 
294 aa  298  5e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5200  formyltetrahydrofolate deformylase  53.38 
 
 
281 aa  298  5e-80  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.569737 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0174  formyltetrahydrofolate deformylase  51.42 
 
 
287 aa  298  9e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2544  formyltetrahydrofolate deformylase  53.02 
 
 
282 aa  297  1e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.553017  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2167  formyltetrahydrofolate deformylase  52.41 
 
 
294 aa  297  1e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2781  formyltetrahydrofolate deformylase  52.41 
 
 
294 aa  297  1e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.184484  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2603  formyltetrahydrofolate deformylase  52.8 
 
 
294 aa  297  2e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.426643  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0496  formyltetrahydrofolate deformylase  54.33 
 
 
293 aa  297  2e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.275042  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2236  formyltetrahydrofolate deformylase  52.3 
 
 
288 aa  297  2e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.0525619 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3457  formyltetrahydrofolate deformylase  53.47 
 
 
284 aa  297  2e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0944  formyltetrahydrofolate deformylase  52.8 
 
 
294 aa  296  3e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5642  formyltetrahydrofolate deformylase  51.23 
 
 
294 aa  296  3e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.60464  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0419  formyltetrahydrofolate deformylase  53.19 
 
 
282 aa  296  3e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0700542  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3470  formyltetrahydrofolate deformylase  52.28 
 
 
288 aa  295  4e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1188  formyltetrahydrofolate deformylase  52.5 
 
 
286 aa  295  8e-79  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000131662 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0556  formyltetrahydrofolate deformylase  52.86 
 
 
297 aa  294  9e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0428  formyltetrahydrofolate deformylase  52.84 
 
 
282 aa  295  9e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4789  formyltetrahydrofolate deformylase  54.64 
 
 
285 aa  294  1e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.284642  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1837  formyltetrahydrofolate deformylase  52.28 
 
 
290 aa  293  2e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.457824  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0127  formyltetrahydrofolate deformylase  53.02 
 
 
282 aa  293  2e-78  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.236113  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2226  formyltetrahydrofolate deformylase  52.26 
 
 
288 aa  293  3e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0326176  normal  0.659595 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3853  formyltetrahydrofolate deformylase  53.17 
 
 
287 aa  292  4e-78  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.565594  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1591  formyltetrahydrofolate deformylase  52.67 
 
 
284 aa  292  4e-78  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0154  formyltetrahydrofolate deformylase  51.97 
 
 
283 aa  292  4e-78  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00603763  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1081  formyltetrahydrofolate deformylase  54.64 
 
 
307 aa  292  5e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0648  formyltetrahydrofolate deformylase  53.57 
 
 
282 aa  292  5e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.101006  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2073  formyltetrahydrofolate deformylase  50 
 
 
288 aa  292  5e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0345334  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0213  formyltetrahydrofolate deformylase  53.41 
 
 
283 aa  291  6e-78  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.543031 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1693  formyltetrahydrofolate deformylase  51.94 
 
 
290 aa  291  6e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3621  formyltetrahydrofolate deformylase  50.36 
 
 
284 aa  291  7e-78  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.155921  normal  0.0233728 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6011  formyltetrahydrofolate deformylase  50.35 
 
 
294 aa  290  2e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1866  formyltetrahydrofolate deformylase  51.39 
 
 
286 aa  290  3e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7341  formyltetrahydrofolate deformylase  51.94 
 
 
284 aa  289  3e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0997377  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1951  formyltetrahydrofolate deformylase  51.39 
 
 
286 aa  290  3e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2012  formyltetrahydrofolate deformylase  51.76 
 
 
299 aa  289  3e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.436066  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0591  formyltetrahydrofolate deformylase  53.29 
 
 
293 aa  289  4e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.232311  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0777  formyltetrahydrofolate deformylase  53.29 
 
 
293 aa  289  4e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0706  formyltetrahydrofolate deformylase  53.9 
 
 
282 aa  289  4e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0607  formyltetrahydrofolate deformylase  53.29 
 
 
293 aa  289  4e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0438  formyltetrahydrofolate deformylase  53 
 
 
282 aa  288  5.0000000000000004e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275251  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2211  formyltetrahydrofolate deformylase  50.35 
 
 
288 aa  288  8e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.308703  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2613  formyltetrahydrofolate deformylase  49.13 
 
 
294 aa  288  9e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.705504  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4904  formyltetrahydrofolate deformylase  49.13 
 
 
294 aa  288  9e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0852  formyltetrahydrofolate deformylase  50.17 
 
 
294 aa  287  1e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631909  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0909  formyltetrahydrofolate deformylase  50.17 
 
 
294 aa  287  1e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2454  formyltetrahydrofolate deformylase  52.3 
 
 
288 aa  287  1e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.160682  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5913  formyltetrahydrofolate deformylase  50.53 
 
 
296 aa  287  1e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.779943  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1458  formyltetrahydrofolate deformylase  49.65 
 
 
294 aa  287  1e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0609  formyltetrahydrofolate deformylase  51.79 
 
 
282 aa  287  1e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3097  formyltetrahydrofolate deformylase  52.94 
 
 
293 aa  286  2e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2830  formyltetrahydrofolate deformylase  48.96 
 
 
294 aa  286  2e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.694192  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2952  formyltetrahydrofolate deformylase  52.94 
 
 
293 aa  286  2e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.855251  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3590  formyltetrahydrofolate deformylase  50.53 
 
 
298 aa  286  2e-76  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1524  formyltetrahydrofolate deformylase  52.94 
 
 
293 aa  286  2e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0066  formyltetrahydrofolate deformylase  52.94 
 
 
293 aa  286  2e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0189  formyltetrahydrofolate deformylase  52.31 
 
 
284 aa  286  2e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00979575 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1100  formyltetrahydrofolate deformylase  51.42 
 
 
283 aa  286  4e-76  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.862849  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1522  formyltetrahydrofolate deformylase  51.6 
 
 
287 aa  286  4e-76  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2111  formyltetrahydrofolate deformylase  52.98 
 
 
301 aa  285  7e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229424  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1303  formyltetrahydrofolate deformylase  51.9 
 
 
295 aa  285  7e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.154885 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2106  formyltetrahydrofolate deformylase  52.25 
 
 
288 aa  285  8e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.815168  normal  0.379054 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1020  formyltetrahydrofolate deformylase  49.65 
 
 
284 aa  284  9e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3620  formyltetrahydrofolate deformylase  48.94 
 
 
292 aa  284  1.0000000000000001e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2543  formyltetrahydrofolate deformylase  49.82 
 
 
300 aa  284  1.0000000000000001e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1192  formyltetrahydrofolate deformylase  51.06 
 
 
283 aa  283  2.0000000000000002e-75  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2434  formyltetrahydrofolate deformylase  49.64 
 
 
296 aa  282  4.0000000000000003e-75  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>