More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4551 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4551  inner-membrane translocator  100 
 
 
314 aa  609  1e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0678  inner-membrane translocator  83.12 
 
 
314 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.297461  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4795  inner-membrane translocator  56.55 
 
 
319 aa  341  9e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.341671  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0891  inner-membrane translocator  62.5 
 
 
320 aa  327  2.0000000000000001e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0366  inner-membrane translocator  51.21 
 
 
310 aa  299  4e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000392686  unclonable  0.0000000558621 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1517  inner-membrane translocator  50.7 
 
 
309 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  43.43 
 
 
321 aa  228  8e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  41.95 
 
 
337 aa  223  3e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  45.79 
 
 
328 aa  218  1e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  43.16 
 
 
319 aa  212  5.999999999999999e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  40.53 
 
 
317 aa  209  5e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  42.68 
 
 
326 aa  208  9e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  42.21 
 
 
321 aa  203  3e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  40.62 
 
 
327 aa  201  9.999999999999999e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0835  inner-membrane translocator  37.54 
 
 
335 aa  196  3e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0400978  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1482  inner-membrane translocator  43.62 
 
 
360 aa  196  3e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.93 
 
 
325 aa  188  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  37.34 
 
 
332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2187  inner-membrane translocator  42.61 
 
 
320 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3103  inner-membrane translocator  39.69 
 
 
354 aa  177  2e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  37.25 
 
 
407 aa  176  5e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  36.18 
 
 
328 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0384  ABC transporter related  35.91 
 
 
614 aa  173  3.9999999999999995e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2040  inner-membrane translocator  40.7 
 
 
320 aa  172  5e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000437253 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.43 
 
 
418 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.55 
 
 
418 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.26 
 
 
418 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.26 
 
 
418 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.03 
 
 
423 aa  169  8e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4062  ABC transporter related  37.16 
 
 
606 aa  167  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  39.18 
 
 
358 aa  166  4e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  39.85 
 
 
349 aa  166  5e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4743  inner-membrane translocator  35.09 
 
 
433 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127702  hitchhiker  0.000000177935 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4865  inner-membrane translocator  35.53 
 
 
435 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.307682  hitchhiker  0.00000605126 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  33.89 
 
 
407 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  37.59 
 
 
355 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.92 
 
 
418 aa  164  2.0000000000000002e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  35.63 
 
 
415 aa  163  3e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4057  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.82 
 
 
424 aa  163  3e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3870  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.27 
 
 
425 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3972  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.93 
 
 
428 aa  162  7e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.640531  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.93 
 
 
428 aa  162  7e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0554  inner-membrane translocator  34.82 
 
 
433 aa  162  7e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0237898  normal  0.469815 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3831  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.82 
 
 
425 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0100  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.93 
 
 
424 aa  162  1e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3764  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.82 
 
 
425 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3368  ABC transporter related  35.67 
 
 
593 aa  161  1e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3847  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.65 
 
 
421 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0194014  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1424  inner-membrane translocator  36.36 
 
 
381 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132982  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2738  inner-membrane translocator  34.29 
 
 
360 aa  160  2e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3859  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.82 
 
 
425 aa  160  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.107872 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0670  inner-membrane translocator  36.34 
 
 
335 aa  160  2e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3753  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.52 
 
 
425 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  35.84 
 
 
300 aa  160  3e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3874  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.52 
 
 
425 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.212137  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3933  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.52 
 
 
425 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2363  inner-membrane translocator  37.13 
 
 
325 aa  159  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0322104  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3769  ABC transporter related  35.67 
 
 
593 aa  160  4e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4657  inner-membrane translocator  34.47 
 
 
433 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.123215  decreased coverage  0.00142103 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.77 
 
 
418 aa  159  5e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4921  inner-membrane translocator  34.59 
 
 
433 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0573712  decreased coverage  0.000000000000182248 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4305  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.39 
 
 
417 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0774  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.27 
 
 
427 aa  159  6e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0259  inner-membrane translocator  33.78 
 
 
425 aa  159  7e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4917  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein BraE  33.33 
 
 
437 aa  159  7e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.875772  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  38.1 
 
 
330 aa  159  7e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03305  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  33.44 
 
 
425 aa  157  1e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03258  hypothetical protein  33.44 
 
 
425 aa  157  1e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4110  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.25 
 
 
421 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.015431  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0106  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.11 
 
 
424 aa  157  1e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2140  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.69 
 
 
423 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0895739  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3866  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.44 
 
 
425 aa  157  1e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4773  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.44 
 
 
425 aa  157  1e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3738  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.44 
 
 
425 aa  158  1e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3206  inner-membrane translocator  33 
 
 
318 aa  158  1e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5270  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.2 
 
 
423 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3350  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.2 
 
 
423 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0864  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.69 
 
 
427 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0137433  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5017  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.2 
 
 
423 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3935  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.44 
 
 
425 aa  157  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0260  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.44 
 
 
425 aa  157  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0653  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.69 
 
 
423 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3654  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.44 
 
 
425 aa  157  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4945  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.2 
 
 
423 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.487918  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4430  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.2 
 
 
423 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.460917  hitchhiker  0.00013336 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.72 
 
 
339 aa  157  3e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0599  inner-membrane translocator  33.33 
 
 
437 aa  156  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.512727  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64880  putative permease of ABC branched-chain amino acid transporter  35.46 
 
 
425 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5636  branched chain amino acid ABC transporter permease  35.46 
 
 
425 aa  156  4e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  36.12 
 
 
350 aa  156  5.0000000000000005e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1872  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.35 
 
 
427 aa  156  5.0000000000000005e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.917704  normal  0.0232173 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50540  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.03 
 
 
417 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0377625 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  35.74 
 
 
350 aa  154  1e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0230  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.44 
 
 
427 aa  155  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.733178 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  35.74 
 
 
350 aa  155  1e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3625  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.58 
 
 
423 aa  155  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1259  inner-membrane translocator  35.39 
 
 
357 aa  154  2e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.44 
 
 
412 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3708  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  37.07 
 
 
646 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.400523  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2111  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.22 
 
 
298 aa  154  2e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>