More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4518 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  100 
 
 		 345 aa  702    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  76.05 
 
 		 350 aa  497  1e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  46.52 
 
 		 548 aa  177  4e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.86 
 
 		 550 aa  167  2e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.66 
 
 		 578 aa  162  6e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  33.55 
 
 		 1037 aa  160  2e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 321 aa  160  4e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.26 
 
 		 797 aa  159  6e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.7 
 
 		 531 aa  159  6e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 312 aa  158  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 317 aa  157  3e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  34.19 
 
 		 451 aa  156  4e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.66 
 
 		 512 aa  156  5.0000000000000005e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  47.22 
 
 		 565 aa  155  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  47.09 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.51 
 
 		 444 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  44.55 
 
 		 1000 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  36.11 
 
 		 649 aa  153  2.9999999999999998e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  41.07 
 
 		 364 aa  153  4e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 301 aa  152  5.9999999999999996e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  45.11 
 
 		 307 aa  152  7e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  50.6 
 
 		 792 aa  152  8e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4216  diguanylate cyclase  50 
 
 		 717 aa  151  2e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.84 
 
 		 407 aa  150  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 317 aa  150  3e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 317 aa  150  3e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  45.08 
 
 		 397 aa  150  4e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.25 
 
 		 769 aa  149  6e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.24 
 
 		 334 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  46.95 
 
 		 381 aa  149  8e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.02 
 
 		 419 aa  149  9e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  44.92 
 
 		 457 aa  149  9e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 322 aa  149  9e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.33 
 
 		 730 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 316 aa  147  3e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  41.94 
 
 		 319 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 314 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.9 
 
 		 334 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 320 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  44.81 
 
 		 243 aa  146  5e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  47.65 
 
 		 335 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  44.26 
 
 		 457 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  48.75 
 
 		 387 aa  146  5e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  44.39 
 
 		 457 aa  146  5e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.24 
 
 		 710 aa  146  6e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  38.97 
 
 		 459 aa  145  7.0000000000000006e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.89 
 
 		 698 aa  145  8.000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  44.26 
 
 		 457 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  47.53 
 
 		 680 aa  145  9e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 320 aa  145  9e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  40.64 
 
 		 316 aa  145  9e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  44.79 
 
 		 466 aa  145  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  48.24 
 
 		 334 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.44 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  47.65 
 
 		 334 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0219  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 303 aa  145  1e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  45.12 
 
 		 1774 aa  145  1e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.75 
 
 		 1078 aa  145  1e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  45.2 
 
 		 295 aa  145  1e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  44.26 
 
 		 492 aa  145  1e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3373  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 505 aa  144  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  42.62 
 
 		 457 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  39.88 
 
 		 722 aa  144  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.28 
 
 		 710 aa  144  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  46.95 
 
 		 413 aa  144  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 312 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 620 aa  144  2e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  47.83 
 
 		 574 aa  144  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  43.23 
 
 		 328 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  49.12 
 
 		 522 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  45.45 
 
 		 634 aa  143  3e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 569 aa  144  3e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  46.32 
 
 		 516 aa  144  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 635 aa  144  3e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.65 
 
 		 334 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 336 aa  144  3e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.56 
 
 		 827 aa  143  4e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.07 
 
 		 438 aa  143  4e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 648 aa  143  4e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 612 aa  143  5e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 308 aa  143  5e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 328 aa  143  5e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 328 aa  143  5e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 328 aa  143  5e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 308 aa  143  5e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 360 aa  143  5e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  40.86 
 
 		 319 aa  143  5e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.78 
 
 		 306 aa  143  5e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  38.14 
 
 		 334 aa  142  6e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.86 
 
 		 505 aa  142  6e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  44.64 
 
 		 412 aa  142  7e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  45.29 
 
 		 457 aa  142  7e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.88 
 
 		 367 aa  142  7e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  46.67 
 
 		 464 aa  142  9e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  44.75 
 
 		 559 aa  142  9e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  41.15 
 
 		 324 aa  142  9e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 227 aa  142  9e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  49.1 
 
 		 502 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  32.54 
 
 		 354 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>