More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4361 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4361  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  100 
 
 		 399 aa  807    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.989023  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3731  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  83.63 
 
 		 398 aa  650    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.804508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1738  RNA methyltransferase TrmH, group 1  82.12 
 
 		 397 aa  637    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1577  RNA methyltransferase TrmH, group 1  76.94 
 
 		 410 aa  634  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.68355  normal  0.0119734 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1295  RNA methyltransferase TrmH, group 1  75.97 
 
 		 403 aa  566  1e-160  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1624  RNA methyltransferase TrmH, group 1  73.99 
 
 		 410 aa  559  1e-158  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5426  putative tRNA/rRNA methyltransferase  71.97 
 
 		 399 aa  538  9.999999999999999e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.138819 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4570  RNA methyltransferase  52.34 
 
 		 298 aa  256  5e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0223529  normal  0.0756262 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2581  RNA methyltransferase  52.59 
 
 		 262 aa  249  5e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0271019  normal  0.93463 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1268  RNA methyltransferase  51.79 
 
 		 262 aa  242  9e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.681367  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2161  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  46.77 
 
 		 276 aa  240  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0486585  normal  0.265451 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1950  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  46.77 
 
 		 276 aa  240  4e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.168874  normal  0.372622 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.78 
 
 		 271 aa  238  2e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.277848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4813  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  51.9 
 
 		 248 aa  236  4e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.695937  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1915  tRNA/rRNA methyltransferase  45.56 
 
 		 286 aa  234  2.0000000000000002e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0394  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.61 
 
 		 281 aa  232  8.000000000000001e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2632  RNA methyltransferase  50.41 
 
 		 250 aa  232  1e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.192345 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5766  RNA methyltransferase  51.05 
 
 		 261 aa  229  4e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1517  RNA methyltransferase  46.43 
 
 		 276 aa  228  1e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.9954 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0788  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.97 
 
 		 248 aa  222  7e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0987211  normal  0.0803398 
 
 
-
 
NC_004310  BR1196  RNA methyltransferase  45.38 
 
 		 276 aa  217  2.9999999999999998e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3341  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  48.56 
 
 		 245 aa  216  4e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1158  RNA methyltransferase  45.38 
 
 		 291 aa  217  4e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.357934  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3810  hypothetical protein  50 
 
 		 243 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0410022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1403  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.88 
 
 		 257 aa  214  2.9999999999999995e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3522  RNA methyltransferase  50 
 
 		 243 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0833085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3829  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50 
 
 		 243 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.542381  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1995  RNA methyltransferase  44.58 
 
 		 281 aa  212  7e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.720646  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0696  RNA methyltransferase TrmH, group 1  45.06 
 
 		 279 aa  211  3e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3468  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  46.61 
 
 		 245 aa  210  4e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.19102  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3144  RNA methyltransferase  46.61 
 
 		 245 aa  210  5e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.317738  normal  0.930486 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0828  RNA methyltransferase  43.95 
 
 		 275 aa  206  8e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151565  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0420  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.87 
 
 		 258 aa  203  3e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.674451  normal  0.0345812 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1336  RNA methyltransferase TrmH, group 1  44.49 
 
 		 249 aa  203  4e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2433  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.86 
 
 		 258 aa  202  7e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.127939  normal  0.10084 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1513  putative tRNA/rRNA methyltransferase  46.12 
 
 		 255 aa  199  5e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.217497  normal  0.686219 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1133  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.8 
 
 		 253 aa  198  2.0000000000000003e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3522  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.51 
 
 		 266 aa  191  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.391338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2243  tRNA/rRNA methyltransferase  45.49 
 
 		 251 aa  191  2e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.425244  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3698  RNA methyltransferase  44.3 
 
 		 246 aa  189  8e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.274562  normal  0.859655 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1012  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.44 
 
 		 249 aa  174  1.9999999999999998e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1736  RNA methyltransferase  38.3 
 
 		 241 aa  130  6e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000887935  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2610  RNA methyltransferase  36.96 
 
 		 247 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2187  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.57 
 
 		 271 aa  129  7.000000000000001e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3514  RNA methyltransferase  34.85 
 
 		 262 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1635  tRNA/rRNA methyltransferase  37.34 
 
 		 263 aa  127  3e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1816  RNA methyltransferase  37.87 
 
 		 241 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00001341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2283  RNA methyltransferase  37.45 
 
 		 241 aa  126  6e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000130955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1773  RNA methyltransferase  38.59 
 
 		 254 aa  125  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.12594  hitchhiker  0.00165952 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0827  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.98 
 
 		 245 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.293121 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2261  RNA methyltransferase  37.45 
 
 		 241 aa  124  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1234  RNA methyltransferase TrmH, group 1  33.73 
 
 		 254 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.600347  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2753  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.41 
 
 		 244 aa  125  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0620173  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4339  RNA methyltransferase  34.48 
 
 		 251 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160755 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2152  RNA methyltransferase  36.36 
 
 		 241 aa  124  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0159142  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1578  RNA methyltransferase  36.48 
 
 		 263 aa  124  3e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373161  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1258  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.98 
 
 		 245 aa  124  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00338281  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2746  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  37.66 
 
 		 256 aa  123  4e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.504131  normal  0.782476 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0839  RNA methyltransferase  34.05 
 
 		 251 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.742035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0869  RNA methyltransferase  34.05 
 
 		 279 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.164985  normal  0.267349 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2389  RNA methyltransferase  36.64 
 
 		 242 aa  123  6e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000450659  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2505  RNA methyltransferase  36.64 
 
 		 242 aa  123  6e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000223047  normal  0.027536 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1420  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.33 
 
 		 257 aa  123  6e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1958  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  36.64 
 
 		 242 aa  123  6e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000144903  hitchhiker  0.00948062 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.02 
 
 		 256 aa  123  6e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000875813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2874  RNA methyltransferase  37.9 
 
 		 254 aa  123  6e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.718962  hitchhiker  0.0000000232974 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2400  RNA methyltransferase  36.64 
 
 		 242 aa  123  6e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000262197  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0882  RNA methyltransferase  34.05 
 
 		 251 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00955273 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1646  RNA methyltransferase TrmH, group 1  33.19 
 
 		 247 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.15 
 
 		 246 aa  122  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00198375  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2427  RNA methyltransferase  35.34 
 
 		 240 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1711  hypothetical protein  33.19 
 
 		 257 aa  121  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1711  hypothetical protein  33.19 
 
 		 257 aa  121  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0463  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.29 
 
 		 256 aa  120  3e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.74203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  31.78 
 
 		 264 aa  120  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00452302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1235  RNA methyltransferase  32.23 
 
 		 241 aa  120  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.207917  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1369  RNA methyltransferase TrmH, group 1  36.36 
 
 		 248 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000282911  hitchhiker  0.0000077591 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1242  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  32.91 
 
 		 241 aa  119  9e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.626014  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40430  RNA methyltransferase TrmH, group 1  33.2 
 
 		 258 aa  119  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.573027  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1290  RNA methyltransferase  35.93 
 
 		 240 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0442169  normal  0.0143019 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2786  RNA methyltransferase  34.02 
 
 		 243 aa  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000395932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0279  tRNA/rRNA methyltransferase  32.37 
 
 		 246 aa  118  9.999999999999999e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0974  RNA methyltransferase  32.62 
 
 		 253 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2745  RNA methyltransferase  34.3 
 
 		 243 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00735302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2700  RNA methyltransferase  34.3 
 
 		 243 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000906061  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2807  RNA methyltransferase  34.3 
 
 		 243 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0201876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2920  RNA methyltransferase  34.3 
 
 		 243 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0175386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2076  RNA methyltransferase  33.33 
 
 		 260 aa  117  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.780076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0645  RNA methyltransferase  33.87 
 
 		 251 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0451004  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01352  putative tRNA/rRNA methyltransferase (trmH family) protein  32.9 
 
 		 261 aa  117  3.9999999999999997e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0228097  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3033  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.61 
 
 		 241 aa  116  6e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0996868  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2320  RNA methyltransferase  34.91 
 
 		 252 aa  116  6e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000515226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1571  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.77 
 
 		 258 aa  116  6e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1274  RNA methyltransferase  32.94 
 
 		 257 aa  116  6.9999999999999995e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000271019  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1119  RNA methyltransferase  32.34 
 
 		 287 aa  116  7.999999999999999e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1166  RNA methyltransferase  32.94 
 
 		 257 aa  116  7.999999999999999e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000032697  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1279  RNA methyltransferase  34.33 
 
 		 240 aa  116  7.999999999999999e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0437  RNA methyltransferase  32.94 
 
 		 257 aa  116  7.999999999999999e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.293753  hitchhiker  0.0000675678 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2030  RNA methyltransferase  34.63 
 
 		 245 aa  115  8.999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.433712  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2685  RNA methyltransferase  33.88 
 
 		 246 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0309108  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>