More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4256 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2267  Fe-S oxidoreductase  87.53 
 
 		 389 aa  701    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.249542 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1728  radical SAM family protein  88.4 
 
 		 388 aa  704    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.791785  normal  0.0366359 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4256  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  100 
 
 		 386 aa  807    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.59824  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1725  radical SAM family protein  87.31 
 
 		 383 aa  719    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0670141 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2971  hypothetical protein  88.33 
 
 		 382 aa  713    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0553904  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3571  radical SAM family protein  88.6 
 
 		 386 aa  729    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.22168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2680  radical SAM family protein  88.08 
 
 		 389 aa  706    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4719  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  63.4 
 
 		 386 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5307  radical SAM family protein  63.14 
 
 		 386 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.201529  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4877  radical SAM domain-containing protein  63.14 
 
 		 386 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.481897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5553  radical SAM domain-containing protein  63.14 
 
 		 386 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.702436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3252  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  62.89 
 
 		 386 aa  536  1e-151  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.309315 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5424  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  62.89 
 
 		 386 aa  533  1e-150  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0105  radical SAM oxidoreductase  64.32 
 
 		 386 aa  529  1e-149  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4131  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  65.93 
 
 		 381 aa  529  1e-149  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1268  radical SAM domain-containing protein  63.78 
 
 		 386 aa  525  1e-148  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1963  radical SAM domain-containing protein  63.78 
 
 		 386 aa  525  1e-148  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4899  radical SAM family protein  61.92 
 
 		 386 aa  527  1e-148  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.152748  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3055  radical SAM domain-containing protein  63.78 
 
 		 386 aa  525  1e-148  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.615551  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0981  radical SAM domain-containing protein  63.78 
 
 		 386 aa  525  1e-148  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.820842  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2930  radical SAM domain-containing protein  63.78 
 
 		 386 aa  525  1e-148  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2243  radical SAM domain-containing protein  63.78 
 
 		 386 aa  525  1e-148  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7035  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  64.23 
 
 		 384 aa  523  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000165617 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0017  MoaA/NifB/PqqE family protein  63.96 
 
 		 384 aa  521  1e-146  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4168  putative hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein  61.96 
 
 		 388 aa  517  1.0000000000000001e-145  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.159717  normal  0.0664961 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2244  radical SAM domain-containing protein  65.63 
 
 		 371 aa  514  1e-144  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1287  radical SAM domain-containing protein  65.07 
 
 		 371 aa  510  1e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3245  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  60.59 
 
 		 382 aa  502  1e-141  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.207112 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0060  radical SAM family protein  63.01 
 
 		 387 aa  502  1e-141  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0850532  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1831  radical SAM domain-containing protein  60.37 
 
 		 383 aa  496  1e-139  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7158  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  62.31 
 
 		 384 aa  496  1e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6342  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  61.28 
 
 		 384 aa  491  9.999999999999999e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00364932 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1288  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  63.22 
 
 		 392 aa  490  1e-137  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0969  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  60 
 
 		 387 aa  488  1e-137  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3658  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  59.49 
 
 		 387 aa  487  1e-136  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.100669 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3460  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  59.74 
 
 		 387 aa  487  1e-136  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.258623  normal  0.56 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3768  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  59.74 
 
 		 387 aa  487  1e-136  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2560  radical SAM family protein  64.53 
 
 		 369 aa  481  1e-134  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0538253  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3158  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  56.95 
 
 		 382 aa  479  1e-134  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1745  oxidoreductase  62.64 
 
 		 372 aa  474  1e-132  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0815  MoaA/NifB/PqqE family protein  61.05 
 
 		 371 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1774  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  60.39 
 
 		 367 aa  448  1e-125  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2115  radical SAM domain protein  60.39 
 
 		 367 aa  448  1e-125  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3249  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  61.11 
 
 		 338 aa  432  1e-120  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.792504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2847  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  61.11 
 
 		 338 aa  432  1e-120  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0826  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  61.45 
 
 		 337 aa  426  1e-118  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.256838 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20630  MoaA, NifB, PqqE, radical SAM superfamily protein  56.77 
 
 		 377 aa  423  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3457  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  62.54 
 
 		 339 aa  414  1e-114  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.483459 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0220  radical SAM family protein  59.88 
 
 		 340 aa  410  1e-113  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.4632 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3361  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  57.59 
 
 		 402 aa  402  1e-111  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.941975  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1219  radical SAM family protein  60.06 
 
 		 338 aa  400  9.999999999999999e-111  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1015  radical SAM family Fe-S protein  53.76 
 
 		 366 aa  399  9.999999999999999e-111  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0391907  normal  0.466336 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1699  radical SAM domain-containing protein  57.19 
 
 		 334 aa  401  9.999999999999999e-111  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.440195  hitchhiker  0.000169379 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2079  MoaA/NifB/PqqE family Fe-S oxidoreductase  53.75 
 
 		 336 aa  395  1e-109  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0827  radical SAM family protein  54.33 
 
 		 334 aa  388  1e-107  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.731351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4083  radical SAM domain-containing protein  55.59 
 
 		 336 aa  384  1e-105  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.179922 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6662  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  52.25 
 
 		 334 aa  380  1e-104  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.549457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2595  radical SAM family protein  54.18 
 
 		 332 aa  375  1e-103  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.90136  normal  0.0805169 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5711  radical SAM domain-containing protein  54.98 
 
 		 335 aa  372  1e-102  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.848752 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6192  radical SAM domain-containing protein  51.7 
 
 		 332 aa  367  1e-100  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0225613 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23060  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  51.64 
 
 		 334 aa  361  1e-98  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.1711 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2446  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  47.2 
 
 		 336 aa  305  1.0000000000000001e-81  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0865  radical SAM domain-containing protein  42.09 
 
 		 331 aa  286  2.9999999999999996e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0685  radical SAM domain-containing protein  43.22 
 
 		 332 aa  281  2e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.460157  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1192  radical SAM domain-containing protein  41.95 
 
 		 332 aa  280  4e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2823  radical SAM family protein  42.59 
 
 		 332 aa  277  3e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0411588 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2236  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  42.41 
 
 		 333 aa  276  3e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1017  radical SAM domain-containing protein  41.03 
 
 		 332 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0882  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  41.34 
 
 		 332 aa  273  4.0000000000000004e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000626988 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3363  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  41.03 
 
 		 332 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3273  radical SAM domain-containing protein  58.46 
 
 		 157 aa  160  3e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.347908  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0919  radical SAM domain-containing protein  28.38 
 
 		 338 aa  99  1e-19  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0122  Radical SAM domain protein  28.25 
 
 		 344 aa  91.7  2e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  28.23 
 
 		 387 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  27.75 
 
 		 387 aa  73.9  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  24.49 
 
 		 410 aa  73.6  0.000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  23.97 
 
 		 379 aa  73.2  0.000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1760  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  24.19 
 
 		 323 aa  73.2  0.000000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.7115  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0228  Methyltransferase type 11  30.18 
 
 		 1002 aa  72.8  0.000000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2045  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  23.72 
 
 		 323 aa  72.4  0.00000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.990495  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13126  molybdenum cofactor biosynthesis protein A moaA1  29.55 
 
 		 359 aa  72.4  0.00000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0851136 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0672  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26.87 
 
 		 332 aa  70.9  0.00000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2609  Radical SAM domain protein  25.4 
 
 		 402 aa  70.5  0.00000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342022  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4636  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26.26 
 
 		 335 aa  69.7  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.886465  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4537  Radical SAM domain protein  30.27 
 
 		 391 aa  69.3  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 		 418 aa  69.3  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0323  Radical SAM domain protein  28.66 
 
 		 265 aa  67.8  0.0000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3864  Radical SAM domain protein  28 
 
 		 319 aa  68.2  0.0000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0170641  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1728  hypothetical protein  30.11 
 
 		 491 aa  67.4  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5017  radical SAM family protein  25.83 
 
 		 387 aa  67.4  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  31.06 
 
 		 380 aa  66.6  0.0000000007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  27.89 
 
 		 404 aa  65.5  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  23.28 
 
 		 406 aa  64.3  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  23.28 
 
 		 406 aa  64.3  0.000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3389  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  27.98 
 
 		 345 aa  64.3  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0259  Radical SAM domain protein  26.07 
 
 		 1005 aa  64.7  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.285156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0734  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  27.44 
 
 		 333 aa  63.9  0.000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3065  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  27.75 
 
 		 330 aa  63.9  0.000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.468435 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  26.46 
 
 		 565 aa  63.5  0.000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  29.25 
 
 		 394 aa  63.2  0.000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>