More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4218 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4218  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 208 aa  404  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.566415  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0850  TetR family transcriptional regulator  56 
 
 		 209 aa  195  4.0000000000000005e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0204358 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3501  TetR family transcriptional regulator  55 
 
 		 209 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.191946  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4865  TetR family transcriptional regulator  55 
 
 		 209 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5420  TetR family transcriptional regulator  56.54 
 
 		 202 aa  188  4e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.66162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2011  transcriptional regulator, TetR family  50.75 
 
 		 213 aa  188  5e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.27798 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1677  transcriptional regulator, TetR family  54.12 
 
 		 203 aa  177  1e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.786941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2011  transcriptional regulator, TetR family  54.12 
 
 		 203 aa  177  1e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.542781  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4307  TetR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 214 aa  157  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.188393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4876  transcriptional regulator, TetR family  48.46 
 
 		 209 aa  104  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.217727  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0820  putative transcription regulator protein  45.11 
 
 		 225 aa  92.8  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0300  TetR family transcriptional regulator  53.66 
 
 		 214 aa  88.6  6e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  0.297799 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3937  transcriptional regulatory protein  49.11 
 
 		 210 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6209  transcriptional regulator, TetR family  45.61 
 
 		 208 aa  84.3  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1079  TetR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 215 aa  84  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4466  transcriptional regulator, TetR family  44.72 
 
 		 204 aa  84  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.575375  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46290  TetR family transcriptional regulator  50.49 
 
 		 210 aa  81.3  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0128988  normal  0.0344421 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3465  TetR family transcriptional regulator  48.19 
 
 		 217 aa  79.3  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1844  TetR family transcriptional regulator  42.4 
 
 		 242 aa  78.2  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000808903 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0153  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 205 aa  77.8  0.00000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10564  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2525  transcriptional regulator, TetR family  48.57 
 
 		 214 aa  77.8  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1942  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 253 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.338038  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3882  transcriptional regulator, TetR family  45.28 
 
 		 210 aa  77  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1845  TetR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 237 aa  76.6  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0961  TetR family transcriptional regulator  45.63 
 
 		 218 aa  75.9  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4856  TetR family transcriptional regulator  48.11 
 
 		 219 aa  75.9  0.0000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.633474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0498  TetR family transcriptional regulator  46.75 
 
 		 208 aa  75.5  0.0000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0525706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1359  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 218 aa  74.3  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3134  TetR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 220 aa  73.9  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.471149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3182  TetR family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 216 aa  73.2  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.86361 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0794  TetR family transcriptional regulator  52.44 
 
 		 205 aa  72.4  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0795  TetR family transcriptional regulator  60.71 
 
 		 219 aa  72.4  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1825  TetR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 198 aa  72.8  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1961  TetR family transcriptional regulator  62.07 
 
 		 213 aa  71.6  0.000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.310052  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1526  TetR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 208 aa  70.9  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0534186  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00530  transcriptional regulator  43.42 
 
 		 212 aa  70.9  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0239  TetR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 229 aa  70.9  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4689  TetR family transcriptional regulator  46.84 
 
 		 243 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3508  regulatory protein, TetR  47.5 
 
 		 200 aa  70.1  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0988004  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1939  TetR family transcriptional regulator  47.89 
 
 		 257 aa  70.1  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0235  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 225 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1272  transcriptional regulator, TetR family  36.97 
 
 		 176 aa  69.7  0.00000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.388296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0815  transcriptional regulator, TetR family  36.29 
 
 		 207 aa  69.3  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0955  TetR family transcriptional regulator  51.39 
 
 		 218 aa  68.9  0.00000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2408  transcriptional regulator, TetR family  37.65 
 
 		 239 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.616889  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0521  putative transcriptional regulator, TetR family  47.06 
 
 		 215 aa  68.6  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0543  TetR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 203 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.889127 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0914  transcriptional regulatory protein  43.4 
 
 		 210 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.626019  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1734  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 207 aa  67.4  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0246488  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0032  transcriptional regulator, TetR family  45.59 
 
 		 210 aa  67  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0133  transcriptional regulator, TetR family  30.06 
 
 		 218 aa  67.4  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.440249 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2647  TetR family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 74 aa  67  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1996  regulatory protein TetR  43.62 
 
 		 215 aa  66.2  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1892  TetR family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 192 aa  65.9  0.0000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000800916  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4758  TetR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 210 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.939945 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1314  transcriptional regulator, TetR family  38.82 
 
 		 201 aa  65.5  0.0000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.2142  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 218 aa  65.5  0.0000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.467706 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3393  TetR family transcriptional regulator  53.45 
 
 		 263 aa  65.1  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158575  normal  0.446109 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7032  transcriptional regulator TetR family  38.67 
 
 		 215 aa  65.1  0.0000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0973  TetR family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 199 aa  64.7  0.0000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.342069 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5303  TetR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 210 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.444335 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2751  putative transcriptional regulator, TetR family  39.25 
 
 		 229 aa  64.3  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0359606 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7950  putative transcriptional regulator, TetR family  44.12 
 
 		 218 aa  64.7  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4852  TetR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 225 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1093  TetR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 217 aa  63.9  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0694796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2548  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 236 aa  63.9  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00000000944763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4820  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 203 aa  63.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.353068 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0143  transcriptional regulator  44.44 
 
 		 264 aa  63.2  0.000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5773  transcriptional regulator TetR family  41.18 
 
 		 208 aa  62.8  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0137  transcriptional regulator, TetR family  27.83 
 
 		 217 aa  63.2  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0604  TetR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 205 aa  62.8  0.000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229279 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0255  transcriptional regulator, TetR family  37.23 
 
 		 243 aa  62.4  0.000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.540416  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3151  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 202 aa  62.8  0.000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0432  transcriptional regulator, TetR family  37.23 
 
 		 214 aa  62.4  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0796504  hitchhiker  0.00000000967411 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3252  TetR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 200 aa  62.4  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2968  TetR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 209 aa  62  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.305044  normal  0.85525 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1637  transcriptional regulator, TetR family  47.06 
 
 		 227 aa  62.4  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0178246  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5445  TetR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 225 aa  62  0.000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5417  TetR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 225 aa  62  0.000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.618934  decreased coverage  0.00324744 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2342  regulatory protein, TetR  45.16 
 
 		 216 aa  62  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.391158 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2672  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 208 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0167  TetR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 213 aa  60.8  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5134  TetR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 198 aa  61.2  0.00000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5515  TetR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 195 aa  61.2  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.674737 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5223  TetR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 195 aa  61.2  0.00000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3943  transcriptional regulator, TetR family  32.06 
 
 		 218 aa  60.1  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.938406  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0966  transcriptional regulator, TetR family  30.49 
 
 		 218 aa  60.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00645846  normal  0.836206 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0871  TetR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 202 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1348  transcriptional regulator, TetR family  43.04 
 
 		 218 aa  60.1  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.593778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4406  TetR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 223 aa  60.1  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.732992  normal  0.0232179 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0736  TetR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 194 aa  59.3  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0116381  n/a   
 
 
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NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  36.89 
 
 		 217 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
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NC_007908  Rfer_2067  TetR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 216 aa  58.5  0.00000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 241 aa  58.5  0.00000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
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NC_007509  Bcep18194_C6881  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 224 aa  58.2  0.00000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0734971  normal  1 
 
 
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NC_009674  Bcer98_3666  TetR family transcriptional regulator  22.71 
 
 		 194 aa  57.4  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011658  BCAH187_A1007  transcriptional regulator, TetR family  23.92 
 
 		 194 aa  56.2  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.587433  n/a   
 
 
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NC_011884  Cyan7425_1901  transcriptional regulator, TetR family  34.75 
 
 		 245 aa  55.8  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0306246  normal  1 
 
 
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NC_008060  Bcen_1551  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 221 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013595  Sros_2597  putative transcriptional regulator, TetR family  35.96 
 
 		 195 aa  56.2  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.607466 
 
 
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