More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4203 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0388  type II secretion system protein E  88.55 
 
 
489 aa  866  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7034  putative secretory protein kinase, cpaF-like gene  95.48 
 
 
433 aa  828  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.473497 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5122  type II secretion system protein E  72.52 
 
 
477 aa  720  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0451051 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2706  type II secretion system protein E  83.57 
 
 
482 aa  749  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.542458  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4191  type II secretion system protein E  74.28 
 
 
491 aa  726  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0422  type II secretion system protein E  72.54 
 
 
508 aa  715  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1781  type II secretion system protein E  92.94 
 
 
467 aa  831  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.615567  normal  0.227871 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3523  type II secretion system protein E  94.17 
 
 
482 aa  832  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.779224  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2830  type II secretion system protein E  84.74 
 
 
482 aa  763  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3793  type II secretion system protein E  75.37 
 
 
485 aa  726  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0214  component of type IV pilus  74.49 
 
 
492 aa  719  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4479  type II secretion system protein E  74.28 
 
 
491 aa  728  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4000  type II secretion system protein E  70.78 
 
 
500 aa  705  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.737782  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0604  type II secretion system protein E  72.81 
 
 
476 aa  704  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3355  type II secretion system protein E  74.39 
 
 
488 aa  730  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4190  type II secretion system protein E  74.37 
 
 
504 aa  689  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3794  type II secretion system protein E  76.81 
 
 
480 aa  757  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0875515  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2483  type II secretion system protein E  83.8 
 
 
482 aa  751  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.930862 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0236  type II secretion system protein E  73.44 
 
 
482 aa  723  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.505122  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2381  type II secretion system protein E  81.51 
 
 
483 aa  756  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.587547  normal  0.373771 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2411  type II secretion system protein E  81.92 
 
 
485 aa  749  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4203  type II secretion system protein E  100 
 
 
484 aa  980  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0834137  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0298  type II secretion system protein E  88.55 
 
 
488 aa  844  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3716  type II secretion system protein E  88.45 
 
 
490 aa  849  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.058843  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0726  type II secretion system protein E  71.22 
 
 
492 aa  716  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.50497  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3210  type II secretion system protein E  53.92 
 
 
463 aa  461  1e-129  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.532215 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3490  type II secretion system protein E  49.37 
 
 
478 aa  460  1e-128  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.057514 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1316  type II secretion system protein  52.81 
 
 
455 aa  455  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1918  type II secretion system protein E  52.35 
 
 
442 aa  456  1e-127  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.250738  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3091  type II/IV secretion system protein  52.81 
 
 
455 aa  455  1e-126  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2274  type II secretion system protein  52.57 
 
 
455 aa  453  1e-126  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2738  type II secretion system protein E  52.49 
 
 
624 aa  453  1e-126  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2966  type II/IV secretion system protein  52.81 
 
 
455 aa  454  1e-126  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.265625  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0795  type II secretion system protein  50.11 
 
 
472 aa  447  1e-124  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2647  type II secretion system protein E  51.57 
 
 
459 aa  448  1e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1274  type II secretion system protein E  51.62 
 
 
463 aa  445  1e-124  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0588  type II secretion system protein E  51.6 
 
 
454 aa  442  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.106283  normal  0.228191 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7195  Flp pilus assembly protein ATPase CpaF  50.58 
 
 
455 aa  442  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.141277  normal  0.285879 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1856  type II secretion system protein E  50.98 
 
 
521 aa  444  1e-123  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.808966  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2366  putative pilus assembly protein  51.31 
 
 
441 aa  442  1e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.108206  normal  0.102588 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2555  type II secretion system protein E  50.59 
 
 
464 aa  443  1e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.174933  normal  0.12963 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0641  type II secretion system protein E  50.73 
 
 
456 aa  439  1e-122  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.677023  normal  0.303221 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1677  CpaF  50.24 
 
 
520 aa  441  1e-122  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.521474  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1752  Flp pilus assembly ATPase CpaF  50.24 
 
 
451 aa  439  1e-122  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0828  CpaF  50.24 
 
 
520 aa  441  1e-122  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.13968  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1888  type IV pilus assembly protein  50.24 
 
 
523 aa  441  1e-122  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.414931  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1876  type IV pilus assembly protein  50 
 
 
523 aa  439  1e-122  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.483104  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2044  component of type IV pilus  50.24 
 
 
521 aa  441  1e-122  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.101478  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0333  CpaF  50.24 
 
 
520 aa  441  1e-122  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0947071  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6298  type II secretion system protein E  49.53 
 
 
455 aa  437  1e-121  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6002  type II secretion system protein E  49.53 
 
 
455 aa  438  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.661496  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1522  type II secretion system protein E  49.67 
 
 
467 aa  437  1e-121  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1161  type II secretion system protein E  47.41 
 
 
469 aa  438  1e-121  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0799  type II secretion system protein E  53.73 
 
 
452 aa  435  1e-121  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2456  component of type IV pilus  50 
 
 
515 aa  437  1e-121  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.080834  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2700  type II secretion system protein E  54.3 
 
 
437 aa  434  1e-120  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5492  type II secretion system protein E  50.35 
 
 
454 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0157969  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2018  type II secretion system protein E  51.61 
 
 
445 aa  432  1e-120  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2290  type II secretion system protein E  52.01 
 
 
498 aa  434  1e-120  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6778  type II secretion system protein E  50.35 
 
 
454 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.367997  normal  0.399772 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1682  type II secretion system protein E  52.75 
 
 
465 aa  434  1e-120  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  8.47512e-06 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4617  type II secretion system protein E  52.09 
 
 
460 aa  435  1e-120  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.511137 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6366  type II secretion system protein E  50.35 
 
 
454 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.595615  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0655  type II secretion system protein  51.72 
 
 
479 aa  430  1e-119  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.181528 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0804  type II secretion system protein E  49.32 
 
 
473 aa  429  1e-119  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0652  secretion ATPase protein  50.24 
 
 
453 aa  431  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.199713 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5324  type II secretion system protein E  50.86 
 
 
462 aa  427  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0350722  decreased coverage  0.000466022 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0545  type II secretion system protein E  50.24 
 
 
454 aa  426  1e-118  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.732692 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2054  type II secretion system protein E  47.83 
 
 
474 aa  426  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00068555  normal  0.102531 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0372  type II/IV secretion system protein, ATP binding domain  49.29 
 
 
428 aa  427  1e-118  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00402347  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2363  type II/IV secretion system protein  48.58 
 
 
560 aa  426  1e-118  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.158902  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3009  type II secretion system protein E  52.93 
 
 
445 aa  427  1e-118  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1041  type II secretion system protein E  56.7 
 
 
444 aa  424  1e-117  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.437209  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2019  type II secretion system protein E  50.24 
 
 
442 aa  423  1e-117  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.547771  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2825  type II secretion system protein E  50.82 
 
 
450 aa  422  1e-117  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3206  type II secretion system protein E  51.19 
 
 
437 aa  423  1e-117  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.235983 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2569  type II secretion system protein E  48.27 
 
 
463 aa  422  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2913  type II secretion system protein E  51.29 
 
 
452 aa  424  1e-117  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1876  type II secretion system protein E  47.65 
 
 
477 aa  421  1e-116  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1019  type II secretion system protein E  50.24 
 
 
472 aa  421  1e-116  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1055  type II secretion system protein E  50.48 
 
 
437 aa  417  1e-115  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2639  type II secretion system protein E  47.81 
 
 
491 aa  418  1e-115  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2354  type II secretion system protein E  52.83 
 
 
452 aa  417  1e-115  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3422  type II secretion system protein E  55.15 
 
 
468 aa  415  1e-115  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.351074  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2316  type II secretion system protein E  47.76 
 
 
677 aa  415  1e-115  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2982  type II secretion system protein E  53.44 
 
 
487 aa  412  1e-114  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.330952  hitchhiker  0.00479532 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2648  type II secretion system protein E  48.68 
 
 
498 aa  414  1e-114  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3116  type II secretion system protein E  50.12 
 
 
491 aa  414  1e-114  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.761799  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3241  type II secretion system protein E  54.21 
 
 
478 aa  412  1e-114  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1498  type II secretion system protein E  51.73 
 
 
468 aa  414  1e-114  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2116  type II secretion system protein E  52.22 
 
 
457 aa  412  1e-114  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.768773  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4613  type II secretion system protein E  53.08 
 
 
467 aa  415  1e-114  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0628  type II secretion system protein E  51.44 
 
 
521 aa  412  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.976562 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3931  type II secretion system protein E  49.4 
 
 
472 aa  410  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0856952  normal  0.304546 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4444  type II secretion system protein E  48.68 
 
 
465 aa  410  1e-113  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00432597 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1528  type II secretion system protein E  48.92 
 
 
457 aa  409  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1126  type II secretion system protein E  50.47 
 
 
484 aa  409  1e-113  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.188659  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3424  type II secretion system protein E  49.4 
 
 
472 aa  410  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.546087  normal  0.677685 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2349  type II secretion system protein E  51.06 
 
 
485 aa  410  1e-113  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.413673 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1515  secretory protein kinase, cpaF  51.73 
 
 
432 aa  406  1e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0638595  normal  0.0739759 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>