139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4179 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4179  Urease accessory protein UreF  100 
 
 		 240 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1868  urease accessory protein UreF  79.66 
 
 		 237 aa  371  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.113809  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3497  urease accessory protein UreF  76.95 
 
 		 288 aa  349  3e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.977341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3690  urease accessory protein UreF  76.36 
 
 		 241 aa  332  3e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7006  urease accessory protein UreF  75.23 
 
 		 240 aa  326  2.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.891807 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4159  urease accessory protein UreF  52.25 
 
 		 309 aa  200  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.896165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1702  Urease accessory protein UreF  49.78 
 
 		 225 aa  184  1.0000000000000001e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000278425 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3014  urease accessory protein UreF  49.55 
 
 		 244 aa  181  8.000000000000001e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.347135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3203  Urease accessory protein UreF  48.18 
 
 		 224 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0272  urease accessory protein UreF, putative  46.96 
 
 		 228 aa  177  1e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3239  Urease accessory protein UreF  48.64 
 
 		 238 aa  177  1e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.525319 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0286  putative urease accessory protein UreF  47.32 
 
 		 232 aa  173  1.9999999999999998e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0337  urease accessory protein UreF, putative  45.5 
 
 		 228 aa  172  2.9999999999999996e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2866  urease accessory protein UreF  45.41 
 
 		 229 aa  172  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.669452  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1092  Urease accessory protein UreF  48.62 
 
 		 239 aa  170  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.827823  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0381  urease accessory protein UreF  45.09 
 
 		 214 aa  167  1e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11359  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3303  Urease accessory protein UreF  46.4 
 
 		 223 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.31623 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3469  urease accessory protein  47.81 
 
 		 230 aa  165  6.9999999999999995e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1029  urease accessory protein UreF  43.86 
 
 		 231 aa  165  6.9999999999999995e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.185094 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0303  urease accessory protein UreF  44.64 
 
 		 210 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2120  urease accessory protein UreF  47.25 
 
 		 250 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.481302  normal  0.0529683 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2378  urease accessory protein UreF  47.3 
 
 		 223 aa  162  6e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.173139 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1947  urease accessory protein UreF  44.64 
 
 		 210 aa  161  7e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0218708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3047  Urease accessory protein UreF  47.75 
 
 		 223 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2009  Urease accessory protein UreF  46.33 
 
 		 231 aa  155  4e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0991  urease accessory protein UreF  40.62 
 
 		 210 aa  152  4e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2686  urease accessory protein UreF  41.44 
 
 		 223 aa  144  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885864  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3260  urease accessory protein UreF  43.24 
 
 		 228 aa  139  3e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2362  putative urease accessory protein  40.53 
 
 		 210 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.875021 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1755  urease accessory protein UreF  34.93 
 
 		 220 aa  120  1.9999999999999998e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.10715  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1206  urease accessory protein UreF  44.49 
 
 		 215 aa  116  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2439  urease accessory protein UreF  34.23 
 
 		 227 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.280457  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2267  Urease accessory protein UreF  34.88 
 
 		 227 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000649784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4635  urease accessory protein UreF  34.74 
 
 		 229 aa  108  9.000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00483851  normal  0.066113 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2303  urease accessory protein UreF  35 
 
 		 230 aa  108  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1243  urease accessory protein UreF  31.46 
 
 		 226 aa  107  2e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3106  Urease accessory protein UreF  35.45 
 
 		 253 aa  106  3e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0884  urease accessory protein UreF  32.17 
 
 		 235 aa  102  8e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.782823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0223  urease accessory protein UreF  28.81 
 
 		 221 aa  99.8  3e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3696  putative urease accessory protein UreF  33.63 
 
 		 226 aa  97.8  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.378168 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1494  urease accessory protein UreF  32.59 
 
 		 236 aa  97.1  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.36478  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0419  urease accessory protein UreF  34.39 
 
 		 226 aa  95.1  9e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.885315  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0898  urease accessory protein UreF  34.39 
 
 		 226 aa  95.1  9e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.4737  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0868  urease accessory protein UreF  34.39 
 
 		 226 aa  95.1  9e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.947799  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2996  urease accessory protein UreF  29.41 
 
 		 232 aa  94.4  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0186  urease accessory protein UreF  31.82 
 
 		 228 aa  93.6  3e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4247  Urease accessory protein UreF  32.57 
 
 		 223 aa  92.8  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2492  urease accessory protein UreF  33.03 
 
 		 226 aa  92  6e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0751  urease accessory protein UreF  28.18 
 
 		 232 aa  91.7  8e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4004  urease accessory protein UreF  33.03 
 
 		 226 aa  91.3  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.471956 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0788  urease accessory protein UreF  33.48 
 
 		 226 aa  90.9  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3941  Urease accessory protein UreF  35.35 
 
 		 259 aa  90.5  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.552118  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2991  urease accessory protein UreF  31.98 
 
 		 231 aa  90.9  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.901747  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1325  UreF  33.62 
 
 		 224 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3468  urease accessory protein UreF  31.74 
 
 		 224 aa  89.7  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000115011  normal  0.208076 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0926  Urease accessory protein UreF  32.74 
 
 		 226 aa  89.7  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4416  Urease accessory protein UreF  28.64 
 
 		 232 aa  89.7  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2841  urease accessory protein UreF  34.72 
 
 		 224 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1765  urease accessory protein UreF  30.64 
 
 		 227 aa  89  6e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.858852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0777  urease accessory protein UreF  33.48 
 
 		 226 aa  89  7e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2262  urease accessory protein UreF  32.74 
 
 		 226 aa  88.2  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.998709 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0963  urease accessory protein UreF  30.22 
 
 		 230 aa  87.4  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0374203 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2848  urease accessory protein UreF  34.26 
 
 		 224 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09390  Urease accessory protein UreF  32.88 
 
 		 224 aa  86.3  4e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4833  urease accessory protein UreF  23.53 
 
 		 228 aa  85.9  5e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00891  Urease accessory protein UreF  28.37 
 
 		 208 aa  85.9  5e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.42714  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1425  urease accessory protein UreF  31.48 
 
 		 228 aa  85.5  7e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0245  urease accessory protein UreF  32.26 
 
 		 225 aa  85.5  7e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1070  urease accessory protein UreF  33.47 
 
 		 250 aa  85.1  8e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3407  urease accessory protein UreF  30.8 
 
 		 225 aa  84  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.195199  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0665  urease accessory protein UreF  30.49 
 
 		 224 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.675417  normal  0.0233838 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2420  urease accessory protein UreF  31.78 
 
 		 224 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0454768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1348  urease accessory protein UreF  32.5 
 
 		 233 aa  83.6  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0394  Urease accessory protein UreF  30.32 
 
 		 227 aa  82.8  0.000000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0958  urease accessory protein UreF  27.01 
 
 		 230 aa  81.6  0.000000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0997  urease accessory protein UreF  30.51 
 
 		 230 aa  81.3  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.371175  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2878  urease accessory protein UreF  28.83 
 
 		 224 aa  81.6  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3532  urease accessory protein UreF  31.49 
 
 		 251 aa  81.3  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.510813  normal  0.516432 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1724  urease accessory protein UreF  29.15 
 
 		 288 aa  81.6  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.616016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29761  urease accessory protein UreF  29.06 
 
 		 227 aa  81.3  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1476  Urease accessory protein UreF  27.88 
 
 		 228 aa  81.3  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0566307  normal  0.716543 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3660  urease accessory protein UreF  23.18 
 
 		 232 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.098957  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2186  urease accessory protein UreF  31.25 
 
 		 226 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3137  urease accessory protein  31.25 
 
 		 236 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0721  urease accessory protein UreF  31.25 
 
 		 236 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2555  urease accessory protein UreF  31.25 
 
 		 226 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3078  urease accessory protein UreF  31.25 
 
 		 236 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3114  urease accessory protein UreF  31.25 
 
 		 236 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.720901  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2059  urease accessory protein UreF  31.25 
 
 		 236 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.917688  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0664  urease accessory protein  35.24 
 
 		 237 aa  79.7  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1814  urease accessory protein UreF  24.67 
 
 		 240 aa  79.3  0.00000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0685  urease accessory protein UreF  22.77 
 
 		 228 aa  79.3  0.00000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2182  Urease accessory protein UreF  34.32 
 
 		 229 aa  79  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.349664  normal  0.124246 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2932  urease accessory protein UreF  34.26 
 
 		 224 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.617644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0562  urease accessory protein UreF  32.16 
 
 		 224 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.350599 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0972  urease accessory protein UreF  31.65 
 
 		 232 aa  78.2  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2030  urease accessory protein UreF  35.34 
 
 		 229 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.859598  normal  0.139287 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2622  urease accessory protein F  29.41 
 
 		 223 aa  77.8  0.0000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0673782  normal  0.796864 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03460  urease accessory protein UreF  29.2 
 
 		 238 aa  76.3  0.0000000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1180  urease accessory protein UreF  31.39 
 
 		 238 aa  74.3  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801104  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>