More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4002 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2346  peptidase S1C, Do  82.48 
 
 		 496 aa  749    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.466246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6094  putative Serine protease do-like precursor  81.46 
 
 		 498 aa  753    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2041  peptidase S1C, Do  87.05 
 
 		 498 aa  778    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3259  peptidase S1C, Do  82.47 
 
 		 497 aa  761    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.324344  normal  0.259222 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3349  peptidase S1C, Do  88.91 
 
 		 499 aa  820    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.181903 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2725  peptidase S1C, Do  84.71 
 
 		 497 aa  752    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4002  protease Do  100 
 
 		 501 aa  975    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0704  protease Do  61.57 
 
 		 500 aa  601  1e-170  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.762947  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1086  protease Do  64.48 
 
 		 501 aa  598  1e-170  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0760064 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4529  protease Do  62.08 
 
 		 516 aa  571  1e-161  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.366084 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2778  protease Do  63.19 
 
 		 511 aa  570  1e-161  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.725165  normal  0.242961 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2656  protease Do  62.04 
 
 		 511 aa  556  1e-157  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.419635 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2883  protease Do  62.04 
 
 		 511 aa  556  1e-157  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0606  protease Do  58.28 
 
 		 523 aa  551  1e-155  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0210206 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1733  protease Do  55.94 
 
 		 522 aa  543  1e-153  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.613226  hitchhiker  0.00274873 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1350  putative serine protease Do  53.68 
 
 		 524 aa  516  1.0000000000000001e-145  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1394  serine protease Do, putative  53.68 
 
 		 524 aa  516  1.0000000000000001e-145  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1797  protease Do  53.89 
 
 		 520 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1661  protease Do  59.7 
 
 		 498 aa  516  1.0000000000000001e-145  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.179012 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2812  serine protease  53.99 
 
 		 528 aa  486  1e-136  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.498431  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2798  protease Do  53.07 
 
 		 588 aa  475  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.83064  normal  0.454962 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2014  protease Do  54.76 
 
 		 502 aa  477  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1746  protease Do  53.29 
 
 		 471 aa  478  1e-133  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2539  protease Do  52.47 
 
 		 578 aa  472  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.874075 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2461  protease Do  53.39 
 
 		 487 aa  455  1e-127  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.282198 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0922  protease Do family protein  47.17 
 
 		 496 aa  452  1.0000000000000001e-126  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.726985  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2201  peptidase S1C, Do  51.77 
 
 		 508 aa  430  1e-119  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2733  protease do precursor  51.18 
 
 		 501 aa  421  1e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0138399  normal  0.054673 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0887  protease Do  50.11 
 
 		 493 aa  411  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0626906  normal  0.172287 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0355  serine protease  49.57 
 
 		 493 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459558  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1999  protease Do  49.57 
 
 		 506 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0697759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1135  protease Do  48.42 
 
 		 535 aa  403  1e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3170  peptidase S1C, Do  47.66 
 
 		 515 aa  404  1e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.963921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1953  peptidase S1C, Do  47.96 
 
 		 499 aa  400  9.999999999999999e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.100212  normal  0.0596559 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1382  protease Do  49.68 
 
 		 514 aa  396  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.490263  normal  0.542535 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2022  protease Do  47.51 
 
 		 459 aa  372  1e-101  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.303504 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0943  protease Do  45.59 
 
 		 491 aa  366  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.250261  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0611  serine protease  45.26 
 
 		 513 aa  363  3e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0610  serine protease  45.26 
 
 		 513 aa  363  3e-99  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2667  protease Do  43.06 
 
 		 520 aa  355  1e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0637  protease Do  43.9 
 
 		 517 aa  350  4e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.136267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2235  protease Do  45.09 
 
 		 529 aa  345  1e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.355037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2354  protease Do  42.56 
 
 		 518 aa  345  1e-93  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1014  peptidase S1C, Do  42.39 
 
 		 476 aa  342  1e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3911  protease Do  46.3 
 
 		 485 aa  341  2e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3362  peptidase S1C, Do  42.02 
 
 		 464 aa  340  2.9999999999999998e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000016609  decreased coverage  0.00312332 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2140  protease Do  43.71 
 
 		 523 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.750781  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0833  protease DO  40.7 
 
 		 497 aa  338  9.999999999999999e-92  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0653734  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0763  protease Do  45.37 
 
 		 501 aa  338  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1368  serine protease DO-like protease  42.94 
 
 		 491 aa  337  2.9999999999999997e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.200414  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1773  protease Do  43.35 
 
 		 489 aa  335  9e-91  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000225032  hitchhiker  0.000850393 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0924  protease Do  41.79 
 
 		 527 aa  335  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.010153  normal  0.0275633 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5052  protease Do  42.61 
 
 		 520 aa  335  1e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.610685  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0188  protease Do  44.13 
 
 		 524 aa  335  1e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.463194 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1073  protease Do  42.2 
 
 		 527 aa  333  6e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.952362 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0871  protease Do  42.54 
 
 		 500 aa  331  2e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0901  protease Do  45.69 
 
 		 509 aa  328  2.0000000000000001e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.24208  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3242  putative trypsin-like serine protease  43.57 
 
 		 483 aa  327  3e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.263085  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2011  peptidase S1C, Do  42.95 
 
 		 526 aa  327  3e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.963752 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4295  protease Do  42.91 
 
 		 466 aa  327  4.0000000000000003e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000836052  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3978  protease Do  43.36 
 
 		 483 aa  327  4.0000000000000003e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0104728  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0331  trypsin domain/PDZ domain-containing protein  42.8 
 
 		 464 aa  323  3e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00109847  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0228  protease Do  42.18 
 
 		 457 aa  323  4e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5428  protease Do  42.53 
 
 		 508 aa  323  4e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.025142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3140  hypothetical protein  44.07 
 
 		 483 aa  322  8e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.673481  normal  0.234219 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3077  putative serine protease do-like precursor  42.8 
 
 		 527 aa  322  9.999999999999999e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0942  protease Do  41.48 
 
 		 506 aa  320  3e-86  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0681927  normal  0.773505 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6504  protease Do  44.37 
 
 		 502 aa  319  7e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1019  peptidase S1C, Do  42.95 
 
 		 525 aa  318  2e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1467  serine protease, MucD  40.98 
 
 		 473 aa  317  4e-85  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.627151  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3443  peptidase S1C, Do  42.18 
 
 		 528 aa  316  5e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.203092  normal  0.0980299 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5887  protease Do  41.79 
 
 		 504 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1195  peptidase S1C, Do  41.44 
 
 		 516 aa  313  4.999999999999999e-84  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0308  protease Do  42.8 
 
 		 481 aa  313  5.999999999999999e-84  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.582048 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5274  protease Do  41.52 
 
 		 501 aa  312  9e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1841  peptidase S1C, Do  39.6 
 
 		 528 aa  311  1e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5235  protease Do  41.58 
 
 		 501 aa  312  1e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4692  protease Do  42 
 
 		 503 aa  311  2e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.601387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5157  protease Do  42 
 
 		 503 aa  311  2e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0527663 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0859  peptidase S1C, Do  41.39 
 
 		 477 aa  311  2e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.078917  normal  0.0183856 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1003  peptidase S1C, Do  41.39 
 
 		 477 aa  311  2e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0749587  normal  0.0653423 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5124  protease Do  47.06 
 
 		 496 aa  311  2e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.38057 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0434  protease Do family protein  39.22 
 
 		 505 aa  310  4e-83  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0671  protease Do  42.92 
 
 		 473 aa  307  3e-82  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0470073  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2005  protease Do  42.54 
 
 		 475 aa  307  3e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3827  protease Do  46.39 
 
 		 496 aa  306  6e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1441  peptidase S1C, Do  40 
 
 		 523 aa  305  1.0000000000000001e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1611  protease Do  41.21 
 
 		 482 aa  305  1.0000000000000001e-81  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.4051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0244  protease Do  42.18 
 
 		 458 aa  305  2.0000000000000002e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0117444  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1343  protease Do  41.39 
 
 		 481 aa  304  2.0000000000000002e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.139056  normal  0.641282 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0984  protease Do  39.96 
 
 		 485 aa  304  2.0000000000000002e-81  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4136  protease Do  45.62 
 
 		 496 aa  304  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3331  peptidase S1C, Do  42.27 
 
 		 510 aa  300  3e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.107916  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2013  protease Do  45.75 
 
 		 524 aa  299  8e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.316391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1102  protease Do  42.23 
 
 		 469 aa  298  2e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.432426  normal  0.334771 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4377  protease Do  38.9 
 
 		 477 aa  297  3e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.937074  normal  0.327825 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1430  protease Do  38.9 
 
 		 492 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3889  protease Do  42.46 
 
 		 524 aa  296  5e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.42007  normal  0.578189 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1208  protease Do  38.29 
 
 		 475 aa  296  7e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0118678  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0166  periplasmic serine protease  38.73 
 
 		 473 aa  296  8e-79  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.358427  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>