More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4000 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4000  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 403 aa  827    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  59.42 
 
 		 411 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  57.89 
 
 		 411 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  57.56 
 
 		 411 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  53.83 
 
 		 410 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  56.81 
 
 		 410 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  56.31 
 
 		 410 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  54.14 
 
 		 418 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  53.63 
 
 		 435 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  54.86 
 
 		 409 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  56.81 
 
 		 411 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  54.48 
 
 		 405 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  54.26 
 
 		 406 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  56.32 
 
 		 409 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  52.91 
 
 		 409 aa  433  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  53.13 
 
 		 415 aa  432  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  55.47 
 
 		 406 aa  428  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  55.79 
 
 		 409 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  56.08 
 
 		 407 aa  427  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  54.84 
 
 		 404 aa  426  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0583  Extracellular ligand-binding receptor  53.87 
 
 		 406 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.981919  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  53.08 
 
 		 395 aa  422  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  54.4 
 
 		 405 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  55.76 
 
 		 410 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  52.89 
 
 		 410 aa  420  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  51.97 
 
 		 410 aa  417  9.999999999999999e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  53.16 
 
 		 401 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  54.32 
 
 		 411 aa  411  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  51 
 
 		 407 aa  412  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  51.62 
 
 		 400 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  50.76 
 
 		 407 aa  395  1e-109  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  51.87 
 
 		 406 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  50.66 
 
 		 406 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  51.34 
 
 		 406 aa  391  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4823  extracellular ligand-binding receptor  51.68 
 
 		 437 aa  388  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.615465 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  48.48 
 
 		 406 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3265  twin-arginine translocation pathway signal  44.76 
 
 		 407 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125818  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  47 
 
 		 406 aa  363  3e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  49.59 
 
 		 406 aa  359  5e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  46.15 
 
 		 409 aa  349  5e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  42.57 
 
 		 402 aa  343  2e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  41.9 
 
 		 399 aa  323  4e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  40.85 
 
 		 412 aa  303  5.000000000000001e-81  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  39.95 
 
 		 402 aa  296  5e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  34.71 
 
 		 438 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4713  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  33.25 
 
 		 414 aa  189  1e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656767  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  30.65 
 
 		 434 aa  169  8e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  30.22 
 
 		 441 aa  168  1e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  28.42 
 
 		 436 aa  145  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 		 415 aa  124  3e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  27.88 
 
 		 385 aa  111  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  27.88 
 
 		 385 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  29.28 
 
 		 403 aa  107  4e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  27.99 
 
 		 398 aa  106  6e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  29 
 
 		 386 aa  106  8e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  27.38 
 
 		 384 aa  104  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 		 398 aa  103  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  25.77 
 
 		 378 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 		 375 aa  100  5e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  24.87 
 
 		 472 aa  99.4  9e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  23.19 
 
 		 387 aa  99.4  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.1 
 
 		 425 aa  98.2  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  23.04 
 
 		 392 aa  97.1  5e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  27.73 
 
 		 394 aa  95.9  1e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  26.98 
 
 		 385 aa  95.9  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  27.49 
 
 		 411 aa  95.9  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  22.39 
 
 		 387 aa  95.5  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  26.57 
 
 		 377 aa  95.1  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  22.99 
 
 		 408 aa  93.6  6e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  25.77 
 
 		 377 aa  93.2  8e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 		 382 aa  92.4  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  27.45 
 
 		 411 aa  92.4  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  24.53 
 
 		 379 aa  91.7  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  24.12 
 
 		 423 aa  91.7  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  23.27 
 
 		 389 aa  90.5  5e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  24.71 
 
 		 480 aa  90.5  5e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  31.09 
 
 		 592 aa  90.1  6e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  26.44 
 
 		 373 aa  88.6  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  24.53 
 
 		 401 aa  87.8  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  22.87 
 
 		 386 aa  87.8  3e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  26.81 
 
 		 386 aa  87.8  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  24.45 
 
 		 407 aa  87  5e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  26.99 
 
 		 386 aa  86.7  7e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.78 
 
 		 392 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 		 385 aa  84.3  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 		 425 aa  83.6  0.000000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0479  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 390 aa  82  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  24.78 
 
 		 403 aa  81.3  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  25.84 
 
 		 517 aa  80.9  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  27.64 
 
 		 415 aa  80.9  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  25.78 
 
 		 378 aa  79.7  0.00000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  41.38 
 
 		 382 aa  79.7  0.00000000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  25.76 
 
 		 370 aa  79.3  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  24.59 
 
 		 392 aa  79  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  24.69 
 
 		 368 aa  79  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  41.38 
 
 		 382 aa  79.3  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  34.59 
 
 		 382 aa  78.6  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  25.76 
 
 		 370 aa  78.6  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  27.16 
 
 		 415 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21341  hypothetical protein  23.85 
 
 		 342 aa  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.551591 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>