More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3680 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3680  transcriptional regulator, MerR family  100 
 
 		 133 aa  270  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.446637  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3726  MerR family transcriptional regulator  81.2 
 
 		 140 aa  220  4e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3133  MerR family transcriptional regulator  78.95 
 
 		 139 aa  217  3e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.845727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3237  MerR family transcriptional regulator  78.91 
 
 		 137 aa  213  8e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3209  MerR family transcriptional regulator  71.88 
 
 		 138 aa  188  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3373  MerR family transcriptional regulator  65.91 
 
 		 136 aa  179  2e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0297855  normal  0.469131 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1097  transcriptional regulator, MerR family  63.28 
 
 		 133 aa  174  4e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2572  MerR family transcriptional regulator  61.72 
 
 		 141 aa  170  5.999999999999999e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.957862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4116  transcriptional regulator, MerR family  61.72 
 
 		 133 aa  169  1e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1129  MerR family transcriptional regulator  59.06 
 
 		 131 aa  149  1e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.560457  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0993  MerR family transcriptional regulator  56.69 
 
 		 137 aa  149  2e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.335093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2152  MerR family transcriptional regulator  52.76 
 
 		 137 aa  145  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.845816  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0137  MerR family transcriptional regulator  55.12 
 
 		 145 aa  145  2.0000000000000003e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5562  transcriptional regulator  53.91 
 
 		 139 aa  142  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21316  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3961  MerR family transcriptional regulator  54.76 
 
 		 142 aa  142  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.146237  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3623  MerR family transcriptional regulator  54.76 
 
 		 142 aa  142  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3410  hypothetical protein  56.35 
 
 		 142 aa  136  7.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2343  MerR family transcriptional regulator  55.12 
 
 		 146 aa  135  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.264422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0211  MerR family transcriptional regulator  54.33 
 
 		 140 aa  134  3.0000000000000003e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4072  transcriptional regulator, MerR family  51.97 
 
 		 140 aa  132  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.44146 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1790  transcriptional regulator  54.33 
 
 		 141 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.269282  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3797  transcriptional regulator, MerR family  50.39 
 
 		 140 aa  131  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.360833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2509  MerR family transcriptional regulator  50.39 
 
 		 151 aa  131  3e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.591979 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3502  transcriptional regulator, MerR family  49.61 
 
 		 140 aa  131  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.733746 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0437  MerR family transcriptional regulator  53.54 
 
 		 161 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1026  MerR family transcriptional regulator  50.39 
 
 		 140 aa  128  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.120689  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2848  MerR family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 142 aa  128  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2300  MerR family transcriptional regulator  51.18 
 
 		 134 aa  127  4.0000000000000003e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.639917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3979  MerR family transcriptional regulator  51.94 
 
 		 174 aa  126  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00581953  normal  0.426596 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2558  MerR family transcriptional regulator  49.61 
 
 		 139 aa  125  2.0000000000000002e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3339  MerR family transcriptional regulator  51.94 
 
 		 157 aa  124  3e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88053  normal  0.266963 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1504  regulatory protein, MerR  47.24 
 
 		 141 aa  124  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0593  MerR family transcriptional regulator  51.2 
 
 		 137 aa  124  5e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.429444  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5280  transcriptional regulator CadR  47.62 
 
 		 148 aa  123  9e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4838  regulatory protein, MerR  48.41 
 
 		 148 aa  123  9e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0920  MerR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 141 aa  122  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.320526  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2017  MerR family transcriptional regulator  49.61 
 
 		 140 aa  121  4e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1941  MerR family transcriptional regulator  49.61 
 
 		 140 aa  121  4e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0800  MerR family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 142 aa  119  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.876996 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2900  MerR family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 140 aa  117  4.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4070  transcriptional regulator, MerR family  51.38 
 
 		 132 aa  116  9e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.336663 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3563  transcriptional regulator, MerR family  44.53 
 
 		 143 aa  114  3.9999999999999997e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4834  transcriptional regulator, MerR family  44.44 
 
 		 144 aa  113  7.999999999999999e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.300455  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0747  MerR family transcriptional regulator  44.53 
 
 		 141 aa  113  7.999999999999999e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2352  MerR family transcriptional regulator  43.65 
 
 		 152 aa  113  7.999999999999999e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2325  MerR family transcriptional regulator  44.72 
 
 		 147 aa  113  8.999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0373  transcriptional regulator, MerR family  47.66 
 
 		 158 aa  113  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0543  transcriptional regulator, MerR family  47.66 
 
 		 158 aa  113  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.166066  hitchhiker  0.000000593111 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4066  MerR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 132 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4217  MerR family transcriptional regulator  44.88 
 
 		 137 aa  112  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3790  MerR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 132 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0361759  normal  0.548118 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3156  MerR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 146 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.215145  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2443  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 140 aa  111  4.0000000000000004e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1967  MerR family transcriptional regulator  43.31 
 
 		 141 aa  110  8.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.775323  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4622  transcriptional regulator, MerR family  44.96 
 
 		 144 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.821242  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4898  MerR family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 147 aa  109  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.627224  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5579  transcriptional regulator, MerR family  45.74 
 
 		 144 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2686  MerR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 172 aa  108  2.0000000000000002e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46190  cadmium responsive transcriptional regulator, merR family  46.09 
 
 		 152 aa  108  3e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.719382  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5372  MerR family transcriptional regulator  44.53 
 
 		 149 aa  108  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3444  transcriptional regulator, MerR family  40.62 
 
 		 144 aa  108  3e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0545873  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0325  MerR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 147 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.634832 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2918  transcriptional regulator, MerR family  41.67 
 
 		 154 aa  107  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.247446  normal  0.104462 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1387  transcriptional regulator, MerR family  43.31 
 
 		 140 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.124433  hitchhiker  0.00107932 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3563  transcriptional regulator, MerR family  45.31 
 
 		 157 aa  107  5e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3161  MerR family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 155 aa  107  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.309754 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16670  putative transcriptional regulator CadR  42.22 
 
 		 156 aa  107  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2256  MerR family transcriptional regulator  39.84 
 
 		 144 aa  106  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2814  transcriptional regulator, MerR family  40.91 
 
 		 138 aa  106  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1449  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  41.48 
 
 		 156 aa  105  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1407  MerR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 133 aa  105  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9863  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40.16 
 
 		 147 aa  105  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0653  regulatory protein, MerR  40.94 
 
 		 132 aa  105  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2691  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40.91 
 
 		 154 aa  105  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.455022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4119  MerR family transcriptional regulator  44.88 
 
 		 137 aa  105  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5140  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 147 aa  105  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0853  MerR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 146 aa  105  3e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2391  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  45.31 
 
 		 151 aa  105  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0284263  normal  0.3053 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5193  MerR family transcriptional regulator  43.65 
 
 		 147 aa  105  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0812  MerR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 143 aa  104  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2104  transcriptional regulator, MerR family  45.31 
 
 		 151 aa  105  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5013  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 147 aa  104  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0442  transcriptional regulator, MerR family  41.73 
 
 		 132 aa  104  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.856657  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2322  MerR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 139 aa  104  4e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0749  transcriptional regulator, heavy metal-dependent  40.16 
 
 		 133 aa  104  5e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2333  MerR family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 162 aa  104  5e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00701798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0171  MerR family transcriptional regulator  42.97 
 
 		 134 aa  103  8e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4579  MerR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 134 aa  103  8e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.923905  decreased coverage  0.00324593 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3108  MerR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 154 aa  103  8e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.798682  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2302  MerR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 132 aa  103  9e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000169784  hitchhiker  0.000117286 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3389  MerR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 132 aa  103  9e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.462896  normal  0.11439 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3347  transcription regulator protein  41.98 
 
 		 159 aa  103  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.445877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2847  transcriptional regulator, MerR family  38.58 
 
 		 169 aa  102  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.444422  hitchhiker  0.0000160217 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2087  MerR family transcriptional regulator  41.8 
 
 		 128 aa  102  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.545443  normal  0.539836 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1639  MerR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 159 aa  103  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.270848  normal  0.040207 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0028  transcriptional regulator, MerR family  42.19 
 
 		 143 aa  102  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.234521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2633  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  40.62 
 
 		 162 aa  102  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.673518 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1595  putative heavy metal regulator HmrR  39.37 
 
 		 137 aa  102  2e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4226  MerR family transcriptional regulator  42.97 
 
 		 150 aa  102  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.795335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4039  MerR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 130 aa  102  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>