More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3544 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_2410  DNA polymerase IV  83.25 
 
 
429 aa  695  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.18017 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3544  DNA polymerase IV  100 
 
 
431 aa  867  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3041  DNA polymerase IV  83.93 
 
 
429 aa  717  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.678009  normal  0.273789 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2445  DNA polymerase IV  78.55 
 
 
429 aa  671  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.255034  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3311  DNA polymerase IV  81.53 
 
 
432 aa  691  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0786451  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1429  DNA polymerase IV  76.2 
 
 
429 aa  650  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.587123  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4749  DNA polymerase IV  79.02 
 
 
435 aa  668  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.676615  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1377  DNA polymerase IV  60.09 
 
 
431 aa  509  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.560308 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3857  DNA polymerase IV  61.61 
 
 
432 aa  505  1e-142  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1285  DNA polymerase IV  61.05 
 
 
431 aa  504  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.25949  normal  0.0407739 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1344  DNA polymerase IV  61 
 
 
436 aa  494  1e-138  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.363596  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3681  DNA polymerase IV  58.02 
 
 
453 aa  481  1e-134  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96872  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0579  DNA polymerase IV  58.23 
 
 
445 aa  481  1e-134  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0615  DNA polymerase IV  58.23 
 
 
445 aa  480  1e-134  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0923  DNA polymerase IV  59.38 
 
 
430 aa  480  1e-134  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2809  DNA polymerase IV  59.28 
 
 
423 aa  468  1e-130  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.436092 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6682  DNA polymerase IV  57.28 
 
 
435 aa  456  1e-127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1745  DNA polymerase IV  57.52 
 
 
428 aa  455  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1274  DNA polymerase IV  55.96 
 
 
436 aa  454  1e-126  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0719979  normal  0.0370886 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7420  DNA polymerase IV  55.34 
 
 
429 aa  445  1e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.108606  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4721  DNA polymerase IV  56.17 
 
 
425 aa  438  1e-122  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5260  DNA polymerase IV  57.53 
 
 
415 aa  437  1e-121  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5188  DNA polymerase IV  55.93 
 
 
425 aa  437  1e-121  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.951102 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3995  DNA polymerase IV  52.17 
 
 
417 aa  422  1e-117  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1494  DNA polymerase IV  52.18 
 
 
418 aa  424  1e-117  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0127  DNA polymerase IV  50.72 
 
 
423 aa  413  1e-114  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314932  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1400  DNA polymerase IV  53.38 
 
 
449 aa  414  1e-114  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.193285  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0068  DNA polymerase IV  53.38 
 
 
417 aa  414  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91502  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2808  DNA polymerase IV  52.52 
 
 
417 aa  409  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.186198 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0385  DNA polymerase IV  50.96 
 
 
417 aa  394  1e-108  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.434794  normal  0.713181 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2844  DNA polymerase IV  49.39 
 
 
411 aa  370  1e-101  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.900402  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3530  DNA polymerase IV  51.43 
 
 
421 aa  366  1e-100  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  39.5 
 
 
408 aa  282  8e-75  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  43.32 
 
 
430 aa  271  1e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  37.53 
 
 
393 aa  267  3e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  43.2 
 
 
363 aa  266  7e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  41.76 
 
 
425 aa  263  3e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  42.02 
 
 
410 aa  261  2e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  41.37 
 
 
426 aa  261  2e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  38.95 
 
 
384 aa  257  2e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  42.29 
 
 
430 aa  254  2e-66  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  39.03 
 
 
359 aa  251  1e-65  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  40.21 
 
 
408 aa  249  4e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  41.98 
 
 
415 aa  249  8e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  39.84 
 
 
399 aa  249  9e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  43.31 
 
 
466 aa  249  9e-65  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  37.37 
 
 
385 aa  247  3e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  39.52 
 
 
424 aa  247  3e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  42.19 
 
 
422 aa  246  5e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  3.25025e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  44.02 
 
 
355 aa  246  6e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  43.84 
 
 
481 aa  245  9e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  41.23 
 
 
371 aa  244  2e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3621  DNA-directed DNA polymerase  42.82 
 
 
385 aa  244  3e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  39.63 
 
 
408 aa  243  3e-63  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  42.66 
 
 
380 aa  243  4e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  40.87 
 
 
419 aa  243  5e-63  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  36.36 
 
 
389 aa  243  5e-63  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  41.3 
 
 
369 aa  243  5e-63  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  7.22148e-10  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  42.98 
 
 
378 aa  242  1e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  39.24 
 
 
378 aa  240  3e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  3.1101e-06 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  40.88 
 
 
374 aa  240  3e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  39.48 
 
 
417 aa  240  3e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  39.24 
 
 
378 aa  240  3e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  43.44 
 
 
378 aa  239  5e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  39.52 
 
 
420 aa  238  2e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  39.88 
 
 
372 aa  237  4e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  36.67 
 
 
397 aa  236  6e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  39.53 
 
 
359 aa  236  7e-61  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  40.11 
 
 
402 aa  235  9e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  39.64 
 
 
399 aa  234  3e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  39.62 
 
 
410 aa  233  3e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1433  DNA polymerase IV  38.66 
 
 
356 aa  234  3e-60  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  40.77 
 
 
419 aa  234  3e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  37.67 
 
 
412 aa  234  3e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  2.72693e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  40.79 
 
 
356 aa  233  5e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  37.14 
 
 
413 aa  233  5e-60  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  37.63 
 
 
385 aa  233  6e-60  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  38.53 
 
 
360 aa  233  7e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  41.15 
 
 
386 aa  232  8e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1654  DNA polymerase IV  37.34 
 
 
407 aa  232  1e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.263851  normal  0.0394567 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  40.75 
 
 
385 aa  232  1e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  41.12 
 
 
354 aa  231  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  39.02 
 
 
409 aa  231  2e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  41.94 
 
 
418 aa  230  4e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03139  DNA polymerase IV  41.81 
 
 
369 aa  230  4e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  36.6 
 
 
395 aa  230  5e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  38 
 
 
358 aa  229  6e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22910  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  38.6 
 
 
414 aa  229  6e-59  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0450607 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  39.26 
 
 
363 aa  229  8e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1330  DNA-directed DNA polymerase  39.59 
 
 
359 aa  229  8e-59  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.64899  normal  0.124466 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  41.94 
 
 
418 aa  228  1e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16030  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  38.62 
 
 
407 aa  228  2e-58  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.218569  normal  0.0704551 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  39.42 
 
 
364 aa  228  2e-58  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  37.8 
 
 
406 aa  227  3e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  39.43 
 
 
356 aa  227  4e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  40.53 
 
 
365 aa  226  6e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1726  DNA polymerase IV  39.35 
 
 
352 aa  226  7e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000164893  normal  0.305741 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0619  DNA-directed DNA polymerase  35.5 
 
 
345 aa  226  8e-58  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.146752  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2975  DNA polymerase IV  38.44 
 
 
443 aa  226  9e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.949481  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3990  DNA polymerase IV  39.05 
 
 
353 aa  224  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>