More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3504 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3504  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 		 428 aa  834    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0374275  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2449  major facilitator transporter  80.65 
 
 		 424 aa  638    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0110452  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2280  major facilitator transporter  79.52 
 
 		 419 aa  655    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.398896  normal  0.849447 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3004  major facilitator transporter  83.37 
 
 		 421 aa  681    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3778  putative tetracycline-efflux transporter  65.44 
 
 		 422 aa  535  1e-151  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1648  major facilitator transporter  52.38 
 
 		 415 aa  382  1e-105  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0811808 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4881  major facilitator superfamily MFS_1  45.82 
 
 		 408 aa  342  5e-93  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03308  tetracycline-efflux transporter  51.27 
 
 		 434 aa  329  6e-89  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0389216  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2910  major facilitator transporter  43.46 
 
 		 405 aa  322  9.999999999999999e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3032  major facilitator transporter  43.11 
 
 		 428 aa  312  9e-84  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0266  tetracycline resistance protein  44.3 
 
 		 405 aa  306  3e-82  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.968173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3307  major facilitator transporter  42.71 
 
 		 405 aa  304  2.0000000000000002e-81  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0906362  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6748  major facilitator superfamily MFS_1  40.76 
 
 		 426 aa  300  4e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3394  major facilitator superfamily MFS_1  40.76 
 
 		 408 aa  291  2e-77  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1774  major facilitator superfamily MFS_1  39.71 
 
 		 430 aa  282  9e-75  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2968  major facilitator superfamily MFS_1  38.26 
 
 		 414 aa  279  6e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0277943 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1262  major facilitator transporter  40.73 
 
 		 421 aa  278  1e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0631224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1661  major facilitator transporter  39.65 
 
 		 406 aa  275  8e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.171561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2709  major facilitator superfamily MFS_1  39.44 
 
 		 414 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0530  major facilitator transporter  43.88 
 
 		 415 aa  268  2e-70  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.308388  normal  0.802988 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1444  major facilitator transporter  50.14 
 
 		 413 aa  267  2.9999999999999995e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2247  major facilitator transporter  39.07 
 
 		 399 aa  264  2e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1006  major facilitator superfamily MFS_1  37.63 
 
 		 407 aa  262  8.999999999999999e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1682  major facilitator transporter  38.63 
 
 		 412 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707903  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0047  major facilitator superfamily MFS_1  42.98 
 
 		 401 aa  254  2.0000000000000002e-66  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0923  major facilitator transporter  39.58 
 
 		 406 aa  251  1e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.311973  normal  0.133556 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2249  major facilitator superfamily multidrug-efflux transporter  39.33 
 
 		 406 aa  252  1e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0638588  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0042  tetracycline repressor protein TetA, class A  40.78 
 
 		 424 aa  249  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0153  tetracycline resistance protein, class A  40.78 
 
 		 424 aa  249  8e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4835  major facilitator transporter  38.04 
 
 		 419 aa  248  1e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0032  tetracycline resistance protein, class A  41.46 
 
 		 399 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.581594 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2776  major facilitator transporter  40.67 
 
 		 412 aa  246  4.9999999999999997e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.978343 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2062  major facilitator transporter  37.62 
 
 		 436 aa  244  1.9999999999999999e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.020715 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0873  major facilitator superfamily MFS_1  38.39 
 
 		 398 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0682  major facilitator superfamily MFS_1  40.51 
 
 		 397 aa  239  8e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.260378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0829  major facilitator transporter  39.29 
 
 		 426 aa  238  1e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.0000111783  unclonable  0.000000000756922 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2150  major facilitator superfamily MFS_1  38.44 
 
 		 406 aa  229  8e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.357257  normal  0.0705689 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0812  tetracycline resistance protein  38.67 
 
 		 397 aa  228  2e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2068  major facilitator transporter  39.07 
 
 		 395 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.731019  normal  0.214462 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3850  major facilitator transporter  39.66 
 
 		 397 aa  226  6e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.369274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2342  major facilitator superfamily MFS_1  38.25 
 
 		 427 aa  225  1e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000352958  decreased coverage  0.00223229 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1621  tetracycline-efflux transporter  36.68 
 
 		 418 aa  225  1e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.651661 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0789  major facilitator transporter  38.31 
 
 		 412 aa  222  8e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4478  major facilitator transporter  36.81 
 
 		 428 aa  221  9.999999999999999e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000434229  decreased coverage  0.000716178 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1706  major facilitator transporter  34.27 
 
 		 411 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.20478  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0731  major facilitator transporter  40.23 
 
 		 399 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.90869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0682  major facilitator transporter  38.42 
 
 		 397 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0278  major facilitator transporter  40.23 
 
 		 399 aa  212  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0657  major facilitator transporter  38.42 
 
 		 397 aa  212  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0762  major facilitator transporter  40.23 
 
 		 399 aa  212  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1186  major facilitator superfamily MFS_1  38.81 
 
 		 402 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.924769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0973  major facilitator transporter  33.08 
 
 		 406 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0924739  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4724  tetracycline resistance protein, class B  35.56 
 
 		 401 aa  196  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357008  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2504  tetracycline-efflux transporter, putative  32.31 
 
 		 411 aa  192  9e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00179141  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0342  major facilitator superfamily permease  34.44 
 
 		 396 aa  191  2e-47  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2904  tetracycline resistance protein  31.75 
 
 		 411 aa  190  5e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.316872  normal  0.10266 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1028  multidrug resistance protein  32.58 
 
 		 408 aa  189  9e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0302699  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2426  tetracycline resistance protein  31.2 
 
 		 411 aa  187  3e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2032  multidrug-efflux transporter quinolene resistance protein NorA  35.69 
 
 		 396 aa  185  1.0000000000000001e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.810377 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4096  major facilitator transporter  33.73 
 
 		 416 aa  185  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.25734  normal  0.218815 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1149  drug resistance protein, putative  32.12 
 
 		 424 aa  184  3e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.488645  normal  0.633567 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2462  major facilitator superfamily MFS_1  30.64 
 
 		 411 aa  181  2.9999999999999997e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000109307  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1931  major facilitator transporter  34.66 
 
 		 395 aa  177  2e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0709998  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1303  major facilitator superfamily permease  32.14 
 
 		 414 aa  177  3e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2330  major facilitator transporter  36.86 
 
 		 411 aa  176  6e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21761  major facilitator superfamily multidrug-efflux transporter  30.53 
 
 		 414 aa  174  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.407538 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1215  major facilitator superfamily MFS_1  33.75 
 
 		 423 aa  172  6.999999999999999e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1524  major facilitator superfamily MFS_1  29.91 
 
 		 425 aa  170  4e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0271  major facilitator transporter  34.85 
 
 		 429 aa  169  9e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0994  major facilitator superfamily MFS_1  30.82 
 
 		 424 aa  169  1e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1290  multidrug resistance protein  34.58 
 
 		 429 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.800676  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1119  multidrug resistance protein  34.58 
 
 		 429 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.510833  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1708  multidrug resistance protein  34.58 
 
 		 429 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.477199  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0305  multidrug resistance protein  34.58 
 
 		 429 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1794  multidrug resistance protein  34.58 
 
 		 429 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0121  multidrug resistance protein  34.58 
 
 		 429 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.369056  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0796  major facilitator transporter  32.28 
 
 		 391 aa  167  5e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0133  major facilitator transporter  34.01 
 
 		 398 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.456987  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0140  major facilitator superfamily MFS_1  33.87 
 
 		 398 aa  164  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1853  major facilitator superfamily MFS_1  32.19 
 
 		 387 aa  163  5.0000000000000005e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000358317  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0151  major facilitator superfamily MFS_1  33.87 
 
 		 398 aa  163  7e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1111  major facilitator transporter  30.46 
 
 		 444 aa  159  1e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2764  major facilitator superfamily MFS_1  32.7 
 
 		 389 aa  157  3e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2291  major facilitator superfamily permease  32.55 
 
 		 419 aa  157  5.0000000000000005e-37  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1305  major facilitator superfamily MFS_1  31.03 
 
 		 421 aa  156  6e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0551  major facilitator transporter  29.09 
 
 		 407 aa  155  1e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000114988  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1194  major facilitator transporter  30.3 
 
 		 416 aa  154  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1956  major facilitator superfamily MFS_1  32.8 
 
 		 434 aa  154  2e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0937  major facilitator superfamily MFS_1  34.6 
 
 		 439 aa  155  2e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.725221 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18291  major facilitator superfamily multidrug-efflux transporter  30.98 
 
 		 417 aa  153  7e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3226  major facilitator superfamily MFS_1  30.56 
 
 		 392 aa  152  8.999999999999999e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000524014  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0725  drug resistance protein, putative  32.59 
 
 		 417 aa  152  1e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3727  cold shock protein  28.37 
 
 		 413 aa  150  6e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.701014  normal  0.664331 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2662  major facilitator superfamily permease  33.66 
 
 		 417 aa  149  7e-35  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29931  multidrug ABC transporter  33.73 
 
 		 435 aa  149  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.910726 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0137  major facilitator transporter  31.86 
 
 		 386 aa  146  6e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0342299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1298  major facilitator superfamily MFS_1  34.8 
 
 		 402 aa  142  9.999999999999999e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.148337  normal  0.167522 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1354  multidrug-efflux transporter  33.33 
 
 		 370 aa  140  3e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3378  major facilitator transporter  32.7 
 
 		 412 aa  140  4.999999999999999e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0191855  normal  0.504281 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49750  MFS family transporter  36.14 
 
 		 422 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>