More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3430 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3430  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 195 aa  397  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.842575  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3305  TetR family transcriptional regulator  84.54 
 
 		 195 aa  339  1e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.90869 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3254  TetR family transcriptional regulator  59.16 
 
 		 224 aa  234  7e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  55.15 
 
 		 195 aa  214  8e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1617  TetR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 202 aa  213  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0133761 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1901  TetR family transcriptional regulator  55.44 
 
 		 201 aa  209  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.665453  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3494  TetR family transcriptional regulator  56.48 
 
 		 210 aa  208  5e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5345  TetR family transcriptional regulator  53.61 
 
 		 198 aa  208  5e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.922777  normal  0.179588 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1076  TetR family transcriptional regulator  54.92 
 
 		 206 aa  206  2e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1072  TetR family transcriptional regulator  54.4 
 
 		 206 aa  205  4e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000136093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2793  TetR family transcriptional regulator  55.44 
 
 		 214 aa  204  5e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1186  transcriptional regulator, TetR family  55.96 
 
 		 206 aa  204  5e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3183  TetR family transcriptional regulator  55.96 
 
 		 207 aa  204  5e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3326  TetR family transcriptional regulator  55.96 
 
 		 207 aa  204  5e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3182  TetR family transcriptional regulator  55.96 
 
 		 207 aa  204  5e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1144  TetR family transcriptional regulator  54.4 
 
 		 206 aa  203  1e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00178929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1620  TetR family transcriptional regulator  56.77 
 
 		 205 aa  202  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.135802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0900  TetR family transcriptional regulator  55.21 
 
 		 193 aa  202  3e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308807  normal  0.448888 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4123  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 204 aa  201  6e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4399  transcriptional regulator, TetR family  54.69 
 
 		 200 aa  197  1.0000000000000001e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2260  TetR family transcriptional regulator  55.5 
 
 		 214 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0561114  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1348  TetR family transcriptional regulator  54.21 
 
 		 217 aa  195  3e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.054525 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3078  regulatory protein, TetR  48.68 
 
 		 203 aa  193  2e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.745436  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5198  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 193 aa  192  3e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0815  TetR family transcriptional regulator  51.04 
 
 		 196 aa  191  7e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642279  normal  0.93191 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3046  TetR family transcriptional regulator  52.85 
 
 		 199 aa  191  8e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4357  regulatory protein TetR  52.06 
 
 		 201 aa  190  1e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4180  transcriptional regulator, TetR family  51.55 
 
 		 204 aa  188  4e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0804485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5165  transcriptional regulator, TetR family  45.31 
 
 		 194 aa  169  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.707616 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4571  transcriptional regulator, TetR family  47.64 
 
 		 199 aa  169  3e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.717354 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3140  TetR family transcriptional regulator  52.06 
 
 		 197 aa  168  4e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.137738  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5842  TetR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 188 aa  164  9e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.25935  normal  0.516433 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0851  TetR family transcriptional regulator  45.6 
 
 		 182 aa  159  3e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.780744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3984  transcriptional regulator, TetR family protein  43.09 
 
 		 211 aa  159  3e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1087  TetR family transcriptional regulator  44.79 
 
 		 222 aa  158  4e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00014413  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0833  TetR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 182 aa  157  7e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0851  TetR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 182 aa  157  7e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.45674  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4065  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 195 aa  154  1e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5712  TetR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 204 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1495  TetR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 204 aa  151  5e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000123966  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2431  TetR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 204 aa  151  7e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.547738  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2295  TetR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 204 aa  150  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5542  transcriptional regulator, TetR family  47.69 
 
 		 194 aa  150  2e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.789571  normal  0.111085 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3927  TetR family transcriptional regulator  45 
 
 		 208 aa  149  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.375374  normal  0.0268365 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3140  TetR family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 221 aa  149  4e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.263348  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26140  putative transcriptional regulator  45.31 
 
 		 196 aa  147  7e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.287141  normal  0.149256 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1774  TetR family transcriptional regulator  46.11 
 
 		 207 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2386  TetR family transcriptional regulator  46.11 
 
 		 207 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8807  putative transcriptional regulator, TetR family  39.38 
 
 		 211 aa  145  3e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1626  TetR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 211 aa  145  4.0000000000000006e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3310  transcriptional regulator, TetR family  41.97 
 
 		 205 aa  145  5e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0639272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5169  transcriptional regulator, TetR family  42.19 
 
 		 205 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1394  TetR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 214 aa  142  4e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5750  transcriptional regulator, TetR family  41.18 
 
 		 193 aa  142  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0412881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2779  transcriptional regulator, TetR family  42.27 
 
 		 200 aa  140  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.192265  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0120  transcriptional regulator, TetR family  43.07 
 
 		 227 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.555065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3330  transcriptional regulator, TetR family  44.56 
 
 		 219 aa  137  7.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01107  predicted DNA-binding transcriptional regulator  37.44 
 
 		 210 aa  137  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1233  TetR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 236 aa  136  1e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0636137  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2212  transcriptional regulator, TetR family  37.44 
 
 		 236 aa  136  1e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2490  TetR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 210 aa  137  1e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000804693 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1234  TetR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 236 aa  136  1e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01115  hypothetical protein  37.44 
 
 		 210 aa  137  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2536  transcriptional regulator, TetR family  37.44 
 
 		 210 aa  136  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.018218  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2015  TetR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 210 aa  136  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283926 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1491  transcriptional regulator, TetR family  37.44 
 
 		 210 aa  136  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00556415 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3244  transcriptional regulator, TetR family  43.59 
 
 		 221 aa  135  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2298  transcriptional regulator, TetR family  38.54 
 
 		 219 aa  135  3.0000000000000003e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  36.92 
 
 		 211 aa  134  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 211 aa  134  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 211 aa  134  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 211 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1972  transcriptional regulator, TetR family  36.92 
 
 		 211 aa  133  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.134426  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3137  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 211 aa  133  1.9999999999999998e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0904  TetR family transcriptional regulator  48.07 
 
 		 211 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0824382  normal  0.0227277 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1253  transcriptional regulator, TetR family  39.57 
 
 		 210 aa  132  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0477994 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3676  TetR family transcriptional regulator  40.31 
 
 		 207 aa  131  6.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.508637  decreased coverage  0.00105541 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0493  TetR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 206 aa  131  7.999999999999999e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0960  TetR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 219 aa  128  4.0000000000000003e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.115896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5116  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 207 aa  128  6e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007511  Bcep18194_B3093  TetR family transcriptional regulator  43.65 
 
 		 201 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0252517 
 
 
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NC_012912  Dd1591_3137  transcriptional regulator, TetR family  42.63 
 
 		 197 aa  126  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1106  transcriptional regulator, TetR family  40.66 
 
 		 210 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.527206 
 
 
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NC_010508  Bcenmc03_2391  TetR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 188 aa  125  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640544  normal  0.528893 
 
 
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NC_009832  Spro_2545  TetR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 194 aa  124  8.000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009667  Oant_0796  TetR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 203 aa  124  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.091153  n/a   
 
 
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NC_011071  Smal_2765  transcriptional regulator, TetR family  39.57 
 
 		 196 aa  124  1e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.829891 
 
 
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NC_009667  Oant_2227  TetR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 209 aa  122  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010172  Mext_3418  regulatory protein TetR  41.24 
 
 		 222 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.364633  normal  0.510685 
 
 
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NC_008463  PA14_32500  TetR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 204 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275577  normal  0.254114 
 
 
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NC_009656  PSPA7_2754  hypothetical protein  38.74 
 
 		 204 aa  117  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.575763  n/a   
 
 
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NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  36.98 
 
 		 192 aa  115  5e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
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NC_012560  Avin_35810  Regulatory protein, TetR-family  35.26 
 
 		 183 aa  115  5e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007912  Sde_0293  TetR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 203 aa  110  9e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000668888 
 
 
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NC_007005  Psyr_2927  regulatory protein, TetR  33.85 
 
 		 208 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.260742  normal  1 
 
 
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NC_010338  Caul_4047  TetR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 205 aa  110  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.866362  normal  0.450827 
 
 
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NC_013947  Snas_0160  transcriptional regulator, TetR family  38.04 
 
 		 193 aa  109  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_003910  CPS_1681  TetR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 198 aa  109  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009052  Sbal_0620  TetR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 210 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_004578  PSPTO_3069  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 		 208 aa  106  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0746648  n/a   
 
 
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